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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uqo | ||||||
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タイトル | Pathogenesis related 10-10 (S)-tetrahydropapaverine complex | ||||||
要素 | Pathogenesis Related 10-10 protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / binding protein / alkaloids / opium poppy / (S)-tetrahydropapaverine / tetrahydropapaverine | ||||||
機能・相同性 | Chem-S9T 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Papaver somniferum (ケシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Carr, S.C. / Ng, K.K.S. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Alkaloid binding to opium poppy major latex proteins triggers structural modification and functional aggregation. 著者: Ozber, N. / Carr, S.C. / Morris, J.S. / Liang, S. / Watkins, J.L. / Caldo, K.M. / Hagel, J.M. / Ng, K.K.S. / Facchini, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uqo.cif.gz | 54.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uqo.ent.gz | 30.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uqo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uqo_validation.pdf.gz | 771.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uqo_full_validation.pdf.gz | 772.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7uqo_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uqo_validation.cif.gz | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uqo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uqlSC 7uqmC 7uqnC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17625.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Papaver somniferum (ケシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 化合物 | ChemComp-S9T / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→36.8 Å / Num. obs: 16490 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 27.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.55 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / Num. unique obs: 1170 / CC1/2: 0.904 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7UQL 解像度: 1.75→36.8 Å / SU ML: 0.1885 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3591 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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