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- PDB-7v09: Crystal structure of ECL_RS08780, putative sugar transport system... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v09
タイトルCrystal structure of ECL_RS08780, putative sugar transport system periplasmic sugar-binding protein
要素Multiple sugar transport system periplasmic sugar-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SOLUTE-BINDING PROTEIN / ALPHA/BETA DOMAIN / structural genomics / CSGID / center for structural genomics of infectious diseases / NIAID / national institute of allergy and infectious diseases
機能・相同性: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding / Multiple sugar transport system periplasmic sugar-binding protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacter cloacae subsp. cloacae ATCC 13047 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Mesa, N. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ECL_RS08780, putative sugar transport system periplasmic sugar-binding protein
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multiple sugar transport system periplasmic sugar-binding protein
B: Multiple sugar transport system periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9197
ポリマ－89,7972
非ポリマー1225
水9,728540
1
A: Multiple sugar transport system periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9714
ポリマ－44,8991
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Multiple sugar transport system periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9473
ポリマ－44,8991
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.956, 67.618, 86.656
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Multiple sugar transport system periplasmic sugar-binding protein


分子量: 44898.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae subsp. cloacae ATCC 13047 (バクテリア)
株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCTC 10005 / WDCM 00083 / NCDC 279-56
遺伝子: ECL_01781 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: A0A0H3CHG3
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.86 Å / Num. obs: 51868 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 22.32 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3675 / CC1/2: 0.624 / Rpim(I) all: 0.373 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2

解像度: 2→19.86 Å / SU ML: 0.2731 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.0261
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2956 2508 4.91 %RANDOM
Rwork0.2501 48587 --
obs0.2523 51095 96.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6200 0 5 540 6745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00196328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4488600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341112
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.86962300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.38781400.31922592X-RAY DIFFRACTION93.59
2.04-2.080.29561610.29442661X-RAY DIFFRACTION96.31
2.08-2.130.35381430.28822657X-RAY DIFFRACTION95.92
2.13-2.170.30851440.29192696X-RAY DIFFRACTION96.14
2.17-2.230.5051060.41732325X-RAY DIFFRACTION83.54
2.23-2.290.64071110.52712348X-RAY DIFFRACTION83.75
2.29-2.360.32961520.29082714X-RAY DIFFRACTION97.32
2.36-2.430.33251290.27372764X-RAY DIFFRACTION97.9
2.43-2.520.31271490.26172717X-RAY DIFFRACTION98.15
2.52-2.620.29731680.2622750X-RAY DIFFRACTION98.51
2.62-2.740.32531490.25052731X-RAY DIFFRACTION98.66
2.74-2.880.30671520.24692770X-RAY DIFFRACTION98.92
2.88-3.060.28511230.24072795X-RAY DIFFRACTION98.68
3.06-3.30.28111310.2342779X-RAY DIFFRACTION99.01
3.3-3.630.27511450.22182799X-RAY DIFFRACTION98.99
3.63-4.150.2661420.21452759X-RAY DIFFRACTION97.91
4.15-5.210.20741310.17932848X-RAY DIFFRACTION99.63
5.21-19.860.2011320.19222882X-RAY DIFFRACTION99.08
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.62422434063-0.1668947991472.867363057185.410893001351.465413128613.56516818553-0.198377419613-0.4936524269550.4947897354760.5363902958880.121268762332-0.153054461343-0.244640380883-0.2547650643530.04241534814390.2657307758560.03559764803230.03639181481490.236593323884-0.08418302110820.36757396683713.64165129923.544596021827.6872300756
20.9485042932330.219467195457-0.03073148803572.45502200048-0.03275301365530.63389083480.0518489154442-0.0284030903099-0.01627080602790.17004874471-0.0447342898622-0.185875759786-0.02751007046730.0159733207073-0.006001783294090.119967730204-0.00829523850056-0.04096602178290.171418176176-0.02165642083310.28481927815417.8891242017-1.7181389299220.3801418467
30.5373432915340.177125508242-0.2845372099082.280777955490.5985437679210.7116728433040.0722359618037-0.0884567964732-0.08104867849330.2972715539160.0802960379123-0.308573697038-0.04750534766630.239036802132-0.1577655637490.195494015063-0.0193957301018-0.07915013727540.183622693621-0.02082967625960.27461749603823.7961034854.5276163162825.819753213
45.707745302692.67810681387-2.693981617243.967378769811.347518920487.443698574710.08981616773260.191262685592-0.155496674838-0.2169841087250.2832276421250.195228430693-0.2344982611690.101963664163-0.354755054320.110188122870.00472992541018-0.04338583383450.204256851455-0.04330104872330.2889825438997.47525275891-14.33446388656.62580066883
52.953774564370.649353740935-3.006814312824.40419931912-1.853048840244.045606518440.00260468802362-0.660508842367-0.6955790288680.52026275455-0.0362194231443-0.08242395480640.3176734077780.425777593459-0.005040793630870.3076890719580.0212851512305-0.07093394727590.2993790603880.1312792880780.407443821167-13.432941347-29.90650163827.9147029834
63.103759901240.571786390505-0.2698361198533.53816781437-0.3587023523692.49801039504-0.0244453583160.1973902092-0.183596865406-0.1359529408060.087646200872-0.3120230814680.1286701773160.027679235201-0.04546846864420.170310175315-0.022126964824-0.02054943769380.153901389813-0.0345472548770.369341736821-12.918997334-21.850885672713.0326040025
71.555091836130.3080034924920.2018445971742.04710897371-0.6830091050750.6281670373360.0514092518575-0.1977020736950.560092996010.445368896580.05238660350240.616394147452-0.1826333826770.0392398950005-0.06301227085820.243940302535-0.04164765252250.1092557385130.224948562323-0.02709821924450.503016686235-23.63742762641.0083099939323.9618366943
81.96956021621.22587477759-0.1631835510173.33140740062-0.3196720510080.7667281191550.256052908617-0.240256699810.2200976584310.526592550325-0.211327379710.4962559512-0.106132379961-0.0222497555029-0.04061521599770.225453015831-0.03071243764760.04387173312670.196164439467-0.01406079179910.310543224585-18.9312168425-4.6382184267523.221710438
94.09259721881.772881771692.043194279721.56668688387-0.3311857965727.267328759360.0008027632894070.1545589503840.5604947406520.1398206820730.0607760782172-0.07378358580070.3701870695620.288090364957-0.03103910729890.0709426690984-0.006143252530420.008215028442950.1935206993820.08611714017550.325999553914-7.510671274488.105099565396.68513367698
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 27 through 68 )AA27 - 681 - 42
22chain 'A' and (resid 69 through 323 )AA69 - 32343 - 297
33chain 'A' and (resid 324 through 396 )AA324 - 396298 - 370
44chain 'A' and (resid 397 through 429 )AA397 - 429371 - 403
55chain 'B' and (resid 27 through 68 )BB27 - 681 - 42
66chain 'B' and (resid 69 through 117 )BB69 - 11743 - 91
77chain 'B' and (resid 118 through 183 )BB118 - 18392 - 157
88chain 'B' and (resid 184 through 396 )BB184 - 396158 - 370
99chain 'B' and (resid 397 through 429 )BB397 - 429371 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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