ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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xia2 | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | REFMAC | 5.8.0267精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ削減 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.03→30.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.979 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1647 | 4476 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1425 | - | - | - |
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obs | 0.1436 | 82774 | 98.4 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 100.89 Å2 / Biso mean: 18.107 Å2 / Biso min: 10.15 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.15 Å2 | -0 Å2 | 0.4 Å2 |
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2- | - | -0.46 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.54 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.03→30.07 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1186 | 0 | 6 | 241 | 1433 |
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Biso mean | - | - | 29.24 | 35.22 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 159 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.014 | 0.013 | 1227 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.016 | 1140 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.511 | 1.628 | 1679 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.518 | 1.588 | 2628 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.9 | 5 | 166 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg41.463 | 27.857 | 56 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg9.226 | 15 | 197 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.075 | 0.2 | 169 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.008 | 0.02 | 1457 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 251 | X-RAY DIFFRACTION | r_rigid_bond_restr6.935 | 3 | 2367 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.03→1.057 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.317 | 331 | - |
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Rwork | 0.319 | 6046 | - |
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all | - | 6377 | - |
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obs | - | - | 98.12 % |
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