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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ux0 | |||||||||
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タイトル | Human Sperm TMEM95 Ectodomain | |||||||||
要素 | Sperm-egg fusion protein TMEM95 | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION / Fertilization / Sperm-egg binding / Sperm-egg fusion / Acrosomal membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | TMEM95 family / TMEM95 family / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / sperm plasma membrane / membrane => GO:0016020 / TRIETHYLENE GLYCOL / Sperm-egg fusion protein TMEM95 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å | |||||||||
データ登録者 | Tang, S. / Kim, P.S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Human sperm TMEM95 binds eggs and facilitates membrane fusion. 著者: Tang, S. / Lu, Y. / Skinner, W.M. / Sanyal, M. / Lishko, P.V. / Ikawa, M. / Kim, P.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ux0.cif.gz | 64.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ux0.ent.gz | 48.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ux0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ux0_validation.pdf.gz | 819.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ux0_full_validation.pdf.gz | 820.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ux0_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ux0_validation.cif.gz | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7ux0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7ux0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13805.021 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM95, UNQ9390/PRO34281 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3KNT9 |
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#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-PGE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 7.3, 30 mM CaCl2, 2% (w/v) PPG-P400, and 22% (w/v) PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月31日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→36.01 Å / Num. obs: 20505 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.52 Å / Num. unique obs: 1004 / CC1/2: 0.855 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.49→36.01 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.92 Å2 / Biso mean: 30.2975 Å2 / Biso min: 11.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.49→36.01 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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