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- PDB-7uys: Crystal structure of TYK2 kinase domain in complex with compound 16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uys
タイトルCrystal structure of TYK2 kinase domain in complex with compound 16
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / non-receptor tyrosine-protein kinase 2 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OVC / Hydrogenase-2 large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Toms, A.V. / Leit, S. / Greenwood, J.R. / Mondal, S. / Carriero, S. / Dahlgren, M. / Harriman, G.C. / Kennedy-Smith, J.J. / Kapeller, R. / Lawson, J.P. ...Toms, A.V. / Leit, S. / Greenwood, J.R. / Mondal, S. / Carriero, S. / Dahlgren, M. / Harriman, G.C. / Kennedy-Smith, J.J. / Kapeller, R. / Lawson, J.P. / Romero, D.L. / Shelley, M. / Wester, R.T. / Westlin, W. / Mc Elwee, J.J. / Miao, W. / Edmondson, S.D. / Massee, C.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Potent and selective TYK2-JH1 inhibitors highly efficacious in rodent model of psoriasis.
著者: Leit, S. / Greenwood, J.R. / Mondal, S. / Carriero, S. / Dahlgren, M. / Harriman, G.C. / Kennedy-Smith, J.J. / Kapeller, R. / Lawson, J.P. / Romero, D.L. / Toms, A.V. / Shelley, M. / Wester, ...著者: Leit, S. / Greenwood, J.R. / Mondal, S. / Carriero, S. / Dahlgren, M. / Harriman, G.C. / Kennedy-Smith, J.J. / Kapeller, R. / Lawson, J.P. / Romero, D.L. / Toms, A.V. / Shelley, M. / Wester, R.T. / Westlin, W. / McElwee, J.J. / Miao, W. / Edmondson, S.D. / Masse, C.E.
履歴
登録2022年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0102
ポリマ－33,6431
非ポリマー3661
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.006, 74.026, 105.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 33643.371 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-OVC / 2-(2,6-difluorophenyl)-4-(4-methoxyanilino)-5H-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-5-one


分子量: 366.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12F2N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Crystals of human TYK2 in complex with the ligand were prepared according to established protocols

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→60.59 Å / Num. obs: 14551 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 17.52
反射 シェル解像度: 2.15→2.4 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.18 / Num. unique obs: 3196 / Rrim(I) all: 0.511 / Rsym value: 0.441 / % possible all: 72.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→60.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 17.496 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.406 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2716 1440 9.9 %RANDOM
Rwork0.2275 ---
obs0.2317 13110 91.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.06 Å2 / Biso mean: 53.998 Å2 / Biso min: 23.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.79 Å2-0 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---3.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→60.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 0 27 64 2394
Biso mean--51.73 44.66 -
残基数----282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192318
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2661.9843156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.60634882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.635280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52623.23299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.80215354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2561512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02551
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 109 -
Rwork0.391 1009 -
all-1118 -
obs--98.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7135-3.2376-0.69636.58061.20573.7053-0.0446-0.590.07440.85390.08160.304-0.2201-0.3635-0.03710.3736-0.0149-0.02630.2771-0.03370.27297.46112.14-5.84
23.4984-0.23850.72634.79570.14192.11150.03550.0126-0.08330.1157-0.0742-0.05970.011-0.06950.03870.01080.00760.01370.0257-0.01360.135912.851-8.326-20.951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A890 - 979
2X-RAY DIFFRACTION2A983 - 1177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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