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万見
- PDB-7upz: Structural basis for cell type specific DNA binding of C/EBPbeta:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7upz
タイトルStructural basis for cell type specific DNA binding of C/EBPbeta: the case of cell cycle inhibitor p15INK4b promoter
要素
  • CCAAT/enhancer-binding protein beta
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*A)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / C/EBPbeta-DNA interactions / DNA sequence motif / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation ...granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / nuclear glucocorticoid receptor binding / regulation of osteoclast differentiation / mammary gland epithelial cell differentiation / condensed chromosome, centromeric region / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of interleukin-6 production / mammary gland epithelial cell proliferation / histone acetyltransferase binding / positive regulation of interleukin-4 production / ubiquitin-like protein ligase binding / regulation of cell differentiation / Transcriptional Regulation by VENTX / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / cellular response to interleukin-1 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of fat cell differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of osteoblast differentiation / brown fat cell differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / ovarian follicle development / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of T cell proliferation / liver regeneration / response to endoplasmic reticulum stress / acute-phase response / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to amino acid stimulus / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / kinase binding / memory / histone deacetylase binding / nuclear matrix / Transcriptional regulation of granulopoiesis / neuron differentiation / positive regulation of inflammatory response / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / defense response to bacterium / immune response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / : / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CCAAT/enhancer-binding protein beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.487 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Wlodawer, A. / Miller, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for cell type specific DNA binding of C/EBP beta : The case of cell cycle inhibitor p15INK4b promoter.
著者: Lountos, G.T. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Wlodawer, A. / Miller, M.
履歴
登録2022年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCAAT/enhancer-binding protein beta
B: CCAAT/enhancer-binding protein beta
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9884
ポリマ－28,9884
非ポリマー00
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.699, 112.758, 75.528
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CCAAT/enhancer-binding protein beta / C/EBP beta / Liver activator protein / LAP / Liver-enriched inhibitory protein / LIP / Nuclear ...C/EBP beta / Liver activator protein / LAP / Liver-enriched inhibitory protein / LIP / Nuclear factor NF-IL6 / Transcription factor 5 / TCF-5


分子量: 9597.074 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 257-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEBPB, TCF5, PP9092 / プラスミド: pJT328 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17676
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*G)-3')


分子量: 4930.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*A)-3')


分子量: 4863.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride, 50 mM MES, pH 6.0, 10% v/v PEG400, 5% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.487→50 Å / Num. obs: 15346 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 2.487→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 769 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.506

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1GTW

1gtw


解像度: 2.487→42.181 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 790 5.47 %
Rwork0.2123 13662 -
obs0.2151 14452 92.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.25 Å2 / Biso mean: 49.0353 Å2 / Biso min: 10.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.487→42.181 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1121 650 0 85 1856
Biso mean---39.59 -
残基数----164
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.487-2.64270.345890.315145661
2.6427-2.84670.30881430.2778239899
2.8467-3.13310.32361510.26212418100
3.1331-3.58630.26341240.2196241398
3.5863-4.51750.23921090.1784245899
4.5175-42.180.22351740.1743251999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.783-3.0188-2.40246.38745.80764.91780.0058-0.39060.2291-0.17510.5215-0.7766-0.20610.4655-0.40120.3043-0.00830.10040.1772-0.03140.207123.27494.2122-3.5099
27.1036-2.50745.21126.1035-1.2443.891-0.796-0.78182.18211.7607-0.9802-0.2076-2.49650.04581.73851.28-0.3332-0.01520.8882-0.12771.124734.94347.2315-1.2365
30.42220.810.1836.11470.62320.52280.00620.23440.1082-0.0712-0.13290.4378-0.04530.2011-0.0570.28330.06340.1868-0.1542-0.09640.190125.64451.5762-13.141
45.7351-1.18120.81740.2448-0.22462.214-0.2850.07220.8932-0.0182-0.097-0.5914-0.00560.52450.09670.18190.10390.08120.40170.22780.455339.654529.8689-7.3059
56.5695-4.1407-0.67755.22753.36265.0407-0.3497-0.7595-0.00240.0498-0.07760.12980.776-0.14630.0510.3071-0.09480.21840.44170.03220.293924.440528.10472.6712
64.74685.0703-0.96745.72080.07725.4969-0.57080.98590.863-1.4210.26271.56480.1446-1.60910.2720.3911-0.103-0.09160.88540.09120.5727.481529.7587-2.3556
78.1697-1.03268.45161.9999-2.48779.2161-0.5973.3021-2.0841-1.8075-0.2782-1.89980.67190.27050.90520.6065-0.18370.43831.4608-0.02081.2306-0.432620.53121.6714
83.0517-0.5590.23170.98820.34310.8923-0.1728-0.26270.67470.0237-0.09220.53790.0201-0.4307-0.55080.1988-0.2482-0.00310.9576-0.05280.6773.03326.72676.7368
98.28312.1178-3.48173.2023-1.77984.85380.0873-0.27410.20750.2734-0.1589-0.12380.20770.28630.09230.48890.06420.08010.283-0.05380.134327.461629.1099-1.7336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 269 through 332 )A269 - 332
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 268 through 272 )B268 - 272
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 273 through 335 )B273 - 335
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 6 through 10 )C6 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 11 through 15 )C11 - 15
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 16 through 16 )C16
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 6 through 16 )D6 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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