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- PDB-7urz: Hexadecameric hub domain of CaMKII beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7urz
タイトルHexadecameric hub domain of CaMKII beta
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
キーワードTRANSFERASE / CaMKII / Kinase / Human / CAMK2B
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / positive regulation of synapse maturation / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of dendritic spine development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neuron migration / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors ...regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / positive regulation of synapse maturation / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of dendritic spine development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neuron migration / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Phase 0 - rapid depolarisation / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Ion transport by P-type ATPases / regulation of calcium ion transport / Long-term potentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of neuron projection development / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nervous system development / actin binding / RAF/MAP kinase cascade / protein autophosphorylation / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / centrosome / synapse / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Ozden, C. / Samkutty, A. / Stratton, M.M. / Garman, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01123157 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hexadecameric hub domain of CaMKII beta
著者: Ozden, C. / Samkutty, A. / Stratton, M.M. / Garman, S.C.
履歴
登録2022年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3544
ポリマ－62,3544
非ポリマー00
水00
1
G: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta

G: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta

G: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta

G: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,41716
ポリマ－249,41716
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area35190 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area82560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.343, 81.343, 180.042
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

#1: タンパク質
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta / CaM kinase II subunit beta / CaMK-II subunit beta


分子量: 15588.548 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMK2B, CAM2, CAMK2, CAMKB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q13554, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M imidazole pH 7, 0.15 M DL-Malic acid, 22% PEG methyl ether 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 K thorughout the collection / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月9日 / 詳細: Rigaku VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→60 Å / Num. obs: 8502 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Rpim(I) all: 0.154 / Rrim(I) all: 0.403 / Χ2: 4.508 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.47-3.537.51.2734150.650.4621.3611.54599
3.53-3.597.50.8554120.6680.3080.9131.74899.5
3.59-3.667.90.7674000.7070.2730.8171.93499.3
3.66-3.747.51.3434180.7260.4831.4331.8399.5
3.74-3.827.81.2334070.7820.4451.3161.75100
3.82-3.917.70.9494250.7910.3451.0142.18299.3
3.91-4.017.90.6973980.8730.2530.7442.038100
4.01-4.117.70.7374260.8770.2680.7872.371100
4.11-4.237.80.7054140.8810.2840.7643.41899.5
4.23-4.377.40.7854230.0820.4930.9445.24199.8
4.37-4.537.30.4524210.930.1670.4843.49799.3
4.53-4.717.30.4564120.8540.1710.4895.75299.8
4.71-4.927.30.3054330.9470.1140.3275.28100
4.92-5.187.10.3764250.9420.1390.4033.7299.1
5.18-5.517.30.3444330.9520.1250.3683.43899.1
5.51-5.937.10.4934190.8920.1840.5293.9599.5
5.93-6.537.10.2824380.9380.1070.3044.32699.8
6.53-7.476.80.2814450.9310.1080.3036.07499.6
7.47-9.416.60.164440.990.0640.17315.06497.8
9.41-606.40.1164940.9920.0470.12616.57895.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7URW

7urw


解像度: 3.45→37.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.812 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.712 / SU B: 61.406 / SU ML: 0.901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.012 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.4074 424 5.1 %RANDOM
Rwork0.3516 ---
obs0.3544 7921 97.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.76 Å2 / Biso mean: 99.495 Å2 / Biso min: 75.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.49 Å2-0 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.45→37.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3910 0 0 0 3910
残基数----508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0134013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1921.6435471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0561.5717971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2575502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.24323.153222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45315555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0391519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0320.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02949
LS精密化 シェル解像度: 3.45→3.537 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 33 -
Rwork0.465 578 -
obs--98.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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