ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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xia2 | | データスケーリング | REFMAC | 5.8.0267精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | xia2 | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 12.069 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor![](img/lk-wikipe.gif) | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree![](img/lk-wikipe.gif) | 0.2772 | 2150 | 12 % | RANDOM |
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Rwork![](img/lk-wikipe.gif) | 0.2133 | - | - | - |
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obs | 0.2211 | 15582 | 96.09 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 130.55 Å2 / Biso mean: 38.235 Å2 / Biso min: 27.38 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.47 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.89 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -1.42 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.77→22 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1301 | 0 | 12 | 72 | 1385 |
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Biso mean | - | - | 47.79 | 52.02 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 166 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.002 | 0.013 | 1328 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.016 | 1245 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.182 | 1.65 | 1806 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.066 | 1.586 | 2878 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.611 | 5 | 164 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg37.629 | 25.968 | 62 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.786 | 15 | 224 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg10.443 | 15 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.035 | 0.2 | 183 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.003 | 0.02 | 1493 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 279 | X-RAY DIFFRACTION | r_rigid_bond_restr1.176 | 3 | 2569 | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.77→1.816 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.303 | 147 | - |
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Rwork | 0.275 | 1162 | - |
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all | - | 1309 | - |
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obs | - | - | 96.25 % |
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