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- PDB-7us3: Structure of Putrescine N-hydroxylase Involved Complexed with NADP+ -
+
Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7us3 | |||||||||
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Title | Structure of Putrescine N-hydroxylase Involved Complexed with NADP+ | |||||||||
![]() | Putrescine N-hydroxylase | |||||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / Monooxygenase / Putrescine N-hydroxylase | |||||||||
Function / homology | cellular biosynthetic process / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / : / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Alcaligin biosynthesis protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tanner, J.J. / Bogner, A.N. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Kinetic and Structural Characterization of a Flavin-Dependent Putrescine N -Hydroxylase from Acinetobacter baumannii. Authors: Lyons, N.S. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J. / Sobrado, P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 694.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 569 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 68.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 92.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6xbbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 53558.434 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 614 molecules ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Chemical | ChemComp-NAP / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PG4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-Tris pH 6.5, and 30% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 27, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→140.25 Å / Num. obs: 111523 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 39.11 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.268 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 902459 / Scaling rejects: 197 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6xbb Resolution: 2.2→88.79 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / Phase error: 22.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.03 Å2 / Biso mean: 38.5458 Å2 / Biso min: 24.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→88.79 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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