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- PDB-7v0h: Crystal Structure of Putative glucose 1-dehydrogenase from Burkho... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v0h

タイトル

Crystal Structure of Putative glucose 1-dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia in complex with NADP and a potential reaction product

要素

Putative glucose 1-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / glucose 1-dehydrogenase / Burkholderia cenocepacia / BCAL1425 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Putative glucose 1-dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia in complex with NADP and a potential reaction product
著者: Abendroth, J. / DeBouwer, N.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v0h.cif.gz	935.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v0h.ent.gz	637.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/7v0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/7v0h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4mowS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (4) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

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集合体

登録構造単位

A: Putative glucose 1-dehydrogenase

B: Putative glucose 1-dehydrogenase

C: Putative glucose 1-dehydrogenase

D: Putative glucose 1-dehydrogenase

E: Putative glucose 1-dehydrogenase

F: Putative glucose 1-dehydrogenase

G: Putative glucose 1-dehydrogenase

H: Putative glucose 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

217 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Putative glucose 1-dehydrogenase

B: Putative glucose 1-dehydrogenase

C: Putative glucose 1-dehydrogenase

D: Putative glucose 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

E: Putative glucose 1-dehydrogenase

F: Putative glucose 1-dehydrogenase

G: Putative glucose 1-dehydrogenase

H: Putative glucose 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.720, 116.660, 180.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Putative glucose 1-dehydrogenase 分子量: 26130.496 Da / 分子数: 8 / 断片: BuceA.00010.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAL1425 / プラスミド: BuceA.00010.f.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4E6Z1, glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+]

#1: タンパク質

Putative glucose 1-dehydrogenase

分子量: 26130.496 Da / 分子数: 8 / 断片: BuceA.00010.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAL1425 / プラスミド: BuceA.00010.f.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4E6Z1, glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+]

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非ポリマー , 6種, 2237分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-OUO / (2R)-2-(hydroxymethyl)pentanedioic acid 分子量: 162.141 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: RigakuReagents MCSG1 screen, condition C7: 200mM CaCl2, 100mM TrisBase/HCl pH 8.5, 25% (w/V) PEG 4000: BuceA.00010.f.B1.PW37227 at 19.9mg/ml + 4mM NADP: tray: 274300 C7: cryo: 15% EG + NADP: puck: PWJ4-6.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月29日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 257945 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.202 % / B_iso Wilson estimate: 17.727 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.931 / Net I/σ(I): 13.54

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	5.979	0.46	3.53	18902	0.885	0.505	99.9
1.59-1.63	6.181	0.391	4.26	18496	0.925	0.428	99.8
1.63-1.68	6.192	0.348	4.8	17941	0.938	0.381	99.9
1.68-1.73	6.206	0.303	5.54	17455	0.952	0.331	99.7
1.73-1.79	6.207	0.255	6.55	16909	0.963	0.28	99.7
1.79-1.85	6.208	0.204	8.15	16358	0.976	0.223	99.7
1.85-1.92	6.224	0.172	9.54	15833	0.983	0.188	99.6
1.92-2	6.227	0.147	11.18	15160	0.987	0.161	99.7
2-2.09	6.239	0.124	13.04	14635	0.991	0.136	99.8
2.09-2.19	6.248	0.104	15.24	13992	0.992	0.113	99.7
2.19-2.31	6.257	0.091	17.04	13302	0.994	0.1	99.8
2.31-2.45	6.256	0.081	18.82	12649	0.996	0.089	99.9
2.45-2.62	6.254	0.076	20.09	11909	0.996	0.083	100
2.62-2.83	6.259	0.068	21.88	11115	0.997	0.075	100
2.83-3.1	6.256	0.058	24.81	10211	0.997	0.064	99.8
3.1-3.47	6.255	0.051	27.78	9296	0.998	0.056	99.8
3.47-4	6.228	0.046	31.01	8241	0.998	0.05	99.6
4-4.9	6.211	0.041	32.96	6972	0.998	0.045	99.4
4.9-6.93	6.156	0.043	29.47	5463	0.998	0.047	98.9
6.93-50	5.798	0.037	29.46	3106	0.999	0.041	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo structure 4mow, as per MoRDa

4mow

解像度: 1.55→49.08 Å / SU ML: 0.1288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.0191
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1591	2057	0.8 %	0
R_work	0.1387	255637	-	-
obs	0.1388	257694	99.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→49.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14042	0	522	2201	16765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0091	15403
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0206	21165
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0667	2579
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	2901
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5643	5754

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.247	125	0.1926	16909	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.59-1.63	0.1803	144	0.1673	16916	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.63-1.67	0.1838	146	0.1547	16898	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.67-1.72	0.1825	129	0.1506	16930	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.72-1.77	0.1737	133	0.1488	16912	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.77-1.84	0.1826	134	0.1441	16942	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.84-1.91	0.1547	140	0.1342	16936	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.91-2	0.1559	159	0.1296	16939	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2-2.1	0.1467	128	0.1279	17022	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.1-2.24	0.1501	147	0.1256	17026	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.24-2.41	0.1607	145	0.1286	17034	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.41-2.65	0.1463	137	0.1374	17139	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.65-3.03	0.151	126	0.1353	17197	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.03-3.82	0.1456	133	0.128	17287	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.82-49.08	0.1539	131	0.1449	17550	X-RAY DIFFRACTION	98.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.01938184434	-0.486209409812	-0.355972160065	2.02971651997	0.661946581354	2.56391606699	0.0545125106404	-0.0623817494981	0.201505585494	0.00222945082943	0.0223225007655	0.151308839501	-0.0731306617749	-0.222755353555	-0.0575370221255	0.0683537653307	0.0032185709448	0.0121357878502	0.0567848137225	0.0251062676916	0.12033014354	30.525	41.217	15.904
2	6.38592259224	-3.91107420076	-3.25960342378	4.62315888174	2.12046023825	3.92948866011	0.0949735901266	0.408164647239	0.0808705242422	-0.217255824715	-0.161664729746	0.117426645114	-0.0856111186041	-0.261143744702	0.0429584436205	0.0943633021259	-0.00755764914708	-0.00594127485526	0.051919695667	0.0220450021857	0.0898618784347	29.645	38.557	9.814
3	1.67310421078	-0.157668190151	-0.544179986887	1.39924877166	-0.278799588535	1.64848363617	0.123137388482	0.269150916675	0.353531427583	-0.238324262075	-0.0309108177068	0.00261892262777	-0.171056880129	-0.0350323110161	-0.0400549793365	0.142482326812	0.00433665450804	0.0206941675517	0.0732378246511	0.0442755929527	0.15362016588	36.958	45.85	8.249
4	2.45357282885	-1.14734438036	1.33764691171	3.1420281985	-1.32771309652	2.84669213153	-0.00124589847727	0.0868053742384	0.456992675267	-0.0447954275622	-0.0388559260968	-0.100827258858	-0.216818742241	-0.0646641165869	0.0641236140301	0.100340391474	-0.0044815462217	0.0260401292377	0.0513745540622	0.0123192906467	0.122495086215	39.856	45.114	14.47
5	7.00867389378	-2.55297751054	0.588690146101	1.0201929041	-0.161750565542	0.0634563479996	0.0346050532137	-0.0915979496037	0.424552212044	0.109015915277	-0.0202349152371	-0.132638749618	-0.073928223147	-0.00344897485505	-0.005072234405	0.125961225203	-0.0258429251348	0.0140544602171	0.078527222582	-0.00153762082931	0.155965066993	41.182	47.674	21.884
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7	1.6811280208	-1.2403635339	-0.332424188239	2.59274285247	0.81185896883	0.803260571449	0.0116076485336	0.00486857371301	-0.0790975417606	0.0405999555367	-0.0697396020932	0.161817398044	0.0551778256949	-0.0503870226941	0.0675470119721	0.0561201384496	-0.00744293066058	0.00609521244979	0.0464517103969	0.0103068748681	0.0511228988547	36.968	25.317	18.356
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精密化 TLSグループ

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44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN F AND RESID 68:82 )	F	68 - 82
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN F AND RESID 83:104 )	F	83 - 104
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN F AND RESID 105:151 )	F	105 - 151
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN F AND RESID 152:175 )	F	152 - 175
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN F AND RESID 176:194 )	F	176 - 194
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN F AND RESID 195:209 )	F	195 - 209
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN F AND RESID 210:229 )	F	210 - 229
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN F AND RESID 230:248 )	F	230 - 248
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN G AND RESID -4:16 )	G	-4 - 16
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN G AND RESID 17:67 )	G	17 - 67
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN G AND RESID 68:82 )	G	68 - 82
55	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN G AND RESID 83:129 )	G	83 - 129
56	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN G AND RESID 130:194 )	G	130 - 194
57	X-RAY DIFFRACTION	57	( CHAIN G AND RESID 195:209 )	G	195 - 209
58	X-RAY DIFFRACTION	58	( CHAIN G AND RESID 210:248 )	G	210 - 248
59	X-RAY DIFFRACTION	59	( CHAIN H AND RESID 2:104 )	H	2 - 104
60	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN H AND RESID 105:129 )	H	105 - 129
61	X-RAY DIFFRACTION	61	( CHAIN H AND RESID 130:194 )	H	130 - 194
62	X-RAY DIFFRACTION	62	( CHAIN H AND RESID 195:229 )	H	195 - 229
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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