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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uq6 | |||||||||
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タイトル | tRNA T-box antiterminator fusion, construct #4 | |||||||||
要素 | RNA (86-MER) | |||||||||
キーワード | RNA / tRNA / regulation / riboswitch / scaffold | |||||||||
機能・相同性 | : / : / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Geobacillus kaustophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.951 Å | |||||||||
データ登録者 | Grigg, J.C. / Price, I.R. / Ke, A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Crystals / 年: 2022 タイトル: tRNA Fusion to Streamline RNA Structure Determination: Case Studies in Probing Aminoacyl-tRNA Sensing Mechanisms by the T-Box Riboswitch 著者: Grigg, J.C. / Price, I.R. / Ke, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uq6.cif.gz | 80.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uq6.ent.gz | 59 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uq6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uq6_validation.pdf.gz | 402.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uq6_full_validation.pdf.gz | 403.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7uq6_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uq6_validation.cif.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uq6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uz0C 4mgmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 27936.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 解説: in vitro transcription / 発現宿主: unidentified (未定義) | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-BA / #3: 化合物 | ChemComp-K / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.07 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.0, 80 mM KCl, 12 mM spermine, 20 mM BaCl2, 15% 2-methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.951→32.213 Å / Num. all: 9103 / Num. obs: 9103 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.2 % / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.139 / Rsym value: 0.115 / Net I/av σ(I): 4.6 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 56484 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MGM 解像度: 2.951→32.213 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 234.61 Å2 / Biso mean: 63.3193 Å2 / Biso min: 22.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.951→32.213 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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