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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uy7 | ||||||||||||
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タイトル | Tetrahymena CST with Polymerase alpha-Primase | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION / telomerase / RNP / CST / polymerase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha DNA polymerase:primase complex / lagging strand elongation / mitotic DNA replication initiation / telomerase holoenzyme complex / leading strand elongation / DNA replication origin binding / telomere maintenance via telomerase / single-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase ...alpha DNA polymerase:primase complex / lagging strand elongation / mitotic DNA replication initiation / telomerase holoenzyme complex / leading strand elongation / DNA replication origin binding / telomere maintenance via telomerase / single-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | He, Y. / Song, H. / Chan, H. / Wang, Y. / Liu, B. / Susac, L. / Zhou, Z.H. / Feigon, J. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structure of Tetrahymena telomerase-bound CST with polymerase α-primase. 著者: Yao He / He Song / Henry Chan / Baocheng Liu / Yaqiang Wang / Lukas Sušac / Z Hong Zhou / Juli Feigon / 要旨: Telomeres are the physical ends of linear chromosomes. They are composed of short repeating sequences (such as TTGGGG in the G-strand for Tetrahymena thermophila) of double-stranded DNA with a single- ...Telomeres are the physical ends of linear chromosomes. They are composed of short repeating sequences (such as TTGGGG in the G-strand for Tetrahymena thermophila) of double-stranded DNA with a single-strand 3' overhang of the G-strand and, in humans, the six shelterin proteins: TPP1, POT1, TRF1, TRF2, RAP1 and TIN2. TPP1 and POT1 associate with the 3' overhang, with POT1 binding the G-strand and TPP1 (in complex with TIN2) recruiting telomerase via interaction with telomerase reverse transcriptase (TERT). The telomere DNA ends are replicated and maintained by telomerase, for the G-strand, and subsequently DNA polymerase α-primase (PolαPrim), for the C-strand. PolαPrim activity is stimulated by the heterotrimeric complex CTC1-STN1-TEN1 (CST), but the structural basis of the recruitment of PolαPrim and CST to telomere ends remains unknown. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Tetrahymena CST in the context of the telomerase holoenzyme, in both the absence and the presence of PolαPrim, and of PolαPrim alone. Tetrahymena Ctc1 binds telomerase subunit p50, a TPP1 orthologue, on a flexible Ctc1 binding motif revealed by cryo-EM and NMR spectroscopy. The PolαPrim polymerase subunit POLA1 binds Ctc1 and Stn1, and its interface with Ctc1 forms an entry port for G-strand DNA to the POLA1 active site. We thus provide a snapshot of four key components that are required for telomeric DNA synthesis in a single active complex-telomerase-core ribonucleoprotein, p50, CST and PolαPrim-that provides insights into the recruitment of CST and PolαPrim and the handoff between G-strand and C-strand synthesis. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uy7.cif.gz | 369.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uy7.ent.gz | 280 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uy7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uy7_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uy7_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uy7_validation.xml.gz | 67.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uy7_validation.cif.gz | 100.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/7uy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/7uy7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Telomerase-associated protein of ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 73899.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: A0PGB2 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 43682.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q6JXI5 |
#3: タンパク質 | 分子量: 19498.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: D2CVN7 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 DE
#4: タンパク質 | 分子量: 50049.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: D2CVN8 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 161986.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q23AJ0, DNA-directed DNA polymerase |
-DNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 F
#6: DNA鎖 | 分子量: 19207.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物) |
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#7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142912 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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