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万見
- PDB-7uyd: Inhibitor bound VIM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uyd
タイトルInhibitor bound VIM1
要素Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1 Å
データ登録者Fischmann, T.O. / Scapin, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure Guided Discovery of Novel Pan Metallo-beta-Lactamase Inhibitors with Improved Gram-Negative Bacterial Cell Penetration.
著者: Dong, S. / Zhao, Z. / Tang, H. / Li, G. / Pan, J. / Gu, X. / Jiang, J. / Xiao, L. / Scapin, G. / Hunter, D.N. / Yang, D. / Huang, Y. / Bennett, F. / Yang, S.W. / Mandal, M. / Tang, H. / Su, J. ...著者: Dong, S. / Zhao, Z. / Tang, H. / Li, G. / Pan, J. / Gu, X. / Jiang, J. / Xiao, L. / Scapin, G. / Hunter, D.N. / Yang, D. / Huang, Y. / Bennett, F. / Yang, S.W. / Mandal, M. / Tang, H. / Su, J. / Tudge, C. / deJesus, R.K. / Ding, F.X. / Lombardo, M. / Hicks, J.D. / Fischmann, T. / Mirza, A. / Dayananth, P. / Painter, R.E. / Villafania, A. / Garlisi, C.G. / Zhang, R. / Mayhood, T.W. / Si, Q. / Li, N. / Amin, R.P. / Bhatt, B. / Chen, F. / Regan, C.P. / Regan, H. / Lin, X. / Wu, J. / Leithead, A. / Pollack, S.R. / Scott, J.D. / Nargund, R.P. / Therien, A.G. / Black, T. / Young, K. / Pasternak, A.
履歴
登録2022年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein
B: Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,17822
ポリマ－50,9352
非ポリマー1,24320
水11,602644
1
A: Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,08911
ポリマ－25,4671
非ポリマー62210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,08911
ポリマ－25,4671
非ポリマー62210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.652, 78.957, 67.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein


分子量: 25467.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8QIQ9
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.3 M Ammonium acetate 0.1 M Tris hydrochloride pH 7.6 25.0 w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→55.5 Å / Num. obs: 217945 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 7.21 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 701529
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1-1.072.90.361109969380360.8440.2460.4383.194.6
2.82-55.53.20.0353198098470.9970.0220.04242.698.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.3.6データスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1→14.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9629 / SU R Cruickshank DPI: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.023 / SU Rfree Blow DPI: 0.024 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.023
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1605 10810 5 %RANDOM
Rwork0.1473 ---
obs0.1479 216180 97.99 %-
原子変位パラメータBiso max: 79.65 Å2 / Biso mean: 13.73 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2708 Å20 Å20.3984 Å2
2--1.4498 Å20 Å2
3----0.179 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1→14.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3473 0 62 659 4194
Biso mean--15.22 26.15 -
残基数----464
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1209SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes81HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes574HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3684HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion491SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4908SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3684HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5044HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.08
LS精密化 シェル解像度: 1→1.03 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2256 799 5.29 %
Rwork0.2021 14309 -
all0.2034 15108 -
obs--97.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37930.12540.09560.64260.25260.4898-0.00810.01230.0187-0.0448-0.02450.0482-0.0123-0.0370.0326-0.02270.0011-0.0021-0.01050.0002-0.027824.0903-9.94990.1959
20.4439-0.09010.22270.4735-0.19180.56480.00570.0209-0.02570.00970.0050.0296-0.0003-0.0123-0.0108-0.02390.00020.0048-0.01150.0014-0.0243.283310.507223.8212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A32 - 263
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B32 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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