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- PDB-7utc: Crystal structure of secondary alcohol dehydrogenases from the Th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7utc
タイトルCrystal structure of secondary alcohol dehydrogenases from the Thermoanaerobacter ethanolicus with NADP and transition-state analogue inhibitor DMSO
要素Secondary-alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / secondary alcohol dehydrogenases / transition-state analogue inhibitor / DMSO / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter pseudethanolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Dinh, T. / Phillips, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Crystallographic snapshots of ternary complexes of thermophilic secondary alcohol dehydrogenase from Thermoanaerobacter pseudoethanolicus reveal the dynamics of ligand exchange and the proton relay network.
著者: Dinh, T. / Rahn, K.T. / Phillips, R.S.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2022年5月4日ID: 7JNQ
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年5月18日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_mutation ..._entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.32022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secondary-alcohol dehydrogenase
B: Secondary-alcohol dehydrogenase
C: Secondary-alcohol dehydrogenase
D: Secondary-alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,62147
ポリマ－150,6514
非ポリマー5,97043
水8,863492
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.709, 125.325, 137.366
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Secondary-alcohol dehydrogenase


分子量: 37662.809 Da / 分子数: 4 / 変異: C295A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter pseudethanolicus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14941, isopropanol dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.6 M KCl, 12% PEG 3350, 50 mM HEPES-K buffer, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→68.9 Å / Num. obs: 67445 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 30.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.85→2.1 Å / Num. unique obs: 3372 / CC1/2: 0.427

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YKF

1ykf


解像度: 1.85→67.26 Å / SU ML: 0.2588 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.3219
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 1999 2.97 %
Rwork0.1783 65416 -
obs0.1798 67415 56.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→67.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10568 0 336 492 11396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004311163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.702415126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04991677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00531922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8324025
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.890.263750.2717176X-RAY DIFFRACTION2.17
1.89-1.940.3203160.3399514X-RAY DIFFRACTION6.35
1.94-20.3324280.3022914X-RAY DIFFRACTION11.26
2-2.050.3666400.31351310X-RAY DIFFRACTION20.35
2.09-2.140.2739660.29392152X-RAY DIFFRACTION36.75
2.14-2.230.34441120.26993678X-RAY DIFFRACTION45.07
2.23-2.330.36671390.29324524X-RAY DIFFRACTION55.37
2.33-2.450.31391640.24785355X-RAY DIFFRACTION65.87
2.45-2.60.28181900.24166222X-RAY DIFFRACTION75.74
2.6-2.80.27672200.23377204X-RAY DIFFRACTION88.13
2.8-3.090.26542500.21818166X-RAY DIFFRACTION99.39
3.09-3.530.24592520.17188270X-RAY DIFFRACTION99.99
3.53-4.450.1852540.1318329X-RAY DIFFRACTION99.94
4.45-67.260.16342630.13328602X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25206590253-0.08637517032450.6478064618370.00429594665568-0.04921506734850.3300328901280.13503058008-1.08729657026-0.6289476092420.624261189891-0.1848859748310.02200797074490.0701333219788-0.1420037413450.08064466712420.919907985421-0.191721287091-0.1925230221550.8814980792460.5447019287690.879445340136-2.761-29.3923.44
20.532336380640.0904455564142-0.1509162527360.5186354930680.05088562269070.07611911358210.23936032224-0.610428912321-0.8009974177350.371264008264-0.155116716179-0.2457031594750.3159307089120.138763972219-0.03261827454090.522239588016-0.0708175524823-0.1915233478320.3865764271560.3024567628010.5857621758323.501-19.417-9.5
30.9892864923350.007233347967550.1575709122682.25371978940.7767750889211.143712978820.185367673641-0.7711395728-0.2429539611480.621608882482-0.0902183122303-0.1636034560510.148450265110.174418328927-0.0974475359590.4689476014-0.0974649143173-0.1232204859850.6100294467710.08985099000210.2462552767958.468-2.125-1.662
40.003035208786110.0639263545537-0.06981536312570.617389616932-0.6920916066661.055063266730.0218772000023-0.622657416095-0.4890147805120.5450216510180.13456386905-0.07619954312350.159383625288-0.286202418901-0.1159633626670.677913313560.00306901860558-0.3427805148510.7069733233750.5805556915910.87158727814913.849-26.82-0.288
50.4349383678540.0775940434705-0.04103198667580.0982378876384-0.009249774519550.003464908129620.26893959088-0.6531021319640.3170081006950.65726797393-0.1343823193520.0574431593182-0.066522404520.0219570193470.2443367532370.822337787696-0.2313078381990.25527929440.566983261967-0.5287423329680.798213052462-0.36934.0891.305
60.979229574859-0.0459380754922-0.2303420231870.488185192593-0.1139480595910.263538917520.300357978095-0.4065560120930.6648357637180.358033458121-0.2040758105630.126010065681-0.165965115597-0.0316676282667-0.1121714482870.386647511175-0.07193152237110.1393390899980.328058937941-0.1795671800160.381811206519-6.78123.363-10.987
70.689623539984-0.9283220609680.7297822025421.51874012473-0.4196808671331.95788848755-0.0508856980349-0.8627366527130.03855006541620.8219008438970.1127531338530.4304365768580.133362936987-0.174510965714-0.03074516310650.675456557009-0.1144732389830.1655393338370.716795451578-0.03162046839990.256905264783-16.4644.5131.227
81.05000362465-0.403313747110.1009038989611.91235414628-0.05832762978570.7449005646560.119603653965-0.7219054278280.2897546702870.609068887245-0.02186178653220.291361533526-0.258459534413-0.126226116901-0.06652360881850.338282471924-0.05357301776870.1391227060380.41380243845-0.149631321960.382817773704-9.98415.125-7.356
90.510045855017-0.420101525864-0.03454576111370.9780431883770.7884289357790.9807623196540.0521227033635-0.2407833996180.2612175564050.1341883485050.0611254568818-0.130571369998-0.1011000070040.189677146817-0.2602836594070.612948750589-0.1539942369810.3969186144670.822644626986-0.61899800650.826580637431-15.15133.0542.854
102.20884511396-0.2139315004350.1471981059732.34971243625-0.2650607369021.016940967380.2243284609530.0184658787561-0.523944534727-0.0293314156335-0.1934329250450.2826821130480.124466919895-0.104896769826-0.0147128371280.184351937206-0.0336895026099-0.01689087536090.170451606979-0.01286353121990.320333809524-26.07-15.237-30.089
112.741477624190.414425202307-0.3550037015151.76965210660.1099596219771.191222665780.07660135560580.281169761370.262986976571-0.129229255346-0.02410657748380.196236918073-0.0734963876254-0.12917479952-0.04566277773560.1075116026580.0111069624701-0.01641110050990.1470752724660.01524173004420.170793288381-13.8698.143-33.788
123.225715252150.7881314631772.222423387363.155538045751.770913828284.575863261950.1875195258570.1929825296690.0759129760936-0.245302414698-0.3101390274490.522663817337-0.0329477861269-0.2695030932260.08626028477810.1564389180390.046830752948-0.02504783808720.2079381985280.01149783353760.366287133666-34.673-1.056-35.832
132.04818758495-0.733206506018-0.5523256503684.255202014581.966022782443.612905258860.2712130935410.5361457361910.469739373161-1.0145383383-0.356990772141-0.212380132492-0.665966307554-0.09469835376420.09219666946290.312597183730.0601013839190.03764640629020.2752340120070.0337335707560.3448885493524.79518.3-39.984
141.769468586850.355527597261-0.1024443946481.65556304643-0.2371802086090.7833288812320.0724397940643-0.129039299622-0.06631516224540.0908352956454-0.0347323349508-0.255947312385-0.0922126630290.107230138044-0.03661149798320.114234732466-0.00859067545832-0.03819928240930.159792322237-0.03921210049680.19325091671919.1648.148-27.291
151.71244523090.3031721363440.39744711681.60269038473-0.01157453195821.193440904390.07841604455380.385181115156-0.44618907298-0.2063760070610.0180621950624-0.2367263039650.07633974253610.0516230062478-0.06165621268480.1392351881840.001589937678040.01191638041460.192900942517-0.07395323110390.2031528648677.285-5.186-35.3
162.763639224620.153123346996-2.034805312562.52341082684-1.183784816314.16209337310.1407511812080.218218490021-0.304083353583-0.269009239725-0.226301628695-0.4509188527810.03661773697510.300351175530.06824358991580.1463156281330.0310648897111-0.01777752258630.258735773424-0.04151113889410.40284268128131.2193.119-36.215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:59 )A1 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 60:210 )A60 - 210
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 211:310 )A211 - 310
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 311:352 )A311 - 352
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 1:59 )B1 - 59
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 60:210 )B60 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 211:269 )B211 - 269
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 270:326 )B270 - 326
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 327:352 )B327 - 352
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 1:150 )C1 - 150
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 151:310 )C151 - 310
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 311:352 )C311 - 352
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN D AND RESID 1:60 )D1 - 60
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN D AND RESID 61:210 )D61 - 210
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 211:310 )D211 - 310
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 311:352 )D311 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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