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- PDB-7v0r: Structure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound 5 -ppcp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v0r
タイトルStructure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound 5 -ppcpG(2 ,5 )pA
要素
  • Cyclic GMP-AMP synthase
  • Palindromic DNA18
キーワードTRANSFERASE/DNA / Complex / ppcpGpA / Magnesium / IMMUNE SYSTEM / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type I interferon production / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / negative regulation of DNA repair / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / cGMP-mediated signaling ...regulation of type I interferon production / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / negative regulation of DNA repair / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / cGMP-mediated signaling / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / regulation of immune response / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cAMP-mediated signaling / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / determination of adult lifespan / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / innate immune response / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OKX / DNA / DNA (> 10) / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Wu, S. / Gabelli, S.B. / Sohn, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound 5 -ppcpG(2 ,5 )pA
著者: Wu, S. / Gabelli, S.B. / Sohn, J.S.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
C: Cyclic GMP-AMP synthase
E: Palindromic DNA18
F: Palindromic DNA18
I: Palindromic DNA18
J: Palindromic DNA18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,26814
ポリマ－107,3396
非ポリマー1,9298
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Interaction was confirmed by ITC.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area40960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.112, 98.446, 142.598
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 6分子 ACEFIJ

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / m-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42640.254 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cgas, Mb21d1 / プラスミド: nHMT mCAT WT
詳細 (発現宿主): His*6-MBP-Tev-AgeI-mcGAS CAT, Kanamycin resistance
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C6L5, cyclic GMP-AMP synthase
#2: DNA鎖
Palindromic DNA18


分子量: 5514.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 31分子

#3: 化合物 ChemComp-OKX / [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]methyl]phosphinic acid


分子量: 850.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N10O19P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 % / 解説: 0.3mm, polarizes nicely
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 32% MPD, with 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
PH範囲: 6.0-7.0 / Temp details: 4-degree Celsius in cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.91997 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.61 Å / Num. obs: 38473 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.616.80.8622848541840.7560.3530.9332.297.7
9.03-29.65.90.04252739000.9970.0180.04630.697

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20210205データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
MOLREP11.7.03位相決定
Coot0.9.6モデル構築
REFMAC5.8.0267精密化
PDB-REDO7.37精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4lez

4lez


解像度: 2.51→29.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 24.33 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.553 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2499 1925 5 %RANDOM
Rwork0.2114 ---
obs0.2133 36313 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 165.36 Å2 / Biso mean: 66.71 Å2 / Biso min: 26.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å2-0 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5729 1464 114 23 7330
Biso mean--87.14 39.35 -
残基数----764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0167707
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.411.7210610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1432.76715281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5275684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00322.54311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.678151168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.761536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021671
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.57 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 137 -
Rwork0.307 2549 -
obs--96.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0163-0.799-0.5512.9350.39481.5464-0.0035-0.09930.2040.2295-0.00520.3023-0.1614-0.16890.00870.13960.02720.00490.0352-0.03080.1084.97427.21920.436
22.5908-1.83560.26243.9962-0.64321.1166-0.2371-0.3197-0.21190.32070.1716-0.31420.18160.16310.06550.18050.06330.03240.07520.03380.134633.397-8.15418.958
33.9422-0.08531.84461.70141.7863.90150.1318-0.6294-0.24870.38710.06790.12570.17590.1785-0.19970.4326-0.20770.06740.2895-0.04760.204829.14723.26631.969
42.5586-0.4291.63353.3226-0.53867.01020.2696-0.5877-0.09830.3474-0.24060.09380.46130.6058-0.0290.1921-0.0441-0.01860.3377-0.02710.165329.74323.82832.399
53.8674-2.467-3.33314.9931-0.14764.816-0.08360.3454-0.7381-0.0227-0.09690.54980.1862-0.54380.18050.2289-0.14270.05360.15060.02560.56038.303-8.47118.324
66.757-0.8771-0.93727.45362.58594.5039-0.20990.6997-0.6483-0.09720.14970.7317-0.0799-0.5230.06020.2406-0.02360.12040.23560.11150.37658.633-6.89718.712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A149 - 506
2X-RAY DIFFRACTION2C149 - 506
3X-RAY DIFFRACTION3E1 - 18
4X-RAY DIFFRACTION4F1 - 18
5X-RAY DIFFRACTION5I1 - 18
6X-RAY DIFFRACTION6J1 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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