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- PDB-7ups: Structural study of Legionella pneumophila effector DotY (Lpg0294) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ups
タイトルStructural study of Legionella pneumophila effector DotY (Lpg0294)
要素DotY (Lpg0294)
キーワードCELL INVASION / protein effector
機能・相同性: / protein transport / cytoplasm / Type 4 apparatus protein DotY
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Chung, I.Y.W. / Cygler, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Structural study of Legionella pneumophila effector DotY (Lpg0294), a component of the Dot/Icm type IV secretion system.
著者: Chung, I.Y.W. / Cygler, M.
履歴
登録2022年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DotY (Lpg0294)
B: DotY (Lpg0294)
C: DotY (Lpg0294)
D: DotY (Lpg0294)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7608
ポリマ－95,5124
非ポリマー2484
水3,495194
1
A: DotY (Lpg0294)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9402
ポリマ－23,8781
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DotY (Lpg0294)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9402
ポリマ－23,8781
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DotY (Lpg0294)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9402
ポリマ－23,8781
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DotY (Lpg0294)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9402
ポリマ－23,8781
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.200, 75.620, 101.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 7 through 13 or (resid 14...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 7 through 54 or (resid 55...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 7 through 38 or (resid 39...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 7 through 13 or (resid 14...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAGLNA3 - 70
d_12ens_1LYSGLYA84 - 188
d_13ens_1GLUILEA190 - 213
d_14ens_1SERSERA215
d_21ens_1ALAGLNB3 - 70
d_22ens_1LYSGLYB84 - 188
d_23ens_1GLUILEB190 - 213
d_24ens_1SERSERB215
d_31ens_1ALAGLYC3 - 175
d_32ens_1GLUILEC177 - 200
d_33ens_1SERSERC202
d_41ens_1ALAGLYD3 - 175
d_42ens_1GLUILED177 - 200
d_43ens_1SERSERD202

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.253041672934, 9.24228556323E-5, 0.96745537531), (-0.00259684045087, -0.999996328088, 0.000774745158716), (0.967451894503, -0.00270837006408, -0.25304050378)-2.32311614046, 29.4438571364, 2.96610293302
2given(-0.89360701926, 0.0954521936542, 0.438583371613), (-0.091518666555, -0.995346621884, 0.03015685622), (0.439421015429, -0.0131901869462, 0.898184385395)69.5789965479, 24.5330385047, -8.3929776138
3given(-0.204839657128, -0.00475969305721, -0.978783970133), (0.0852580827032, 0.99610058397, -0.0226866909754), (0.975075265916, -0.0880963786749, -0.203635099781)7.61834454722, -32.8965658846, 7.43948484654

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要素

#1: タンパク質
DotY (Lpg0294)


分子量: 23877.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0294 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYR7
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細SNA at the amino-terminus is from the TEV protease cleavage site after removal of his-tag

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium Citrate pH3.5, 25% PEG8k and 0.3M Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→43.55 Å / Num. obs: 33201 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 43.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.35
反射 シェル解像度: 2.43→2.55 Å / Num. unique obs: 3535 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.43→43.54 Å / SU ML: 0.3741 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.5771
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 989 2.98 %
Rwork0.2371 32187 -
obs0.2379 33176 95.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→43.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6260 0 16 194 6470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00286370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56678576
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0384977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7752374
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.361174744758
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.31172568165
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.38705046346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.560.36181070.3083665X-RAY DIFFRACTION77.23
2.56-2.720.32421420.30074534X-RAY DIFFRACTION95.1
2.72-2.930.37441440.28844758X-RAY DIFFRACTION99.96
2.93-3.220.28851510.25924768X-RAY DIFFRACTION99.86
3.22-3.690.25851460.23674772X-RAY DIFFRACTION99.74
3.69-4.650.21091450.20054809X-RAY DIFFRACTION99.8
4.65-43.540.23991540.22064881X-RAY DIFFRACTION99.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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