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- PDB-7ury: Tetradecameric hub domain of CaMKII beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ury
タイトルTetradecameric hub domain of CaMKII beta
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
キーワードTRANSFERASE / CaMKII / Kinase / Human / CAMK2B
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / positive regulation of synapse maturation / regulation of dendritic spine development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neuron migration / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity ...regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / positive regulation of synapse maturation / regulation of dendritic spine development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neuron migration / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Phase 0 - rapid depolarisation / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Ion transport by P-type ATPases / regulation of neuronal synaptic plasticity / Long-term potentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / regulation of calcium ion transport / HSF1-dependent transactivation / regulation of protein localization to plasma membrane / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of neuron projection development / long-term synaptic potentiation / Interferon gamma signaling / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / endocytic vesicle membrane / nervous system development / actin binding / RAF/MAP kinase cascade / protein autophosphorylation / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / centrosome / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Ozden, C. / Saha, S. / Samkutty, A. / Stratton, M.M. / Garman, S.C. / Perry, S.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01123157 米国
引用ジャーナル: Lab Chip / 年: 2023
タイトル: Polymer-based microfluidic device for on-chip counter-diffusive crystallization and in situ X-ray crystallography at room temperature.
著者: Saha, S. / Ozden, C. / Samkutty, A. / Russi, S. / Cohen, A. / Stratton, M.M. / Perry, S.L.
履歴
登録2022年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
D: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
E: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
F: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,65611
ポリマ－109,1207
非ポリマー5364
水00
1
G: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
D: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
E: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
F: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
ヘテロ分子

G: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
D: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
E: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
F: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,31222
ポリマ－218,24014
非ポリマー1,0738
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area33450 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area71750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.712, 182.795, 110.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta / CaM kinase II subunit beta / CaMK-II subunit beta


分子量: 15588.548 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMK2B, CAM2, CAMK2, CAMKB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q13554, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microfluidic / pH: 7
詳細: 0.1 M imidazole pH 7, 0.15 M DL-Malic acid, 22% PEG methyl ether 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 28300 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.46 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 102591
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.64-2.693.70.44314220.8260.2410.5080.36291.5
2.69-2.733.60.38214160.850.2090.4380.37791.3
2.73-2.793.60.37214480.8440.2060.4290.40890.8
2.79-2.843.60.32214170.8790.1790.3710.41590.9
2.84-2.913.50.27214100.9280.1550.3150.45291
2.91-2.973.40.23914480.9240.1390.2780.47690.8
2.97-3.053.10.20914020.9320.1330.2490.52989.1
3.05-3.133.20.17614170.9510.1060.2070.50289.9
3.13-3.223.80.15114030.9710.0820.1730.50589.2
3.22-3.333.80.13714240.9750.0740.1560.51689.8
3.33-3.443.90.11514240.9830.0610.1310.50289.9
3.44-3.583.80.09414120.9850.0510.1080.50389.5
3.58-3.753.80.08114230.9890.0440.0930.53989.7
3.75-3.943.80.06614150.9920.0360.0760.43788.4
3.94-4.193.70.05914070.9930.0330.0680.4488.9
4.19-4.513.70.0514020.9950.0280.0580.39587.4
4.51-4.973.60.04513900.9950.0260.0520.38186.7
4.97-5.693.40.04414000.9950.0270.0520.36586.2
5.69-7.163.60.04613960.9930.0270.0540.3985.5
7.16-503.90.03514240.9970.020.0410.68682.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7URW

7urw


解像度: 2.64→38.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.72 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2353 1452 5.1 %RANDOM
Rwork0.2037 ---
obs0.2054 26822 88.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.47 Å2 / Biso mean: 52.555 Å2 / Biso min: 26.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å2-0 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.64→38.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7036 0 36 0 7072
Biso mean--85.71 --
残基数----906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0137253
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.6449877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1561.5714633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5045893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.46123.207396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.126151029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6551533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021687
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.707 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 119 -
Rwork0.287 1942 -
obs--89.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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