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- PDB-7us3: Structure of Putrescine N-hydroxylase Involved Complexed with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7us3
タイトルStructure of Putrescine N-hydroxylase Involved Complexed with NADP+
要素Putrescine N-hydroxylase
キーワードFLAVOPROTEIN / Monooxygenase / Putrescine N-hydroxylase
機能・相同性L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Alcaligin biosynthesis protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Bogner, A.N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003986 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003658 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Kinetic and Structural Characterization of a Flavin-Dependent Putrescine N -Hydroxylase from Acinetobacter baumannii.
著者: Lyons, N.S. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J. / Sobrado, P.
履歴
登録2022年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putrescine N-hydroxylase
B: Putrescine N-hydroxylase
C: Putrescine N-hydroxylase
D: Putrescine N-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,84415
ポリマ－214,2344
非ポリマー6,61011
水10,863603
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32710 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area59780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.827, 126.314, 140.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putrescine N-hydroxylase / Putrescine N-hydroxylase


分子量: 53558.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: AUO97_01770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E3MAZ6

-
非ポリマー , 5種, 614分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-Tris pH 6.5, and 30% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→140.25 Å / Num. obs: 111523 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 39.11 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.268 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 902459 / Scaling rejects: 197
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.246.61.3833219649080.4660.571.5021.389
12.07-140.256.40.07950177870.9870.0330.08626.898.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6xbb

6xbb


解像度: 2.2→88.79 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 5590 5.02 %
Rwork0.1817 105682 -
obs0.1837 111272 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.03 Å2 / Biso mean: 38.5458 Å2 / Biso min: 24.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→88.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13754 0 437 603 14794
Biso mean--40.48 36.91 -
残基数----1712
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.230.32681840.30642908309283
2.23-2.260.33882000.27953430363099
2.26-2.280.3221710.26553467363898
2.28-2.310.30991720.253435673739100
2.31-2.340.27691660.238535133679100
2.34-2.370.26181740.22735263700100
2.37-2.410.28511940.22334943688100
2.41-2.440.27961600.219835233683100
2.44-2.480.28041710.212135553726100
2.48-2.520.28381690.212435143683100
2.52-2.570.30361670.209735713738100
2.57-2.610.26972000.201735013701100
2.61-2.660.26392090.20334913700100
2.66-2.720.24831760.206935353711100
2.72-2.780.26021680.208335513719100
2.78-2.840.26842250.216134883713100
2.84-2.910.24771860.215735573743100
2.91-2.990.24122050.201935063711100
2.99-3.080.25131640.208435603724100
3.08-3.180.2651950.205235293724100
3.18-3.290.26271610.20873534369599
3.29-3.420.24161970.202735473744100
3.42-3.580.23631950.186635463741100
3.58-3.770.20352090.168935583767100
3.77-4.010.18271890.156935573746100
4.01-4.310.16872130.139635543767100
4.31-4.750.15841990.132635743773100
4.75-5.440.18692010.138636073808100
5.44-6.850.21021940.166636463840100
6.85-88.790.14911760.13743773394998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38180.17230.01290.5759-0.12490.49090.00820.04-0.04480.05160.00660.12740.008-0.0713-0.0180.25890.00770.01290.2659-0.00250.3016-27.86384.8384-11.2897
20.45330.26630.03670.5999-0.04670.2625-0.01130.0961-0.0079-0.06870.0033-0.079-0.02370.12090.0070.2865-0.00440.00710.33820.01930.276516.382721.4313-28.1552
30.29430.14-0.06770.5775-0.09180.27370.0149-0.09350.08770.1113-0.0007-0.0176-0.09920.0794-0.01390.3191-0.01590.00460.3051-0.01450.3041-4.12129.670110.191
40.46360.1510.08470.58680.00850.29770.00410.006-0.20040.0199-0.0029-0.1820.08250.1117-0.00780.28990.0314-0.01460.28050.01150.377612.1679-13.8604-9.0169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A')A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B')B0
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C')C0
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D')D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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