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- PDB-7uwp: Detergent-bound CYP51 from Acanthamoeba castellanii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uwp
タイトルDetergent-bound CYP51 from Acanthamoeba castellanii
要素sterol 14a-demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 / CYP51 / STEROL 14 ALPHA- DEMETHYLASE / sterol biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid 7-alpha-hydroxylase activity / oxysterol 7-alpha-hydroxylase activity / bile acid biosynthetic process / methyltransferase activity / cholesterol homeostasis / methylation / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Obtusifoliol 14alphademethylase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Lepesheva, G.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM067871 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Identification of Potent and Selective Inhibitors of Acanthamoeba: Structural Insights into Sterol 14-Demethylase as a Key Drug Target
著者: Hargrove, T.Y. / Lamb, D.C. / Wawrzak, Z. / Hull, M. / Kelly, S.L. / Guengerich, F.P. / Lepesheva, G.I.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sterol 14a-demethylase
B: sterol 14a-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1496
ポリマ－104,8952
非ポリマー2,2544
水14,124784
1
A: sterol 14a-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5743
ポリマ－52,4471
非ポリマー1,1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: sterol 14a-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5743
ポリマ－52,4471
非ポリマー1,1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.397, 101.561, 122.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 sterol 14a-demethylase / Obtusifoliol 14alphademethylase / putative


分子量: 52447.324 Da / 分子数: 2 / 変異: HIS TAG ADDED TO THE C-TERMINUS / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS-174 / 参照: UniProt: L8GJB3, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 784 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 3350, potassium phosphate, (2R,3R,4S,5S,6R)-2-(((2R,3S,4R,5R,6R)-6-(dodecyloxy)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl)oxy)-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月21日 / 詳細: BE LENS
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 91205 / % possible obs: 89.48 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1947 / CC1/2: 0.632 / CC star: 0.88 / Rpim(I) all: 0.533 / % possible all: 28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6mcw

6mcw


解像度: 1.95→28.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.806 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2251 4062 5 %RANDOM
Rwork0.1933 ---
obs0.1949 77442 89.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.39 Å2 / Biso mean: 25.24 Å2 / Biso min: 6.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→28.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7122 0 156 784 8062
Biso mean--15.36 33.89 -
残基数----888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0137470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0157128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.221.68110130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2871.61116442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4285886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.77122.051390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.953151270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4851548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.028312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021744
LS精密化 シェル解像度: 1.952→2.003 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 103 -
Rwork0.259 1947 -
all-2050 -
obs--30.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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