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- PDB-7ust: Plasmodium falciparum protein Pfs230 D1 in complex with nanobody F5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ust
タイトルPlasmodium falciparum protein Pfs230 D1 in complex with nanobody F5
要素
  • Gametocyte surface protein P230
  • Nanobody F5
キーワードPROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM / 6-cysteine protein / s48/45 domain / Plasmodium / nanobody / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230
機能・相同性情報
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dietrich, M.H. / Tham, W.H.
資金援助 オーストラリア, 英国, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2001385 オーストラリア
Wellcome Trust208693/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Nanobodies against Pfs230 block Plasmodium falciparum transmission.
著者: Dietrich, M.H. / Gabriela, M. / Reaksudsan, K. / Dixon, M.W.A. / Chan, L.J. / Adair, A. / Trickey, S. / O'Neill, M.T. / Tan, L.L. / Lopaticki, S. / Healer, J. / Keremane, S. / Cowman, A.F. / Tham, W.H.
履歴
登録2022年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nanobody F5
A: Gametocyte surface protein P230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8445
ポリマ－31,5562
非ポリマー2883
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.299, 84.179, 184.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 Nanobody F5


分子量: 14755.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Gametocyte surface protein P230


分子量: 16800.465 Da / 分子数: 1 / Fragment: Domain 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P68874
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M ammonium sulphate, 0.1 sodium citrate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953732 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.22 Å / Num. obs: 36891 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.089 % / Biso Wilson estimate: 39.337 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.853 / Net I/σ(I): 24.85 / Num. measured all: 445981
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.812.4181.0042.1772424587758320.8291.04799.2
1.8-1.9312.3790.5044.4468692554955490.9530.525100
1.93-2.0812.1850.2598.6162670514351430.9860.27100
2.08-2.2811.5770.14614.9155363478247820.9940.153100
2.28-2.5512.0630.09722.5452306433643360.9980.102100
2.55-2.9412.6370.06236.2148944387338730.9990.065100
2.94-3.612.0340.03959.5739434327732770.9990.04100
3.6-5.0711.0530.02877.99284292573257210.03100
5.07-46.2211.6040.02685.1177191530152710.02799.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7USR

7usr


解像度: 1.7→42.09 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2201 2027 5.5 %
Rwork0.1894 34842 -
obs0.1911 36869 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.01 Å2 / Biso mean: 50.7908 Å2 / Biso min: 20.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→42.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2080 0 15 118 2213
Biso mean--85.77 50.38 -
残基数----272
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.7-1.74250.31941410.29672443
1.7425-1.78970.26961430.25062450
1.7897-1.84230.31381420.23792451
1.8423-1.90180.27661430.21232459
1.9018-1.96980.22511440.19932465
1.9698-2.04860.2351440.22473
2.0486-2.14180.26011440.19822478
2.1418-2.25480.24991430.19942455
2.2548-2.3960.2281430.20472463
2.396-2.5810.241450.20562491
2.581-2.84070.22221460.20952507
2.8407-3.25160.23041460.19922511
3.2516-4.09610.2191470.17642529
4.0961-42.090.18351560.16622667
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1495-2.0509-1.09541.21670.33270.9344-0.43810.0288-0.6301-0.52330.12770.16020.40410.00210.19480.83810.00350.16340.5689-0.03460.393412.5562-19.5162-42.5684
25.4945-1.71932.27922.028-1.25512.3103-0.4269-0.27020.1496-0.81060.18360.00690.2619-0.64540.27940.8260.12410.01420.6112-0.00270.27545.8903-12.8254-35.2967
32.50990.27520.37134.299-1.31623.0605-0.3433-0.6494-0.54390.3055-0.21750.13050.6050.63150.35860.91950.28070.16680.81520.05410.379513.4472-20.3523-28.3179
42.76710.8783-0.07151.412-0.24222.1548-0.6197-0.35330.3414-0.28070.24-0.0988-0.1139-0.09810.27720.69820.1185-0.01530.561-0.01640.332515.0641-9.8008-37.0078
52.3052-0.18580.5831.42970.54020.8271-1.3007-0.8716-0.65760.08520.52130.44080.77480.07750.38660.89670.25620.24430.69310.09860.251615.8101-19.7699-34.6275
61.6311-0.3991-1.05750.90910.93072.8348-0.5168-0.08990.0077-0.4619-0.0134-0.0920.2825-0.12440.45250.78150.15490.09560.58110.00980.35158.8137-16.8396-29.4401
72.73471.023-0.60361.36070.86822.4280.2133-0.1552-0.00320.21940.2078-0.09150.46160.6417-0.34740.28880.04990.00660.2459-0.00150.40680.7635-3.43822.8027
82.6297-1.4149-0.0923.9065-0.45412.93380.19060.49360.2824-0.6503-0.15390.1536-0.3795-0.3423-0.07950.3520.0579-0.01610.33660.06220.3583-2.6716-2.7449-13.2838
93.5850.8097-1.50193.6574-0.62735.59680.31980.3447-0.6157-0.8842-0.27870.11960.42550.3786-0.01430.36140.0703-0.06450.2864-0.05490.36662.5304-17.0644-13.1829
102.7248-0.0180.33692.839-1.47312.11140.15220.1691-0.6647-0.3714-0.03560.180.3953-0.017-0.10850.28830.0143-0.03990.2604-0.00880.4352.3434-19.1842-4.3657
111.8383-1.17040.86053.8182-1.05952.2440.0473-0.0233-0.1884-0.13240.08830.38610.1316-0.2451-0.09530.18160.0135-0.00070.2127-0.00170.3102-0.8687-11.7704-5.3205
123.58652.51530.29172.8775-1.53612.83620.02552.05781.2346-1.5065-0.03141.2075-0.9472-0.5259-0.06180.89220.2362-0.17870.92670.18760.4889-6.7073-1.1988-27.8553
133.6026-2.03213.41513.5496-1.69359.2043-0.15630.44990.4654-0.1539-0.0938-0.8445-0.47890.71350.06350.2093-0.0186-0.0120.262-0.01150.35979.4566-8.5282-6.4175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 25 )B1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 26 through 39 )B26 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 40 through 51 )B40 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 52 through 83 )B52 - 83
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 84 through 99 )B84 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 100 through 128 )B100 - 128
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 585 through 594 )A585 - 594
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 595 through 639 )A595 - 639
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 640 through 656 )A640 - 656
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 657 through 676 )A657 - 676
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 677 through 707 )A677 - 707
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 708 through 719 )A708 - 719
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 720 through 731 )A720 - 731

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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