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- PDB-7uq0: Putative periplasmic iron siderophore binding protein FecB (Rv304... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uq0
タイトルPutative periplasmic iron siderophore binding protein FecB (Rv3044) from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable FEIII-dicitrate-binding periplasmic lipoprotein FecB
キーワードsiderophore binding protein / Periplasm / siderophore
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Probable FEIII-dicitrate-binding periplasmic lipoprotein FecB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chao, A. / Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1321846 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI095208 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Differentiating the roles of Mycobacterium tuberculosis substrate binding proteins, FecB and FecB2, in iron uptake.
著者: de Miranda, R. / Cuthbert, B.J. / Klevorn, T. / Chao, A. / Mendoza, J. / Arbing, M. / Sieminski, P.J. / Papavinasasundaram, K. / Abdul-Hafiz, S. / Chan, S. / Sassetti, C.M. / Ehrt, S. / Goulding, C.W.
履歴
登録2022年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable FEIII-dicitrate-binding periplasmic lipoprotein FecB
B: Probable FEIII-dicitrate-binding periplasmic lipoprotein FecB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,98715
ポリマ－73,0942
非ポリマー1,89413
水7,458414
1
A: Probable FEIII-dicitrate-binding periplasmic lipoprotein FecB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7789
ポリマ－36,5471
非ポリマー1,2318
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable FEIII-dicitrate-binding periplasmic lipoprotein FecB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2096
ポリマ－36,5471
非ポリマー6635
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.650, 87.070, 71.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable FEIII-dicitrate-binding periplasmic lipoprotein FecB


分子量: 36546.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: fecB, Rv3044 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O53291

-
非ポリマー , 5種, 427分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: 0.1 M Phosphate-citrate pH 3.8, 26% PEG 8000, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.54 Å / Num. obs: 105296 / % possible obs: 97.16 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.78 Å2 / CC1/2: 0.539 / Rmerge(I) obs: 0.0845 / Net I/σ(I): 6.28
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 1.039 / Num. unique obs: 5381 / CC1/2: 0.0082 / % possible all: 93.76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
BOSデータ収集
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TNY

3tny


解像度: 2→43.54 Å / SU ML: 0.2485 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.694
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 10543 10.01 %
Rwork0.1889 94753 -
obs0.1922 105296 95.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4440 0 120 414 4974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00434691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62866411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0437740
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044854
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2044718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.38243190.34912909X-RAY DIFFRACTION87.88
2.02-2.050.36883350.3333002X-RAY DIFFRACTION90.78
2.05-2.070.33883310.31512970X-RAY DIFFRACTION91.26
2.07-2.10.30773360.26953030X-RAY DIFFRACTION91.19
2.1-2.130.30833340.2773009X-RAY DIFFRACTION92.32
2.13-2.150.29433490.26273085X-RAY DIFFRACTION92.64
2.15-2.190.28983380.24783059X-RAY DIFFRACTION94.18
2.19-2.220.26583530.24343203X-RAY DIFFRACTION95.05
2.22-2.250.26383500.23063148X-RAY DIFFRACTION95.63
2.25-2.290.24913490.21843143X-RAY DIFFRACTION96.33
2.29-2.330.26293530.21423171X-RAY DIFFRACTION96.52
2.33-2.370.25713580.21593182X-RAY DIFFRACTION96.77
2.37-2.420.26813610.20513252X-RAY DIFFRACTION97.05
2.42-2.470.2443510.19873148X-RAY DIFFRACTION96.79
2.47-2.520.22353570.20713210X-RAY DIFFRACTION97.41
2.52-2.580.233530.19073193X-RAY DIFFRACTION97.1
2.58-2.640.24483610.19093227X-RAY DIFFRACTION97.21
2.64-2.710.22553600.1923230X-RAY DIFFRACTION97.58
2.71-2.790.23173570.18553202X-RAY DIFFRACTION97.53
2.79-2.880.23973570.18693218X-RAY DIFFRACTION97.7
2.88-2.990.18933590.17863224X-RAY DIFFRACTION97.82
2.99-3.110.21563560.16653233X-RAY DIFFRACTION97.66
3.11-3.250.19863550.16653241X-RAY DIFFRACTION97.9
3.25-3.420.22053640.16973252X-RAY DIFFRACTION97.65
3.42-3.630.18583470.15393156X-RAY DIFFRACTION97.09
3.63-3.910.18883600.1473161X-RAY DIFFRACTION95.91
3.91-4.310.1623540.14363186X-RAY DIFFRACTION96.54
4.31-4.930.1833620.14923227X-RAY DIFFRACTION98.17
4.93-6.20.20183600.18053237X-RAY DIFFRACTION98.39
6.21-43.540.20893640.20113245X-RAY DIFFRACTION98.07
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.55852241556-0.102955566425-0.1602985107873.983082869660.3532951061393.821793477650.006821046122660.08766247071890.0536872113093-0.3065123455940.051826398718-0.399658166932-0.08436949935030.270916332551-0.05315048493360.1859101691950.02053288687050.04283501621710.169631949001-0.005818106778410.186566641621-9.31-1.368-28.778
23.33447623214-1.93245597167-0.5479690060874.1140209271-0.5050835140952.55774853050.1500906944080.03934254758130.326395214014-0.04161026363080.0231100300003-0.0029422375239-0.570842756007-0.231031226018-0.1532982731820.3429809274050.06014384198670.05960060473360.1657735902120.009664783659240.153509019404-26.2915.897-16.824
32.35102695098-0.231923253263-0.4201843674973.963921033070.0602051037572.96408502691-0.0254744076676-0.1894732865740.02324428532640.5260330239570.0536368288097-0.07666050461550.1545715518450.0341285132534-0.0271122547660.2193946593170.0133109044488-0.03397905865930.155080897465-0.01581958813350.129619034982-19.241-7.7884.31
43.002672078132.157004649641.208718765143.845851214711.245869169442.74741515914-0.00519277325440.0693266475879-0.250981544764-0.03761748510010.00850212232195-0.0813669624530.420068221091-0.0648686702492-0.001138274112630.245690724826-0.01447250948580.02793959112860.130385492898-0.003705368017820.13236056122-23.908-25.499-15.463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 45:221 )B45 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 222:357 )B222 - 357
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 42:200 )A42 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 201:357 )A201 - 357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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