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- PDB-7ur2: Crystal structure of the Sec14 domain of the RhoGEF Kalirin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ur2
タイトルCrystal structure of the Sec14 domain of the RhoGEF Kalirin
要素Isoform 7 of Kalirin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Ras homologous guanine nucleotide exchange factor / CRAL-TRIO domain / spectrin repeat / lysophospholipids
機能・相同性
機能・相同性情報


EPHB-mediated forward signaling / NRAGE signals death through JNK / maternal process involved in parturition / RAC1 GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / G alpha (q) signalling events / negative regulation of growth hormone secretion / RHOA GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / MAPK6/MAPK4 signaling ...EPHB-mediated forward signaling / NRAGE signals death through JNK / maternal process involved in parturition / RAC1 GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / G alpha (q) signalling events / negative regulation of growth hormone secretion / RHOA GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / MAPK6/MAPK4 signaling / habituation / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / maternal behavior / neuromuscular junction development / social behavior / lactation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adult locomotory behavior / memory / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / Kalirin-like, spectrin repeats / Kalirin, SH3 / : / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) ...Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / Kalirin-like, spectrin repeats / Kalirin, SH3 / : / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Fibronectin type III domain / SH3 domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Li, Y. / Doukov, T.I. / Hao, B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM099948 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135592 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK032948 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of the Sec14 domain of Kalirin reveals a distinct class of lipid-binding module in RhoGEFs.
著者: Li, Y. / Pustovalova, Y. / Doukov, T.I. / Hoch, J.C. / Mains, R.E. / Eipper, B.A. / Hao, B.
履歴
登録2022年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 7 of Kalirin
B: Isoform 7 of Kalirin
C: Isoform 7 of Kalirin
D: Isoform 7 of Kalirin
E: Isoform 7 of Kalirin
F: Isoform 7 of Kalirin
G: Isoform 7 of Kalirin
H: Isoform 7 of Kalirin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,61315
ポリマ－173,9418
非ポリマー6727
水25,4371412
1
A: Isoform 7 of Kalirin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8392
ポリマ－21,7431
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoform 7 of Kalirin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8392
ポリマ－21,7431
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Isoform 7 of Kalirin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7431
ポリマ－21,7431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Isoform 7 of Kalirin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8392
ポリマ－21,7431
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Isoform 7 of Kalirin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9353
ポリマ－21,7431
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Isoform 7 of Kalirin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8392
ポリマ－21,7431
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Isoform 7 of Kalirin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8392
ポリマ－21,7431
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Isoform 7 of Kalirin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7431
ポリマ－21,7431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.160, 82.420, 83.270
Angle α, β, γ (deg.)81.090, 71.790, 79.880
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Isoform 7 of Kalirin / Protein Duo / Serine/threonine-protein kinase with Dbl- and pleckstrin homology domain


分子量: 21742.564 Da / 分子数: 8 / 断片: Sec14 domain (UNP residues 2-192) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kalrn / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A2CG49, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 20-25% PEG3350, 0.2 M sodium chloride

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
41001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL14-111.195
シンクロトロンSSRL BL12-220.9792
シンクロトロンNSLS-II 17-ID-230.9793
シンクロトロンNSLS-II 17-ID-140.9201
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2018年7月9日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2018年11月16日
DECTRIS EIGER X 16M3PIXEL2019年2月15日
DECTRIS EIGER X 9M4PIXEL2020年7月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.1951
20.97921
30.97931
40.92011
反射解像度: 1.89→78.64 Å / Num. obs: 137673 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 35.12 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル解像度: 1.89→1.92 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 1.294 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6729 / CC1/2: 0.907 / Rpim(I) all: 0.303 / Rrim(I) all: 1.329 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROC1.0.5データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
PHENIX1.19.2-4128位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.89→61.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.145 / SU Rfree Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.124
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 6768 4.92 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.196 137668 95.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 261.83 Å2 / Biso mean: 48.49 Å2 / Biso min: 17.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4352 Å210.4462 Å2-3.061 Å2
2--3.4146 Å2-1.2604 Å2
3----0.9794 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→61.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10652 0 35 1412 12099
Biso mean--137.98 53.57 -
残基数----1330
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5215SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1839HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11004HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1419SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13439SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11004HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14856HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.8
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1965 130 4.72 %
Rwork0.2109 2624 -
all0.2102 2754 -
obs--92.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7880.9398-0.56913.1715-0.44171.8603-0.16340.1114-0.0059-0.37330.04170.0363-0.02860.10220.1217-0.0301-0.0328-0.0219-0.12150.0191-0.0857.055579.7672.4744
21.33421.09490.2072.57020.49961.9089-0.04990.09760.0811-0.22610.04280.18930.1581-0.16920.0071-0.0361-0.0301-0.0465-0.10010.0499-0.071250.963929.28476.6382
33.56420.5806-0.37460.7139-0.41480.94040.117-0.37450.24990.1541-0.0758-0.0083-0.07580.1638-0.0412-0.0874-0.02790.0047-0.0345-0.0069-0.061177.226652.182688.3247
42.67581.3415-2.52631.1999-1.10074.3604-0.29680.0828-0.4752-0.1506-0.0398-0.2880.1101-0.22140.3366-0.21960.01250.0585-0.1738-0.03870.065626.703955.699961.9761
51.90590.946-1.23231.2919-0.82112.55070.0344-0.15790.12930.08460.04170.0922-0.0042-0.0933-0.0761-0.09950.01280.0033-0.0244-0.008-0.041812.153752.873816.974
61.60051.56930.54053.39860.52731.60730.1097-0.06480.170.121-0.17840.30790.0921-0.14450.0687-0.0023-0.0289-0.005-0.12650.0034-0.100835.359525.043939.3269
71.70930.8834-1.28213.0791-1.79663.0286-0.21070.2158-0.1545-0.25820.04110.00490.1437-0.22120.1696-0.0749-0.0090.0148-0.1231-0.0686-0.04641.101775.60135.2466
84.07381.2388-0.75131.6088-0.31321.46830.2901-0.46590.22330.2062-0.19-0.0375-0.15770.3672-0.1001-0.061-0.05920.0406-0.0076-0.0281-0.171763.587647.299646.4168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A19 - 192
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B19 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C20 - 192
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D20 - 192
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E20 - 192
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F20 - 192
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G20 - 192
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H20 - 192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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