PDB-7utf: Structure-Function characterization of an aldo-keto reductase inv...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7utf

タイトル

Structure-Function characterization of an aldo-keto reductase involved in detoxification of the mycotoxin, deoxynivalenol

要素

Putative oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TIM Barrel / DON epimerization / detoxification

機能・相同性

NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / CITRATE ANION / Putative oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium leguminosarum (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Abraham, N. / Schroeter, K.L. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y.K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structure-function characterization of an aldo-keto reductase involved in detoxification of the mycotoxin, deoxynivalenol.
著者: Abraham, N. / Schroeter, K.L. / Zhu, Y. / Chan, J. / Evans, N. / Kimber, M.S. / Carere, J. / Zhou, T. / Seah, S.Y.K.

履歴

登録	2022年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7utf.cif.gz	621.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7utf.ent.gz	431.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7utf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7utf_validation.pdf.gz	510.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7utf_full_validation.pdf.gz	529.4 KB	表示
XML形式データ	7utf_validation.xml.gz	53.1 KB	表示
CIF形式データ	7utf_validation.cif.gz	75.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/7utf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/7utf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xk2S S: 精密化の開始モデル
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リンク

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#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (3)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
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グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
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アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein

B: Putative oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein

C: Putative oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein

D: Putative oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein

ヘテロ分子

162 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein

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ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein

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ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
325 kDa, 8 ポリマー
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2

B: Putative oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein

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単位格子

Length a, b, c (Å)	159.450, 159.450, 163.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2
Space group name Hall	P4ab2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z #3: y+1/2,-x+1/2,z #4: x+1/2,-y+1/2,-z #5: -x+1/2,y+1/2,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-673- HOH

#1: タンパク質	Putative oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein 分子量: 39736.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum (根粒菌) / 遺伝子: Rleg4DRAFT_7458 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J0WHR2
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
2	3.19	61.5
1

結晶化

温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 11 mg/ml protein, 400 micromolar NADP+, 0.8M ammonium sulfate, 20mM ammonium acetate, and 0.1M TRIS citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.03321 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46.45 Å / Num. obs: 73419 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 16.4 % / B_iso Wilson estimate: 47.35 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.2617 / R_pim(I) all: 0.06645 / R_rim(I) all: 0.2701 / Net I/σ(I): 11.52
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 16.6 % / R_merge(I) obs: 2.503 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 7223 / CC_1/2: 0.595 / CC star: 0.864 / R_pim(I) all: 0.6274 / R_rim(I) all: 2.581 / % possible all: 99.81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XK2

4xk2

解像度: 2.5→46.45 Å / SU ML: 0.3345 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.7417
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	3667	5 %
R_work	0.1847	69648	-
obs	0.1871	73312	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9821	0	183	575	10579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	10181
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4331	13810
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0367	1457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	1775
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8943	3683

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.3741	141	0.3125	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.57	0.3214	139	0.2774	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.57-2.6	0.2978	137	0.2656	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.6-2.64	0.3286	138	0.2549	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.64-2.68	0.3271	140	0.2629	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.68-2.73	0.3002	139	0.2587	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.73-2.78	0.3094	139	0.2386	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.78-2.83	0.2959	140	0.2346	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.83-2.88	0.2698	139	0.2407	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.88-2.94	0.2956	139	0.2396	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3	0.3059	140	0.232	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3-3.07	0.2825	140	0.2337	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.07-3.15	0.2783	140	0.2338	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.15-3.23	0.2418	139	0.2	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.23-3.33	0.2551	140	0.1856	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.33-3.44	0.2157	140	0.1699	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.44-3.56	0.2222	142	0.172	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.56-3.7	0.2257	141	0.1664	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.7-3.87	0.1823	141	0.1541	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.87-4.07	0.1892	141	0.1421	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.08-4.33	0.1905	142	0.1309	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-4.66	0.174	143	0.1313	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-5.13	0.1833	143	0.1414	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
5.13-5.87	0.2139	145	0.1719	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
5.88-7.4	0.2574	146	0.1945	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.93
7.4-46.45	0.219	153	0.1837	2898	X-RAY DIFFRACTION	98.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.91279783927	0.218855975882	-0.20239067522	3.29592600963	0.457973080334	1.18007648122	0.14231522329	0.0649455308931	-0.481609183933	-0.0165811998396	0.00366127963358	-0.273299343145	0.430609048549	0.21757458694	-0.0889523503476	0.556758769351	0.14015795335	-0.106618596568	0.413804827162	-0.0184586878744	0.39457335196	15.0922974118	52.3876823264	23.2733565541
2	2.97191079423	2.44708040626	0.751195492675	5.84768843946	0.902585006989	4.03199316598	-0.0364698329307	0.392494517104	0.265626330055	-0.434405449561	0.112652646147	0.15631106275	0.390044555169	0.157999946624	-0.0691569057025	0.363731682071	0.16159436971	-0.0809014591432	0.35029456628	0.00245747512247	0.38130272551	11.772320247	57.9931936674	16.9065890415
3	1.83938272695	0.824214214931	0.790894900597	3.2207057842	1.58515743619	5.01720013431	0.20046775157	0.278964088111	0.0240089907733	-0.259644439089	-0.0263414330906	-0.26493179727	0.106354271802	0.726414103928	-0.179716822371	0.305493277721	0.0816728530878	-0.014086465563	0.382413710085	-0.0565963272601	0.363293703862	18.8818110914	71.5074175166	26.9585704872
4	1.01348336853	-0.420694567032	-0.179259684652	2.18846359368	0.0717109239804	0.427187298045	0.0155983526376	-0.121016702097	-0.0991716056212	0.0537088792913	0.0238063341658	-0.205897668311	0.346995574329	0.360950036263	-0.0535054830996	0.419813265562	0.139019699231	-0.0713210734661	0.414271795486	-0.0353840116273	0.328840743073	18.0794619919	60.8770603784	38.9341135046
5	7.41308135445	3.01106025597	0.932761842556	7.72845544398	1.32058214146	4.50278213492	0.199852952443	0.0906674192507	-0.306801949464	0.219346479458	-0.198562637104	-0.399870760993	0.868652620038	0.769799106381	-0.176911830285	0.97086894419	0.378803823234	-0.0816226695411	0.712626810913	0.112827834797	0.53030559618	32.3053492264	37.3325159516	39.6103023323
6	3.48842913009	0.538114340281	0.0825642650114	2.96514155005	-1.71876295118	2.04824840234	0.407503534523	0.135031659989	-0.712321244277	-0.629180741529	0.00396089782959	-0.0290961219455	1.64609586665	0.189194826816	-0.370529892054	0.858892895556	0.287872196068	-0.102632150374	0.527676972637	0.056653529099	0.556978383099	21.8142003239	39.0796771191	34.2966458583
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29	5.37774143626	3.74186356102	-2.99831957589	3.49211665182	-1.43837741985	4.1124037152	-0.0761385361951	0.23136291101	-0.172130539542	-0.234898608345	0.0963928285084	-0.089671754161	-0.224358601073	-0.465731791003	0.0104349620986	0.349940283747	0.105027329855	0.0306214785141	0.248018976363	0.0689983539273	0.339730210426	68.11174287	16.7535805369	6.28838015932
30	2.26538343759	1.162760662	-0.784757752001	0.898896067805	-1.06481907258	4.59804515267	0.14302187698	0.118205003851	0.0456718726229	-0.259684301251	0.0568253360114	0.218685978466	-0.147722899807	-0.340444008405	-0.213042296501	0.32953987825	0.0778342327949	0.0446960551148	0.25153119406	0.0601183313198	0.353871338532	70.0049782896	12.7966246845	15.3877909558
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32	1.73981824469	1.33199193726	-0.0729746398394	1.92323574093	-0.795262052455	0.692527983526	0.14891462574	-0.0348472347399	0.285211320494	-0.337523855011	0.0200744859286	-0.0863367144695	-0.68686951292	-0.249221962966	-0.185598375987	0.691757862503	0.1036562422	0.16644572619	0.345725392387	0.0679592219281	0.37698086825	70.6152051405	29.0747533302	23.7477221717
33	4.66791496889	-0.0350356967386	0.663358950793	5.16464276702	0.171992707077	4.1644053975	0.157634362205	0.0456902305804	0.65247288884	-0.448743479335	0.0970530429666	0.762289571235	-1.45228520035	-0.827019411817	-0.258590727688	1.57831633922	0.338243337556	0.175491558424	0.61036438371	-0.00315745000719	0.883735668502	64.1639671112	50.3515843734	19.2339812017
34	0.906419994688	0.882350945138	-0.969663373007	4.65785984224	-0.360974257948	1.15861854184	0.210519829616	0.205423626822	0.380353355022	-0.0178769805918	0.325800987737	0.152439189841	-1.62113618961	-0.56281993812	-0.385990164696	0.957021819984	0.0568707530624	0.234258949584	0.442005506972	0.0831814022696	0.55629534911	74.4034783228	42.0234618971	13.2351134039
35	7.03419444862	5.33796917116	-5.41004893843	5.27997518551	-6.04279122535	7.24968229121	0.236385611484	-0.432660159069	0.442703782455	0.223817575597	-0.132121579948	0.257637155769	-1.1945853813	0.192000564976	-0.191526146269	1.33812902369	0.188613211465	0.207838187165	0.458723644896	0.00316396585668	0.533632215659	69.3143533274	43.4570900122	31.1901558739
36	9.5038280352	-1.71071160047	5.82874062195	3.75668795221	1.78988141234	6.55399076551	0.212008355663	-0.802010843178	1.01015102773	0.54875746579	-0.14763866087	0.339059444877	-0.426580074205	-0.38806445991	-0.032845991476	0.787997883372	0.0320136573579	0.281181309299	0.46616407186	-0.0268905438276	0.644198493069	72.9301174165	33.4299261559	48.123221305

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 55 )	A	A	0 - 55	3 - 58
2	2	chain 'A' and (resid 56 through 81 )	A	A	56 - 81	59 - 84
3	3	chain 'A' and (resid 82 through 128 )	A	A	82 - 128	85 - 131
4	4	chain 'A' and (resid 129 through 243 )	A	A	129 - 243	132 - 222
5	5	chain 'A' and (resid 244 through 263 )	A	A	244 - 263	223 - 242
6	6	chain 'A' and (resid 264 through 277 )	A	A	264 - 277	243 - 256
7	7	chain 'A' and (resid 278 through 302 )	A	A	278 - 302	257 - 281
8	8	chain 'A' and (resid 303 through 327 )	A	A	303 - 327	282 - 306
9	9	chain 'A' and (resid 328 through 342 )	A	A	328 - 342	307 - 321
10	10	chain 'B' and (resid 0 through 55 )	B	B	0 - 55	4 - 59
11	11	chain 'B' and (resid 56 through 81 )	B	B	56 - 81	60 - 85
12	12	chain 'B' and (resid 82 through 110 )	B	B	82 - 110	86 - 114
13	13	chain 'B' and (resid 111 through 208 )	B	B	111 - 208	115 - 212
14	14	chain 'B' and (resid 209 through 262 )	B	B	209 - 262	213 - 238
15	15	chain 'B' and (resid 263 through 302 )	B	B	263 - 302	239 - 278
16	16	chain 'B' and (resid 303 through 327 )	B	B	303 - 327	279 - 303
17	17	chain 'B' and (resid 328 through 342 )	B	B	328 - 342	304 - 318
18	18	chain 'C' and (resid 0 through 55 )	C	C	0 - 55	3 - 58
19	19	chain 'C' and (resid 56 through 81 )	C	C	56 - 81	59 - 84
20	20	chain 'C' and (resid 82 through 110 )	C	C	82 - 110	85 - 113
21	21	chain 'C' and (resid 111 through 208 )	C	C	111 - 208	114 - 211
22	22	chain 'C' and (resid 209 through 263 )	C	C	209 - 263	212 - 239
23	23	chain 'C' and (resid 264 through 302 )	C	C	264 - 302	240 - 278
24	24	chain 'C' and (resid 303 through 327 )	C	C	303 - 327	279 - 303
25	25	chain 'C' and (resid 328 through 342 )	C	C	328 - 342	304 - 318
26	26	chain 'D' and (resid 0 through 27 )	D	D	0 - 27	4 - 31
27	27	chain 'D' and (resid 28 through 51 )	D	D	28 - 51	32 - 55
28	28	chain 'D' and (resid 52 through 67 )	D	D	52 - 67	56 - 71
29	29	chain 'D' and (resid 68 through 110 )	D	D	68 - 110	72 - 114
30	30	chain 'D' and (resid 111 through 142 )	D	D	111 - 142	115 - 146
31	31	chain 'D' and (resid 143 through 168 )	D	D	143 - 168	147 - 172
32	32	chain 'D' and (resid 169 through 208 )	D	D	169 - 208	173 - 212
33	33	chain 'D' and (resid 209 through 263 )	D	D	209 - 263	213 - 239
34	34	chain 'D' and (resid 264 through 302 )	D	D	264 - 302	240 - 278
35	35	chain 'D' and (resid 303 through 327 )	D	D	303 - 327	279 - 303
36	36	chain 'D' and (resid 328 through 342 )	D	D	328 - 342	304 - 318

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新型コロナ情報

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