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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v1d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Omsk hemorrhagic fever virus NS5 MTase (in complex with SAH and GpppA) | ||||||
![]() | Core protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Guanylyltransferase / methyltransferase / VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / GTP binding / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jia, H. / Gong, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Flavivirus NS5 Guanylyltransferase Reveal a GMP-Arginine Adduct. 著者: Jia, H. / Zhong, Y. / Peng, C. / Gong, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7fjtC ![]() 7v1bC ![]() 7v1cC ![]() 7v1eC ![]() 7v1fC ![]() 7v1gC ![]() 7v1hC ![]() 7v1iC ![]() 7v1jC ![]() 4k6mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29948.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET26b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: C4TPE0, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase |
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-非ポリマー , 6種, 194分子 ![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/G3A.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/G3A.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
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#3: 化合物 | ChemComp-G3A / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 化合物 | ChemComp-IPA / |
#6: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 / 詳細: isopropanol, trisodium citrate, PEG 4000, glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月29日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.87→50 Å / Num. obs: 22759 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.806 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 73736 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4K6M 解像度: 1.87→35.18 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.62 Å2 / Biso mean: 21.9961 Å2 / Biso min: 6.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.87→35.18 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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