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- PDB-7uwq: Klebsiella pneumoniae adenosine monophosphate nucleosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uwq
タイトルKlebsiella pneumoniae adenosine monophosphate nucleosidase
要素AMP nucleosidase
キーワードHYDROLASE / nucleosidase / AMP / salvage
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP nucleosidase / AMP nucleosidase activity / nucleoside metabolic process / AMP salvage / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AMP nucleoside phosphorylase, N-terminal / AMP nucleoside phosphorylase, N-terminal domain superfamily / Bacterial AMP nucleoside phosphorylase N-terminus / AMP nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Richardson, B.C. / French, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM124898 米国
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2022
タイトル: Structure of Klebsiella pneumoniae adenosine monophosphate nucleosidase.
著者: Brian C Richardson / Roger Shek / Wesley C Van Voorhis / Jarrod B French /
要旨: Klebsiella pneumoniae is a bacterial pathogen that is increasingly responsible for hospital-acquired pneumonia and sepsis. Progressive development of antibiotic resistance has led to higher mortality ...Klebsiella pneumoniae is a bacterial pathogen that is increasingly responsible for hospital-acquired pneumonia and sepsis. Progressive development of antibiotic resistance has led to higher mortality rates and creates a need for novel treatments. Because of the essential role that nucleotides play in many bacterial processes, enzymes involved in purine and pyrimidine metabolism and transport are ideal targets for the development of novel antibiotics. Herein we describe the structure of K. pneumoniae adenosine monophosphate nucleosidase (KpAmn), a purine salvage enzyme unique to bacteria, as determined by cryoelectron microscopy. The data detail a well conserved fold with a hexameric overall structure and clear density for the putative active site residues. Comparison to the crystal structures of homologous prokaryotic proteins confirms the presence of many of the conserved structural features of this protein yet reveals differences in distal loops in the absence of crystal contacts. This first cryo-EM structure of an Amn enzyme provides a basis for future structure-guided drug development and extends the accuracy of structural characterization of this family of proteins beyond this clinically relevant organism.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMP nucleosidase
B: AMP nucleosidase
C: AMP nucleosidase
D: AMP nucleosidase
E: AMP nucleosidase
F: AMP nucleosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,9586
ポリマ－331,9586
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "C"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "A"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUARGC1 - 433
d_21ens_1LEUARGB1 - 433
d_31ens_1LEUARGA1 - 433
d_41ens_1LEUARGD1 - 433
d_51ens_1LEUARGE1 - 433
d_61ens_1LEUARGF1 - 433

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.500411239514, 0.865787843745, -3.1491801E-5), (0.865787841782, -0.500411234933, 9.4740596E-5), (6.2652154E-5, -7.467653E-5, -0.999999995016)-25.3149094865, 43.8349847159, 115.539991931
2given(-0.503690106442, 0.863881881182, -0.00209094188407), (-0.863883586079, -0.50368480354, 0.00260161230198), (0.00119431007745, 0.0031167367504, 0.999994429772)46.3236711421, 166.813204512, -0.116585796718
3given(-0.99999309095, -0.000657065612889, 0.00365873171766), (-0.000667400499106, 0.999995789187, -0.00282421415163), (-0.00365686061742, -0.00282663647836, -0.999989318691)142.120683655, 0.264419593249, 115.80086727
4given(-0.500721258552, -0.865608387853, 0.000583192301137), (0.865606971756, -0.50072151258, -0.00159288629557), (0.00167083266949, -0.000292776708909, 0.999998561299)167.564179463, 43.8352086808, -0.0709989155511
5given(0.499618788321, -0.866244919906, -0.000897270341845), (-0.86624241448, -0.499619519701, 0.00210116373088), (-0.002268416185, -0.000272527249923, -0.999997390005)96.3884794334, 166.910483855, 115.663370304

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要素

#1: タンパク質
AMP nucleosidase


分子量: 55326.336 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: amn, A7B01_08185, B4U61_13745, B5L96_10595, BL124_00007990, BN49_3643, BS595_23510, C3F39_24645, DDJ63_13085, DRB11_00280, EAO17_04140, FXN67_19000, G5637_19470, G7Z27_09550, GJJ12_013280, ...遺伝子: amn, A7B01_08185, B4U61_13745, B5L96_10595, BL124_00007990, BN49_3643, BS595_23510, C3F39_24645, DDJ63_13085, DRB11_00280, EAO17_04140, FXN67_19000, G5637_19470, G7Z27_09550, GJJ12_013280, GNE24_03025, GNG14_09410, GPZ86_08955, HV479_00330, NCTC11679_01882, NCTC13443_04974, NCTC13465_03257, NCTC204_04420, NCTC9128_08085, NCTC9617_06427, NCTC9637_02601, SAMEA3499874_04631, SAMEA3499901_02408, SAMEA3500057_04230, SAMEA3512100_00855, SAMEA3538828_00203, SAMEA3649733_00677, SAMEA3649758_02509, SAMEA3720909_04803, SAMEA3727630_01134, SAMEA3727643_04047, SAMEA3727679_02343, SAMEA3729663_00178, SAMEA4364603_01617, SAMEA4873619_01962, SAMEA4873632_01182
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 Rosetta / 参照: UniProt: W9BAW3, AMP nucleosidase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Adenosine monophosphate nucleosidase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) R3 Rosetta
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 uMHEPES1
2500 mMsodium chlorideNaCl1
35 %glycerol1
42 mMDTT1
5.025 %sodium azide1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 96 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 9 second blot

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 679
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
7PHENIX1.18.2-3874モデルフィッティング
9cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.1分類
12cryoSPARC3.3.1３次元再構成
13PHENIX1.18.2-3874モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1494578
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114781 / クラス平均像の数: 17 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 1T8R

1t8r


Accession code: 1T8R / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 82.81 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004521048
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.547528686
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04443204
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00463702
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.41452874
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000705850679258
ens_1d_3CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707263209159
ens_1d_4CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000713556213853
ens_1d_5CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000713736078961
ens_1d_6CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000715333618246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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