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- PDB-7uv6: Isoreticular, interpenetrating co-crystal of Replication Initiato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uv6
タイトルIsoreticular, interpenetrating co-crystal of Replication Initiator Protein REPE54 and scaffold duplex (21mer) containing the cognate REPE54 sequence and an insert duplex (10mer) with guest TAMRA-labelled thymine and G-C rich sequence.
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*T(TAMRA)P*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
  • Replication initiation protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Replication Initiator RepE Complex Co-Crystal / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / DNA replication initiation / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Initiator Rep protein / Initiator Replication protein, WH1 / Initiator Rep protein, WH2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Replication initiation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Orun, A.R. / Snow, C.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2003748 米国
引用ジャーナル: Acs Nano / 年: 2023
タイトル: Modular Protein-DNA Cocrystals as Precise, Programmable Assembly Scaffolds.
著者: Orun, A.R. / Shields, E.T. / Dmytriw, S. / Vajapayajula, A. / Slaughter, C.K. / Snow, C.D.
履歴
登録2022年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
C: Replication initiation protein
E: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*T(TAMRA)P*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,84910
ポリマ－49,7275
非ポリマー1225
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.085, 128.495, 137.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 ABEF

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6367.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*G)-3')


分子量: 6478.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 3071.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*T(TAMRA)P*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 3061.991 Da / 分子数: 1 / Mutation: TAMRA-labelled thymine2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Replication initiation protein / Protein E / Protein rep / Protein F4


分子量: 30749.053 Da / 分子数: 1 / Mutation: R118P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: repE, E, rep, ECOK12F045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03856

-
非ポリマー , 2種, 38分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 300 mM MgCl2, 15% PEG 400, and 100 mM Tris HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年10月1日
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→38.93 Å / Num. obs: 17957 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 74.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06592 / Rpim(I) all: 0.02637 / Rrim(I) all: 0.07107 / Net I/σ(I): 20.25
反射 シェル解像度: 2.72→2.817 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 1779 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.4476 / Rrim(I) all: 1.216 / % possible all: 99.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot0.8.9.3-pre ELモデル構築
XDSJune 30, 2021データ削減
XSCALEJune 30, 2021データスケーリング
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7u6k

7u6k


解像度: 2.72→38.93 Å / SU ML: 0.4435 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4939
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 1783 9.96 %
Rwork0.1955 16120 -
obs0.1985 17903 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→38.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1767 1259 5 33 3064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01253277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47784693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0839509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0129388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.7247857
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.790.46951400.38831231X-RAY DIFFRACTION99.64
2.79-2.880.37711260.34471229X-RAY DIFFRACTION99.78
2.88-2.970.38541370.28961248X-RAY DIFFRACTION99.93
2.97-3.070.32771380.27331202X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.20.30681340.26971229X-RAY DIFFRACTION99.93
3.2-3.340.24071270.21051209X-RAY DIFFRACTION97.73
3.34-3.520.23681460.18781225X-RAY DIFFRACTION99.28
3.52-3.740.26741360.19651249X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.030.24531360.19381227X-RAY DIFFRACTION99.93
4.03-4.430.21161360.16791257X-RAY DIFFRACTION99.93
4.43-5.070.17621370.15581258X-RAY DIFFRACTION100
5.07-6.380.19941440.1671258X-RAY DIFFRACTION100
6.39-38.930.1611460.18271298X-RAY DIFFRACTION96.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8939286589-0.595070526179-0.8033966435210.2776437729120.07343168467672.789281975270.131368071010.414394183399-1.12499974073-0.668409878611-0.08883947779590.05952515949150.2109914694540.0839349843188-0.1309322120540.7599395272680.01891838515460.1189041730020.619036621058-0.3174258875761.06858960387-10.7900310201-47.7259034534-14.5405258901
21.0571921791-0.07622343790821.544827755912.08407729271-0.5320587950864.482590489450.1827909966-0.0218019284235-0.831140803252-0.3155014969980.216295254938-0.4475015967390.4889888251670.533477216276-0.3927372235320.5473391310380.03414938829410.1025913716010.556062812235-0.1752235786061.00273999941-3.35113844521-48.8042864041-6.39279738761
32.3213348231-0.5420075251530.2218495203672.67705890858-0.9008370053362.51756215484-0.0634971262786-0.120326912499-0.660105789044-0.2569670165010.1408826560870.1572893096520.165682226864-0.450393447601-0.09637532588050.421354075608-0.0709483567410.08559857933310.536188927043-0.1545301547450.679482308435-21.1714187143-38.5565030285-5.18844802606
45.046353887530.580400128513-0.415550745076.758818813841.251223061486.979781894790.0139047926099-0.112000741754-0.0884244140001-0.47356193110.01636560921140.8863892458070.143340520419-0.867118182128-0.02199786615190.4214673839250.0322858949219-0.007196573657920.612402062155-0.07075254589170.647469548282-29.8301829-31.2372265518-7.80989802097
54.03753163303-1.18853945492-1.538999312962.902252487210.4586861187661.09891412153-0.226754965388-0.7854940184940.620806391244-0.09185432627040.341924119071-0.596174165162-0.631821386708-0.0369786822227-0.2365486848510.9550088399250.05139610315660.1572895563360.764048032668-0.3325764839210.884505957955-18.0299431948-12.8386835962-4.32909302086
61.64457018781-1.10242585401-1.099836142791.548262004190.6014569992092.011447213090.1239857473920.845755282057-0.11730075358-0.856986487723-0.27219821735-0.7796038853950.1420360098290.42773037791-0.2476258340071.264387100730.09882303997280.4889245730531.16803375389-0.3596181509610.927233433626-2.02871145253-32.6239115745-26.7496641638
72.31581148094-0.881006117745-0.8167221761482.3034289115-0.6888438395881.234010123880.5963314796590.6386524124360.0871062112559-0.550075881648-0.2272553936690.00443898987882-0.06754978406350.348627523529-0.07637915524551.335104417580.1729694618870.4993365633611.24075234538-0.4134523300411.170130271391.37079687656-38.5880473031-30.3335847936
81.986640398590.3601050735951.246866369823.84522983519-1.696526022371.783583739590.01658649715720.1430259104440.862364577556-0.459036217964-0.15117021523-0.276837883447-0.396285046413-0.08319198369890.2375144743760.829417997188-0.01937438184980.2136067843130.676872953966-0.2612560679010.783598653588-13.9800354056-16.0049316255-9.80993911685
91.680307134920.512724284184-0.534929423020.5026707125380.7213392223542.442291150620.0743928369397-0.4807763811210.1618412879980.937872071778-0.01931427399860.440189457617-0.33329838348-0.2528358211670.1654691859791.850906149550.507473160460.245184885281.45048067902-1.031508777721.502736670798.11090267633-59.4789564239-46.5345509189
100.1529933327550.342395019221-0.3161930262582.143628283660.1442684968281.338273292280.240443195767-0.3612425659340.5361072214260.6380196570860.131848143834-0.00127245178169-0.592101460414-0.207354180296-0.008557387190751.896980942930.5885707697570.3424812015691.76890567441-1.146057606091.3887433102110.1014465784-64.0436229626-50.8394741803
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 15 through 89 )CC15 - 892 - 70
22chain 'C' and (resid 90 through 132 )CC90 - 13271 - 102
33chain 'C' and (resid 133 through 208 )CC133 - 208103 - 175
44chain 'C' and (resid 209 through 245 )CC209 - 245176 - 212
55chain 'A' and (resid 0 through 9 )AA0 - 9
66chain 'A' and (resid 10 through 20 )AA10 - 20
77chain 'B' and (resid 22 through 31 )BB22 - 31
88chain 'B' and (resid 32 through 42 )BB32 - 42
99chain 'E' and (resid 21 through 30 )EI21 - 30
1010chain 'F' and (resid 12 through 21 )FJ12 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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