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- PDB-7us5: X-ray crystal structure of GDP-D-glycero-D-manno-heptose 4,6-Dehy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7us5
タイトルX-ray crystal structure of GDP-D-glycero-D-manno-heptose 4,6-Dehydratase from Campylobacter jejuni
要素GDP-D-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE 4,6-DEHYDRATASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydratase / capsular polysaccharide
機能・相同性GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Putative GDP-mannose 4,6-dehydratase
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Xiang, D.F. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 139428 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 122825 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 134643 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Reaction Mechanism and Three-Dimensional Structure of GDP-d-glycero-alpha-d-manno-heptose 4,6-Dehydratase from Campylobacter jejuni.
著者: Xiang, D.F. / Thoden, J.B. / Ghosh, M.K. / Holden, H.M. / Raushel, F.M.
履歴
登録2022年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-D-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE 4,6-DEHYDRATASE
B: GDP-D-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE 4,6-DEHYDRATASE
C: GDP-D-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE 4,6-DEHYDRATASE
D: GDP-D-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE 4,6-DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,23218
ポリマ－166,4334
非ポリマー4,79914
水16,880937
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24070 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area42440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.673, 182.950, 75.397
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

HOH

21A-636-

HOH

31A-705-

HOH

41B-510-

HOH

51B-574-

HOH

61B-674-

HOH

71B-731-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
GDP-D-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE 4,6-DEHYDRATASE / GDP-mannose 4 / 6-dehydratase / GDP-D-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE 4 / 6-DEHYDRATASE / SDR FAMILY


分子量: 41608.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: dmhA, BBR99_05330, F1P94_08755, HS23.12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5M6Q7
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 937 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein incubated with 5 mM GDP. Precipitant used was 6-10% PEG-8000, 200 mM tetramethylammonium chloride, 100 mM HEPPS (pH 8)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 91209 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 11616 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2pk3

2pk3


解像度: 2.1→36.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 5.424 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2209 4572 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.1715 86637 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.4 Å2 / Biso mean: 18.792 Å2 / Biso min: 3.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→36.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11013 0 312 939 12264
Biso mean--15.58 22 -
残基数----1373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01311658
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.66415807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2991.58424813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.68851399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58522.24643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.762152046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9091584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022495
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 349 -
Rwork0.272 6275 -
all-6624 -
obs--98.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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