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- PDB-7uru: Crystal structure of the low affinity Fc gamma receptor IIIA vari... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uru
タイトルCrystal structure of the low affinity Fc gamma receptor IIIA variant in complex with the Fc of IgG1.
要素
  • Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
  • Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
キーワードIMMUNE SYSTEM / RECEPTOR COMPLEX / FC RECEPTOR / ANTIBODY / IGG1 / CD16
機能・相同性
機能・相同性情報


immune receptor activity / low-affinity IgG receptor activity / natural killer cell degranulation / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / macrophage activation / natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell proliferation / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...immune receptor activity / low-affinity IgG receptor activity / natural killer cell degranulation / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / macrophage activation / natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell proliferation / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / FCGR3A-mediated phagocytosis / calcium-mediated signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of tumor necrosis factor production / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI162242 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the low affinity Fc gamma receptor IIIA variant in complex with the Fc of IgG1.
著者: Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
履歴
登録2022年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
C: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8277
ポリマ－70,4573
非ポリマー3,3694
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.983, 100.750, 124.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 25097.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: タンパク質 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A / IgG Fc receptor III-A / CD16-II / CD16a antigen / Fc-gamma RIII-alpha / Fc-gamma RIII / Fc-gamma ...IgG Fc receptor III-A / CD16-II / CD16a antigen / Fc-gamma RIII-alpha / Fc-gamma RIII / Fc-gamma RIIIa / FcRIII / FcRIIIa / FcgammaRIIIA / FcR-10 / IgG Fc receptor III-2


分子量: 20262.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGR3A, CD16A, FCG3, FCGR3, IGFR3 / Cell (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08637
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 8% PEG 8000 0.1 M HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月14日
放射モノクロメーター: Si (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 35352 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.941 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.961 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1636 / CC1/2: 0.47 / Rpim(I) all: 0.655 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SGJ

3sgj


解像度: 2.4→32.43 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 1734 4.91 %
Rwork0.2152 --
obs0.2176 35299 94.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→32.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4778 0 226 14 5018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3096991
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.228775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067822
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.42681040.40442174X-RAY DIFFRACTION74
2.46-2.540.42471340.36562624X-RAY DIFFRACTION90
2.54-2.630.40331340.3392646X-RAY DIFFRACTION91
2.63-2.730.39821510.34712689X-RAY DIFFRACTION93
2.73-2.860.39951550.32162711X-RAY DIFFRACTION94
2.86-3.010.34881430.2952880X-RAY DIFFRACTION98
3.01-3.20.31581470.26532938X-RAY DIFFRACTION99
3.2-3.440.29561360.23632956X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.790.26411780.21232864X-RAY DIFFRACTION99
3.79-4.340.23131420.18662996X-RAY DIFFRACTION100
4.34-5.460.19991400.16092986X-RAY DIFFRACTION99
5.46-32.430.22051700.1843101X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4307-0.99271.38093.4474-1.8327.1710.1195-0.00730.00170.3084-0.1441-0.04790.31310.11340.0040.4257-0.01540.09620.4676-0.11880.5018-0.0087-37.22098.9248
21.3106-0.394-0.72561.990.94389.20720.2138-0.0306-0.316-0.0178-0.14650.04380.3994-0.6697-0.06440.3525-0.0189-0.11860.41490.00810.5565-19.4842-16.432311.0052
33.4266-1.445-2.70543.71413.07245.3591-0.1998-0.3369-0.03610.50560.2481-0.18230.97520.1647-0.04380.7979-0.003-0.11390.36890.05030.4653-2.5726-17.288157.4915
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 233 through 444)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 232 through 444)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 5 through 175)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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