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- PDB-7v09: Crystal structure of ECL_RS08780, putative sugar transport system... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7v09 | ||||||
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Title | Crystal structure of ECL_RS08780, putative sugar transport system periplasmic sugar-binding protein | ||||||
![]() | Multiple sugar transport system periplasmic sugar-binding protein | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / SOLUTE-BINDING PROTEIN / ALPHA/BETA DOMAIN / structural genomics / CSGID / center for structural genomics of infectious diseases / NIAID / national institute of allergy and infectious diseases | ||||||
Function / homology | carbohydrate transport / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Multiple sugar transport system periplasmic sugar-binding protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Mesa, N. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of ECL_RS08780, putative sugar transport system periplasmic sugar-binding protein Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 372.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 269 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 438.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 446.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 51 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 44898.574 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCTC 10005 / WDCM 00083 / NCDC 279-56 Gene: ECL_01781 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 20% PEG 3350, 0.2 M CaCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 4, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→19.86 Å / Num. obs: 51868 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 22.32 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3675 / CC1/2: 0.624 / Rpim(I) all: 0.373 / % possible all: 94.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Alphafold2 Resolution: 2→19.86 Å / SU ML: 0.2731 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.0261 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→19.86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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