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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v0f | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase paralog QueD2 from Acinetobacter baumannii | |||||||||||||||
![]() | 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase | |||||||||||||||
![]() | LYASE / queuosine / transfer RNA / translation elongation / Zn metalloenzyme / nutritional immunity | |||||||||||||||
機能・相同性 | 6-carboxytetrahydropterin synthase / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase activity / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD family / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD superfamily / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Jordan, M.R. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Metal retention and replacement in QueD2 protect queuosine-tRNA biosynthesis in metal-starved Acinetobacter baumannii. 著者: Jordan, M.R. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Trinidad, J.C. / Giedroc, D.P. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 191.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 738.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 744 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23107.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: A7M90_11685, AB945B12_03522, Aba9201_05020, ABCAM1_1682, ABKPCSM17A_00528, ABR2091_1604, ACX61_10285, APC21_11720, APD31_06340, AUO97_15390, B9X95_12070, C2U32_04285, CBE85_10595, DOL94_ ...遺伝子: A7M90_11685, AB945B12_03522, Aba9201_05020, ABCAM1_1682, ABKPCSM17A_00528, ABR2091_1604, ACX61_10285, APC21_11720, APD31_06340, AUO97_15390, B9X95_12070, C2U32_04285, CBE85_10595, DOL94_12095, E1A86_09590, E1A87_16305, EA706_07350, EA722_05115, EGM95_11990, EKS29_14165, EWO96_00585, F2P40_09185, FGL68_05460, FJU36_05345, FQK04_11425, FR761_08970, G3N53_00580, GSE42_09090, GUK62_05625, H0529_06425, HB367_04620, IMO23_08060, ITE13_09665, SAMEA104305318_01743, SAMEA104305385_02424, SI89_17865 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A081GYS3, 6-carboxytetrahydropterin synthase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Bis-Tris 0.1 M pH 6.5, 0.2 M NaF and 18-20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年7月9日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.35→42.64 Å / Num. obs: 17654 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 46.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.102 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 15.1 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 898 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.598 / Rrim(I) all: 1.598 / Rsym value: 1.481 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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