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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uwv | ||||||
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タイトル | CBM74 from Ruminococcus bromii Sas6 with maltodecaose | ||||||
要素 | CBM74 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / CBM74 / Sas6 / Ruminococcus bromii / starch binding protein / maltodecaose | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ruminococcus bromii L2-63 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Photenhauer, A.L. / Koropatkin, N.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: The Ruminococcus bromii amylosome protein Sas6 binds single and double helical alpha-glucan structures in starch. 著者: Photenhauer, A.L. / Villafuerte-Vega, R.C. / Cerqueira, F.M. / Armbruster, K.M. / Marecek, F. / Chen, T. / Wawrzak, Z. / Hopkins, J.B. / Vander Kooi, C.W. / Janecek, S. / Ruotolo, B.T. / Koropatkin, N.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uwv.cif.gz | 226.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uwv.ent.gz | 178.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uwv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uwv_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uwv_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uwv_validation.xml.gz | 26.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uwv_validation.cif.gz | 42.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/7uwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/7uwv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uwuSC 7uwwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 57526.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ruminococcus bromii L2-63 (バクテリア) 遺伝子: RBL236_00020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N0UYM2 |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1963.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
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#3: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 3種, 678分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% Tacsimate, 0.1M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→80.04 Å / Num. obs: 84139 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 17.2 / Num. measured all: 512902 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7UWU 解像度: 1.7→80.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.882 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73 Å2 / Biso mean: 30.171 Å2 / Biso min: 17.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→80.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.701→1.745 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 38.9175 Å / Origin y: 41.2688 Å / Origin z: 43.5364 Å
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