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- PDB-7v0f: Structure of 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase paralog ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v0f
タイトルStructure of 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase paralog QueD2 from Acinetobacter baumannii
要素6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
キーワードLYASE / queuosine / transfer RNA / translation elongation / Zn metalloenzyme / nutritional immunity
機能・相同性6-carboxytetrahydropterin synthase / 6-carboxytetrahydropterin synthase activity / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD family / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD superfamily / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Jordan, M.R. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118157 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI110171 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM109825 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM131994 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Metal retention and replacement in QueD2 protect queuosine-tRNA biosynthesis in metal-starved Acinetobacter baumannii.
著者: Jordan, M.R. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Trinidad, J.C. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
B: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6448
ポリマ－46,2142
非ポリマー4306
水61334
1
A: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
B: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
ヘテロ分子

A: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
B: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
ヘテロ分子

A: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
B: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
ヘテロ分子

A: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
B: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,57632
ポリマ－184,8578
非ポリマー1,71924
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
Buried area29890 Å2
ΔGint-665 kcal/mol
Surface area51110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.060, 84.060, 122.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase / Queuosine biosynthesis protein QueD


分子量: 23107.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア)
遺伝子: A7M90_11685, AB945B12_03522, Aba9201_05020, ABCAM1_1682, ABKPCSM17A_00528, ABR2091_1604, ACX61_10285, APC21_11720, APD31_06340, AUO97_15390, B9X95_12070, C2U32_04285, CBE85_10595, DOL94_ ...遺伝子: A7M90_11685, AB945B12_03522, Aba9201_05020, ABCAM1_1682, ABKPCSM17A_00528, ABR2091_1604, ACX61_10285, APC21_11720, APD31_06340, AUO97_15390, B9X95_12070, C2U32_04285, CBE85_10595, DOL94_12095, E1A86_09590, E1A87_16305, EA706_07350, EA722_05115, EGM95_11990, EKS29_14165, EWO96_00585, F2P40_09185, FGL68_05460, FJU36_05345, FQK04_11425, FR761_08970, G3N53_00580, GSE42_09090, GUK62_05625, H0529_06425, HB367_04620, IMO23_08060, ITE13_09665, SAMEA104305318_01743, SAMEA104305385_02424, SI89_17865
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A081GYS3, 6-carboxytetrahydropterin synthase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Bis-Tris 0.1 M pH 6.5, 0.2 M NaF and 18-20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003,1.27819
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.000031
21.278191
反射解像度: 2.35→42.64 Å / Num. obs: 17654 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 46.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.102 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 898 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.598 / Rrim(I) all: 1.598 / Rsym value: 1.481 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→42.64 Å / SU ML: 0.376 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.253
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 2037 5.88 %
Rwork0.2372 32622 -
obs0.2394 17637 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2867 0 15 34 2916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00852944
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10143965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0593423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d00
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.410.45031240.36472172X-RAY DIFFRACTION99.18
2.41-2.470.42311450.35052152X-RAY DIFFRACTION99.52
2.47-2.530.41251300.33582224X-RAY DIFFRACTION99.66
2.53-2.610.33341230.32572197X-RAY DIFFRACTION99.44
2.61-2.690.35011530.30912150X-RAY DIFFRACTION99.48
2.69-2.790.30061320.30172162X-RAY DIFFRACTION99.7
2.79-2.90.30161400.2882194X-RAY DIFFRACTION99.74
2.9-3.030.3081680.29432181X-RAY DIFFRACTION99.87
3.03-3.190.29921330.26712165X-RAY DIFFRACTION99.61
3.19-3.390.30671530.24442159X-RAY DIFFRACTION99.66
3.39-3.650.3451830.2412211X-RAY DIFFRACTION97.7
3.65-4.020.28271280.2362120X-RAY DIFFRACTION97.11
4.02-4.60.23451580.18162161X-RAY DIFFRACTION99.66
4.6-5.790.20381260.18362182X-RAY DIFFRACTION99.91
5.8-42.640.19861410.19242192X-RAY DIFFRACTION99.19
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.09115012465-2.818150261012.026606333587.45442410779-2.603382107624.294183903550.021915359167-0.257804894380.558337367062-0.0208470254975-0.209097314716-0.165785124619-0.07811260682170.1230247052250.1823066741650.248473231221-0.02771026692090.07996447099420.2887234963560.0527865091130.50812534277325.2594201019-44.1679975982-18.0732587875
29.512382630653.94649025278-2.201762095635.403280058231.203061590988.92178794454-0.4461590564620.3686750615230.6244520370330.2001218879470.3650592052182.66624250817-1.25062420595-0.90199695354-0.05867559617320.6092178130580.30259427560.06487358213050.846790679970.1287665305011.1199462358515.1498112024-16.3394705206-17.6705997626
33.55594927175-0.7290020714360.932707610527.74187838342-2.317637643723.06150436261-0.0649778979625-0.309424193381-0.6791291857590.4825095481310.3113690775720.9957636805740.116125733909-0.227808609511-0.2933784936960.2505435871630.02469840995070.1361659143190.4452059329990.05656488666110.60988018132324.7344095982-50.0266864564-15.9880429522
44.223634964320.485039852882-0.3855639239222.817519349571.285164660173.51287356397-0.0861641784434-0.1048710350430.1890035925480.100383072054-0.05690164167221.0383591763-0.294452025022-0.2037857280390.1225656197420.278120669434-0.01563821358580.1018818888890.3322202935830.01549311380760.67894692922413.2206338687-38.6044220694-17.9881396995
55.564230200951.071083775380.7529510649617.106423313790.3058133985145.072848635140.0073675714202-0.671679633638-0.1772734994880.948650216315-0.05728723486110.441115876685-0.127557267166-0.009630023890390.03275047158770.2783707910710.03012880812080.08260053699940.3836860250250.01869040776510.38087166972126.4338450511-42.3304228268-10.6178751507
63.271457872261.529304516990.4953225649515.6006906502-0.4957951756290.7795597423240.210143022227-0.763382036692-0.1762056434120.723247135093-0.2243842688391.097173821120.200997908136-0.2549920869680.007497877587850.387882908885-0.02109274918150.1956907742430.550902158729-0.02518450697310.8419244456759.56494007933-46.5819505203-12.8426493874
74.58734520306-0.111225772862-1.103724640884.4743927433-0.4155536861745.764150826420.3504966799860.8251254436060.130314652604-0.5247301831830.01683293773760.672476262208-0.143055364217-0.455440845165-0.1975879766610.465416306390.00766727721211-0.1375874468240.4982104846420.1520303780250.3772585189727.0522664607-31.6369406167-39.0090351249
83.16449529723-1.51536245165-4.946162457130.5441934033792.220435019257.512836913290.730220368380.5780334576591.08881187216-0.128263272557-0.0287534500649-0.00619251493993-1.49598186138-0.609571908419-0.6079211854971.19934551969-0.156535038031-0.03213954713771.194543866010.2462147761141.1297028193441.315652202-15.4016904637-44.589184586
93.67940969404-1.78885939383-0.01234370120632.65848864665-0.9192384335935.281809882980.3213312053010.9381780729720.997953343513-0.08665792944870.07615694768710.969089277965-0.399478902872-1.05207755522-0.3470001278530.6617024200040.171898655408-0.1106421210080.7178605233970.3160526650880.93903752659416.0539278309-24.5511955133-37.2598884767
103.96755883580.876545768579-1.224051463773.76499693072-1.522607548284.56593896384-0.1478091188720.9656902495120.897098942545-0.6447884779580.2363809460690.695263910301-0.931408603543-0.63305721544-0.1478275817780.8269419300690.0392225091595-0.2991818631610.712454524080.2840816849460.6180509977524.3424705034-24.4564166119-45.6216389875
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 15 )AA0 - 151 - 16
22chain 'A' and (resid 16 through 25 )AA16 - 2517 - 26
33chain 'A' and (resid 26 through 53 )AA26 - 5327 - 54
44chain 'A' and (resid 54 through 114 )AA54 - 11455 - 115
55chain 'A' and (resid 115 through 149 )AA115 - 149116 - 142
66chain 'A' and (resid 150 through 188 )AA150 - 188143 - 181
77chain 'B' and (resid 0 through 40 )BF0 - 401 - 34
88chain 'B' and (resid 41 through 54 )BF41 - 5435 - 48
99chain 'B' and (resid 55 through 99 )BF55 - 9949 - 93
1010chain 'B' and (resid 100 through 185 )BF100 - 18594 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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