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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uww | ||||||
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タイトル | Sas6 with alpha-cyclodextrin | ||||||
要素 | Starch Adherence System protein 6 (Sas6) | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / CBM74 / CBM26 / carbohydrate-binding module / starch-binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ruminococcus bromii L2-63 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å | ||||||
データ登録者 | Photenhauer, A.L. / Koropatkin, N.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: The Ruminococcus bromii amylosome protein Sas6 binds single and double helical alpha-glucan structures in starch. 著者: Photenhauer, A.L. / Villafuerte-Vega, R.C. / Cerqueira, F.M. / Armbruster, K.M. / Marecek, F. / Chen, T. / Wawrzak, Z. / Hopkins, J.B. / Vander Kooi, C.W. / Janecek, S. / Ruotolo, B.T. / Koropatkin, N.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uww.cif.gz | 498.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uww.ent.gz | 409.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uww.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uww_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uww_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uww_validation.xml.gz | 61 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uww_validation.cif.gz | 94.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/7uww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/7uww | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uwuSC 7uwvC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 68911.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ruminococcus bromii L2-63 (バクテリア) 遺伝子: Sas6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: A0A2N0UYM2 #2: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-非ポリマー , 4種, 1492分子
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-SCN / #5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: PEG 3350, Potassium thiocyanate, TEW |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.61→35 Å / Num. obs: 122358 / % possible obs: 77 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 1690626 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7UWU 解像度: 1.61→34.995 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.22 Å2 / Biso mean: 23.7454 Å2 / Biso min: 5.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.61→34.995 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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