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万見
- PDB-7v0o: Cryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with Fab fragment of a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v0o
タイトルCryo-EM structure of SINV/EEEV in complex with Fab fragment of a moderately/weakly neutralizing human antibody IgG-94
要素
  • IgG 94 Fab heavy chain
  • IgG 94 Fab light chain
  • Spike glycoprotein E1
  • Spike glycoprotein E2
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / cryo-EM / single particle / virus neutralization / inter-virion crosslink / aggregation / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Bandyopadhyay, A. / Klose, T. / Kuhn, R.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142790 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI095366 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structural constraints link differences in neutralization potency of human anti-Eastern equine encephalitis virus monoclonal antibodies.
著者: Lauren E Williamson / Abhishek Bandyopadhyay / Kevin Bailey / Devika Sirohi / Thomas Klose / Justin G Julander / Richard J Kuhn / James E Crowe /
要旨: Selection and development of monoclonal antibody (mAb) therapeutics against pathogenic viruses depends on certain functional characteristics. Neutralization potency, or the half-maximal inhibitory ...Selection and development of monoclonal antibody (mAb) therapeutics against pathogenic viruses depends on certain functional characteristics. Neutralization potency, or the half-maximal inhibitory concentration (IC) values, is an important characteristic of candidate therapeutic antibodies. Structural insights into the bases of neutralization potency differences between antiviral neutralizing mAbs are lacking. In this report, we present cryo-electron microscopy (EM) reconstructions of three anti-Eastern equine encephalitis virus (EEEV) neutralizing human mAbs targeting overlapping epitopes on the E2 protein, with greater than 20-fold differences in their respective IC values. From our structural and biophysical analyses, we identify several constraints that contribute to the observed differences in the neutralization potencies. Cryo-EM reconstructions of EEEV in complex with these Fab fragments reveal structural constraints that dictate intravirion or intervirion cross-linking of glycoprotein spikes by their IgG counterparts as a mechanism of neutralization. Additionally, we describe critical features for the recognition of EEEV by these mAbs including the epitope-paratope interaction surface, occupancy, and kinetic differences in on-rate for binding to the E2 protein. Each constraint contributes to the extent of EEEV inhibition for blockade of virus entry, fusion, and/or egress. These findings provide structural and biophysical insights into the differences in mechanism and neutralization potencies of these antibodies, which help inform rational design principles for candidate vaccines and therapeutic antibodies for all icosahedral viruses.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / entity / pdbx_entry_details
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _entity.pdbx_fragment

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein E1
B: Spike glycoprotein E1
C: Spike glycoprotein E1
D: Spike glycoprotein E1
E: IgG 94 Fab heavy chain
F: IgG 94 Fab light chain
G: IgG 94 Fab heavy chain
H: IgG 94 Fab light chain
I: IgG 94 Fab heavy chain
J: IgG 94 Fab light chain
K: IgG 94 Fab heavy chain
L: IgG 94 Fab light chain
a: Spike glycoprotein E2
b: Spike glycoprotein E2
c: Spike glycoprotein E2
d: Spike glycoprotein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,35116
ポリマ－475,35116
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Spike glycoprotein E1 / E1 envelope glycoprotein


分子量: 43628.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: Florida 93-939 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: Q4QXJ7
#2: 抗体
IgG 94 Fab heavy chain


分子量: 18911.242 Da / 分子数: 4
Fragment: Heavy chain variable domain: QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFVFTNYVMHWVRQAPGKALEWVTLISYDGNNKYYTDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTALYYCARSPHGDVPDYYFDLWGRGTLVTVSS
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
IgG 94 Fab light chain


分子量: 17975.100 Da / 分子数: 4
Fragment: Light chain variable domain: DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQHKPGKPPKLLIYKASSLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYNTYRAFGLGTKVEIK
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質
Spike glycoprotein E2


分子量: 38323.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: Florida 93-939 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: Q4QXJ7
配列の詳細IgG EEEV-94: Heavy chain variable domain: ...IgG EEEV-94: Heavy chain variable domain: QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFVFTNYVMHWVRQAPGKALEWVTLISYDGNNKYYTDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTALYYCARSPHGDVPDYYFDLWGRGTLVTVSS Light chain variable domain: DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQHKPGKPPKLLIYKASSLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYNTYRAFGLGTKVEIK

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homo sapiens / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)11021FL93-939
31Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mesocricetus auratus (ネズミ)10036
31Homo sapiens (ヒト)9606
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Culiseta melanura
ウイルス殻名称: EEEV / 直径: 850 nm / 三角数 (T数): 4
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 38.33 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon3.2画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10jspr初期オイラー角割当
11jspr最終オイラー角割当
12jspr分類
13jspr３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5856
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2858 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 6MX4

6mx4


Accession code: 6MX4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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