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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ur5 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | allo-tRNAUTu1 in the A, P, and E sites of the E. coli ribosome | |||||||||||||||||||||
要素 | allo-tRNAUTu1 | |||||||||||||||||||||
キーワード | RNA / tRNA | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | metagenome (メタゲノム) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang, J. / Krahn, N. / Prabhakar, A. / Vargas-Rodriguez, O. / Krupkin, M. / Fu, Z. / Acosta-Reyes, F.J. / Ge, X. / Choi, J. / Crnkovic, A. ...Zhang, J. / Krahn, N. / Prabhakar, A. / Vargas-Rodriguez, O. / Krupkin, M. / Fu, Z. / Acosta-Reyes, F.J. / Ge, X. / Choi, J. / Crnkovic, A. / Ehrenberg, M. / Viani Puglisi, E. / Soll, D. / Puglisi, J. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Uncovering translation roadblocks during the development of a synthetic tRNA. 著者: Arjun Prabhakar / Natalie Krahn / Jingji Zhang / Oscar Vargas-Rodriguez / Miri Krupkin / Ziao Fu / Francisco J Acosta-Reyes / Xueliang Ge / Junhong Choi / Ana Crnković / Måns Ehrenberg / ...著者: Arjun Prabhakar / Natalie Krahn / Jingji Zhang / Oscar Vargas-Rodriguez / Miri Krupkin / Ziao Fu / Francisco J Acosta-Reyes / Xueliang Ge / Junhong Choi / Ana Crnković / Måns Ehrenberg / Elisabetta Viani Puglisi / Dieter Söll / Joseph Puglisi / 要旨: Ribosomes are remarkable in their malleability to accept diverse aminoacyl-tRNA substrates from both the same organism and other organisms or domains of life. This is a critical feature of the ...Ribosomes are remarkable in their malleability to accept diverse aminoacyl-tRNA substrates from both the same organism and other organisms or domains of life. This is a critical feature of the ribosome that allows the use of orthogonal translation systems for genetic code expansion. Optimization of these orthogonal translation systems generally involves focusing on the compatibility of the tRNA, aminoacyl-tRNA synthetase, and a non-canonical amino acid with each other. As we expand the diversity of tRNAs used to include non-canonical structures, the question arises as to the tRNA suitability on the ribosome. Specifically, we investigated the ribosomal translation of allo-tRNAUTu1, a uniquely shaped (9/3) tRNA exploited for site-specific selenocysteine insertion, using single-molecule fluorescence. With this technique we identified ribosomal disassembly occurring from translocation of allo-tRNAUTu1 from the A to the P site. Using cryo-EM to capture the tRNA on the ribosome, we pinpointed a distinct tertiary interaction preventing fluid translocation. Through a single nucleotide mutation, we disrupted this tertiary interaction and relieved the translation roadblock. With the continued diversification of genetic code expansion, our work highlights a targeted approach to optimize translation by distinct tRNAs as they move through the ribosome. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ur5.cif.gz | 149.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ur5.ent.gz | 115.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ur5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ur5_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ur5_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ur5_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ur5_validation.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/7ur5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/7ur5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26705MC 7uriC 7urmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 28757.984 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 詳細: Oil polluted marine microbial communities from Coal Oil Point, Santa Barbara, California, USA - Santa Barbara Oil Seep Sample 6 (Crude oil metagenome 6, ASSEMBLY_DATE=20131204) 由来: (合成) metagenome (メタゲノム) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E. coli 70S ribosome with allo-tRNAUTu1 in the A, P, and E sites タイプ: RIBOSOME 詳細: Soak in of allo-tRNAUTu1 using mRNA with 3 UAG codons Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 詳細: blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: CTFFIND / バージョン: 4 / カテゴリ: CTF補正 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2668059 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 631624 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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