PDB-7uxx: Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uxx

タイトル

Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain

要素

Nucleoprotein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Viral protein / SARS-CoV-2 / CTD / nucleocapsid

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic capsid assembly / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Bezerra, E.H.S. / Tonoli, C.C.C. / Soprano, A.S. / Franchini, K.G. / Trivella, D.B.B. / Benedetti, C.E.

資金援助

ブラジル, 3件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Discovery and structural characterization of chicoric acid as a SARS-CoV-2 nucleocapsid protein ligand and RNA binding disruptor.
著者: Mercaldi, G.F. / Bezerra, E.H.S. / Batista, F.A.H. / Tonoli, C.C.C. / Soprano, A.S. / Shimizu, J.F. / Nagai, A. / da Silva, J.C. / Filho, H.V.R. / do Nascimento Faria, J. / da Cunha, M.G. / ...

履歴

登録	2022年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uxx.cif.gz	170.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uxx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7uxx_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uxx_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7uxx_validation.xml.gz	37.1 KB	表示
CIF形式データ	7uxx_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7uxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7uxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7uxzC 7c22S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Nucleoprotein

BBB: Nucleoprotein

CCC: Nucleoprotein

DDD: Nucleoprotein

EEE: Nucleoprotein

FFF: Nucleoprotein

ヘテロ分子

77.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Nucleoprotein

CCC: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
25.7 kDa, 2 ポリマー

2

BBB: Nucleoprotein

DDD: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー

3

EEE: Nucleoprotein

FFF: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.7 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.615, 119.750, 128.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 12813.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 959 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 100 mM Tris-HCl (pH 8.3), 30% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRUS / ビームライン: MANACA / 波長: 1.3236 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3236 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→43.81 Å / Num. obs: 58500 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.33
反射シェル	解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 5760 / CC_1/2: 0.887 / % possible all: 99.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C22

7c22

解像度: 1.85→43.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 3.143 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	2915	4.984 %
R_work	0.1628	55576	-
all	0.165	-	-
obs	-	58491	99.976 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.406 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.387 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.627 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5256	0	22	959	6237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	5483
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4987
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.598	1.669	7408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.471	1.588	11623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.13	5	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.638	22.092	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.935	15	937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.933	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	4785
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.184	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.647	1.693	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.647	1.693	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.599	2.519	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.598	2.519	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.476	2.046	2833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.476	2.047	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.89	2.931	4095
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.889	2.932	4096
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.326	21.976	6652
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.325	21.974	6652

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.225	260	0.211	4015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.95	0.246	220	0.195	3912	X-RAY DIFFRACTION	99.9516
1.95-2.007	0.239	212	0.201	3834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.007-2.068	0.233	202	0.189	3751	X-RAY DIFFRACTION	99.9747
2.068-2.136	0.234	192	0.176	3589	X-RAY DIFFRACTION	99.9736
2.136-2.211	0.233	152	0.161	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.211-2.294	0.2	186	0.155	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.388	0.214	160	0.163	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.388-2.494	0.251	160	0.165	3138	X-RAY DIFFRACTION	99.9697
2.494-2.616	0.211	168	0.158	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.616-2.757	0.215	154	0.153	2861	X-RAY DIFFRACTION	99.9668
2.757-2.924	0.201	138	0.14	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-3.126	0.193	143	0.135	2560	X-RAY DIFFRACTION	99.963
3.126-3.376	0.184	105	0.147	2413	X-RAY DIFFRACTION	99.9603
3.376-3.698	0.183	98	0.153	2224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.698-4.133	0.164	101	0.136	2016	X-RAY DIFFRACTION	100
4.133-4.771	0.169	112	0.141	1787	X-RAY DIFFRACTION	100
4.771-5.839	0.171	67	0.184	1542	X-RAY DIFFRACTION	100
5.839-8.239	0.236	46	0.218	1241	X-RAY DIFFRACTION	99.9224
8.239-43.81	0.294	39	0.199	728	X-RAY DIFFRACTION	99.3523

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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