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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uv8 | |||||||||
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タイトル | Rad6-Bre1 Complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/LIGASE / E2 conjugation / E3 Ligase / LIGASE / TRANSFERASE-LIGASE complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MUB1-RAD6-UBR2 ubiquitin ligase complex / RAD6-UBR2 ubiquitin ligase complex / Rad6-Rad18 complex / regulation of dipeptide transport / UBR1-RAD6 ubiquitin ligase complex / HULC complex / error-free postreplication DNA repair / stress-induced homeostatically regulated protein degradation pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system ...MUB1-RAD6-UBR2 ubiquitin ligase complex / RAD6-UBR2 ubiquitin ligase complex / Rad6-Rad18 complex / regulation of dipeptide transport / UBR1-RAD6 ubiquitin ligase complex / HULC complex / error-free postreplication DNA repair / stress-induced homeostatically regulated protein degradation pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / meiotic DNA double-strand break formation / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / telomere maintenance via recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA duplex unwinding / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / error-free translesion synthesis / sporulation resulting in formation of a cellular spore / proteasome binding / DNA replication origin binding / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / subtelomeric heterochromatin formation / error-prone translesion synthesis / ERAD pathway / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / DNA-templated transcription termination / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA repair / chromatin / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Shukla, P.K. / Chandrasekharan, M.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023 タイトル: Structure and functional determinants of Rad6-Bre1 subunits in the histone H2B ubiquitin-conjugating complex. 著者: Shukla, P.K. / Bissell, J.E. / Kumar, S. / Pokhrel, S. / Palani, S. / Radmall, K.S. / Obidi, O. / Parnell, T.J. / Brasch, J. / Shrieve, D.C. / Chandrasekharan, M.B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uv8.cif.gz | 207.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uv8.ent.gz | 169.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uv8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uv8_validation.pdf.gz | 448.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uv8_full_validation.pdf.gz | 464.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7uv8_validation.xml.gz | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uv8_validation.cif.gz | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/7uv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/7uv8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uvcC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17191.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD6, UBC2, YGL058W / プラスミド: pRSF-Duet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06104, E2 ubiquitin-conjugating enzyme |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24833.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BRE1, YDL074C / プラスミド: pRSF-Duet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07457, RING-type E3 ubiquitin transferase |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % |
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結晶化 | 温度: 286.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.05 to 0.1 M MMT buffer and 15-25% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: 80 / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月18日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→38.55 Å / Num. obs: 19967 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 20.9 / 冗長度: 37.72 % / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.83 Å / Num. unique obs: 710 / Rsym value: 3.39 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→38.49 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 203.58 Å2 / Biso mean: 105.6 Å2 / Biso min: 53.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→38.49 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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