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- PDB-7uxg: Crystal structure of putative serine protease YdgD from Escherich... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uxg
タイトルCrystal structure of putative serine protease YdgD from Escherichia coli
要素Serine protease
キーワードHYDROLASE / putative peptidase / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / national institute of allergy and infectious diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase S1B / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Michalska, K. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of putative serine protease YdgD from Escherichia coli
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2022年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3101
ポリマ－29,3101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.145, 98.145, 43.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Serine protease


分子量: 29310.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ydgD, ydgD_2, ACU57_22575, AWP93_25095, BANRA_00056, BJI68_03860, BJJ90_13150, BO068_000205, BON73_10185, BON74_16740, BON75_12740, BON77_15735, BON80_06260, BON89_22320, BON93_05710, ...遺伝子: ydgD, ydgD_2, ACU57_22575, AWP93_25095, BANRA_00056, BJI68_03860, BJJ90_13150, BO068_000205, BON73_10185, BON74_16740, BON75_12740, BON77_15735, BON80_06260, BON89_22320, BON93_05710, BON98_16280, BvCmsHHP019_03974, C5N07_00380, CA593_20015, CG692_07775, CG831_003591, D0X26_02230, D3Y67_19900, DAH17_21610, DAH37_02090, DAH50_20815, DTL43_20775, E2119_03170, E2122_01640, E2131_13845, E2135_13145, E4K51_03735, E5P22_00880, E5P23_12110, E5P26_08885, E5P27_01355, E5P28_03650, E5P29_01740, E5P31_00130, E5P32_21155, E5P35_03725, E5P36_13145, E5P40_08615, E5P51_00995, E5S36_00460, E5S51_05780, E5S57_04080, EC1094V2_2155, EC3234A_33c00980, EI021_03345, EIZ93_12015, EL79_2119, EL80_2146, ELT20_01625, ELT41_03415, ELX85_00120, EYV17_14080, EYV18_16275, F2N31_02590, F9V24_02495, FQF29_12205, FTV90_17140, FV293_22055, G4A38_00120, GIB53_01320, GKF89_18985, GKG12_05835, GP979_01705, GQE64_03555, GRW05_00070, HMV95_01680, HNC36_07925, HX136_13140, IH768_09235, IH772_23575, J0541_000620, JNP96_14205, NCTC11126_06494, NCTC13216_04284, NCTC8008_01932, NCTC8500_02732, NCTC9037_02649, NCTC9045_02872, NCTC9706_03853, SAMEA3472044_02664, SAMEA3472067_01513, SAMEA3752557_01274, SAMEA3753106_04780, WP2S18E08_23190
プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic
参照: UniProt: W8T1B8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Hepes pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 11646 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 78.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.011 / Net I/σ(I): 1.78
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 1.585 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 584 / CC1/2: 0.755 / Rpim(I) all: 0.392 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2

解像度: 2.24→42.5 Å / SU ML: 0.4641 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 50.2333
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3098 1075 4.8 %RANDOM
Rwork0.2584 21304 --
obs0.2608 11624 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 115.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→42.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1814 0 0 0 1814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00351860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75542540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0469283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1013669
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.340.41961220.45472655X-RAY DIFFRACTION98.97
2.35-2.470.40881120.45192677X-RAY DIFFRACTION99.93
2.47-2.620.47341080.42892719X-RAY DIFFRACTION99.93
2.62-2.820.4411480.4162637X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.110.41731680.4142610X-RAY DIFFRACTION99.96
3.11-3.560.3661400.34472682X-RAY DIFFRACTION100
3.56-4.480.33531250.24252675X-RAY DIFFRACTION100
4.49-42.50.24041520.18032649X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.114825370891.26573717168-2.840593702725.11152120028-1.831508419296.64483927178-0.2374590598080.1537815883370.9075030766980.644071460383-0.1391255620680.487958479423-1.227031953840.007124944652410.3441119534230.903028585191-0.0134437577803-0.1866041170190.873381799782-0.05399650381431.1614340726239.573976966859.85349548320.923370395963
29.660638206972.53692637092-3.522187058994.138746803740.3115159760027.48964459702-0.488006055444-0.838514928354-2.239179401470.2541851566310.0459075775247-0.7165874077150.2343412192831.214144814860.3688362465090.5570763599690.0475987473763-0.1878389945090.8699014420650.2562741448981.3782408313849.130038661945.02023721590.511793869611
38.47357416501-0.898303913066-2.156632449229.49635831348-0.7126736785745.90946354475-0.297662056194-0.458225706258-0.40954927162-0.109857920756-0.5722089646420.215498819845-0.174799619375-0.4911587480980.8897270066730.370318413765-0.0353594354495-0.0131554892550.641331308450.03984674006590.80789015699330.944370457146.9723213725-0.62647954802
49.552340122043.26299990244-2.089817661888.34551749898-0.6287564666037.27312863034-0.0569167999264-0.6320905078621.956729547370.955554774199-0.348443325571-0.200645846377-1.569755363550.6546800040460.3962099325310.823304860480.010818951961-0.2279442190550.8495572977010.03870070871221.0596729201641.00898958560.8318794559-0.700614300884
58.194135097021.78495417527-4.43542978233.173273745691.455376017284.469074725960.1071879179320.8764136467861.23048820670.9567765061920.816044997142-1.39494319374-0.06248817589110.829890797003-0.8964536391670.805292052585-0.15652638807-0.03791320282140.945111574550.006665162210670.85494665116638.383210303551.7925223602-11.6590190272
67.5697470774-1.54398705371-1.465640339543.95874673767-0.04339213050659.53808509342-0.3915186991580.39368128355-1.23294825749-0.107748282929-0.4913934680070.2643011120450.5946581266870.04875897699270.6958113487840.5310701750360.0532450309298-0.06848193133140.491489606855-0.008086463682130.81648085936230.677347062949.2883300335-1.7026137457
70.9015968028180.453523543284-0.5588227672560.232146262363-0.2920229100280.36883194761.277945280643.826260121564.04815069171-1.65559275497-2.21874180269-2.28061957201-0.1454006979132.321803188491.021493225461.37186613522-0.1228655850020.3684298038222.475118624760.7773970397151.9713772049444.971154501757.7704993699-18.8557348724
87.89824112652-2.593936610514.098575232119.15640113903-0.5653565838313.569374759060.247106691793-0.16238177931-2.0607370242-1.4815040318-0.150480325674-0.1022834225472.458150340240.669593886798-0.09317850841651.077534519840.1382148243480.1879694282330.723621628683-0.1149211270671.5190239256738.984073520337.7514382929-4.42747489387
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 35 through 63 )35 - 631 - 29
22chain 'A' and (resid 64 through 151 )64 - 15130 - 117
33chain 'A' and (resid 152 through 186 )152 - 186118 - 152
44chain 'A' and (resid 187 through 202 )187 - 202153 - 168
55chain 'A' and (resid 203 through 225 )203 - 225169 - 191
66chain 'A' and (resid 226 through 242 )226 - 242192 - 208
77chain 'A' and (resid 243 through 254 )243 - 254209 - 220
88chain 'A' and (resid 255 through 273 )255 - 273221 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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