PDB-7up8: Crystal structure of C-terminal Domain of MSK1 in complex with co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7up8

タイトル

Crystal structure of C-terminal Domain of MSK1 in complex with covalently bound pyrrolopyrimidine compound 27 (co-crystal)

要素

Ribosomal protein S6 kinase alpha-5

キーワード

TRANSFERASE / Msk1 / C-terminal domain / PROTEIN KINASE / PHOSPHORYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / positive regulation of CREB transcription factor activity / CREB phosphorylation / histone H3S10 kinase activity / interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production / regulation of postsynapse organization / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Yano, J.K. / Abendroth, J. / Hall, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Characterization of a Novel Series of Chloropyrimidines as Covalent Inhibitors of the Kinase MSK1.
著者: Hall, A. / Abendroth, J. / Bolejack, M.J. / Ceska, T. / Dell'Aiera, S. / Ellis, V. / Fox 3rd, D. / Francois, C. / Muruthi, M.M. / Prevel, C. / Poullennec, K. / Romanov, S. / Valade, A. / ...

履歴

登録	2022年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7up8.ent.gz	193.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7up8_validation.pdf.gz	1011.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7up8_full_validation.pdf.gz	1014.6 KB	表示
XML形式データ	7up8_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	7up8_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/7up8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/7up8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7up4C 7up5C 7up6C 7up7C C: 同じ文献を引用 (文献)
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RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (2)
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タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5

B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5

ヘテロ分子

70 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.520, 90.910, 136.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 415 through 514 or (resid 515...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 415 through 525 or resid 527...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	LYS	MET	A	1 - 111
d_1	2	ens_1	LYS	LEU	A	113 - 231
d_1	3	ens_1	TYR	ASN	A	233 - 273
d_1	4	ens_1	266	266	B
d_2	1	ens_1	LYS	MET	C	1 - 111
d_2	2	ens_1	LYS	ASP	C	113 - 140
d_2	3	ens_1	LEU	GLN	C	142 - 181
d_2	4	ens_1	CYS	LEU	C	184 - 234
d_2	5	ens_1	TYR	ASN	C	236 - 276
d_2	6	ens_1	266	266	D

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999883185308, -0.0131042016636, -0.00786737797896), (-0.0149982587484, -0.940347292583, -0.339885306488), (-0.00294414198354, 0.339963599861, -0.940433986411) ...

#1: タンパク質	Ribosomal protein S6 kinase alpha-5 / S6K-alpha-5 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 5 / Nuclear mitogen- and stress-activated protein ...S6K-alpha-5 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 5 / Nuclear mitogen- and stress-activated protein kinase 1 / RSK-like protein kinase / RSKL 分子量: 34668.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KA5, MSK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75582, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-O10 / (5M)-5-(5-bromo-2-chloropyrimidin-4-yl)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidine 分子量: 310.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₅BrClN₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Plate 320267f8, puck cnl-6-9.Screen:Morpheus_D8_F8_G8_Index_E7. To prepare the ligand complex, PID7059-1 was exchanged to 25 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM BME (dillution ...詳細: Plate 320267f8, puck cnl-6-9.Screen:Morpheus_D8_F8_G8_Index_E7. To prepare the ligand complex, PID7059-1 was exchanged to 25 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM BME (dillution buffer) using a GE (GE28-9180-04) spin column. The protein was diluted to 1 mg/ml in dilution bufffer and 150 ?M UCB1710266 in 100% DMSO_D6 was added. The complex was incubated at 4 C for an hour, then excess ligand was removed by dialysis using a D-tube dialyzer in 250 ml dilution buffer, overnight at 4 ?C. The following day the protein was concentrated to 10.1 mg/ml and setup 200:100 ul protein:well solution. Crystals were flash frozen in 100% well solution

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.72 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Plate 320267f8, puck cnl-6-9.Screen:Morpheus_D8_F8_G8_Index_E7. To prepare the ligand complex, PID7059-1 was exchanged to 25 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM BME (dillution ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月8日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 14778 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.002 % / B_iso Wilson estimate: 50.492 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 0.921 / Net I/σ(I): 10.99

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.9-2.98	4.103	0.559	2.7	1071	0.824	0.643	100
2.98-3.06	4.118	0.541	2.74	1048	0.828	0.623	99.6
3.06-3.15	4.088	0.408	3.65	1001	0.881	0.469	100
3.15-3.24	4.113	0.312	4.54	1014	0.929	0.358	99.8
3.24-3.35	4.078	0.239	5.86	949	0.952	0.275	100
3.35-3.47	4.081	0.19	7.09	943	0.975	0.219	99.9
3.47-3.6	4.073	0.157	8.16	887	0.983	0.181	99.8
3.6-3.74	3.991	0.124	10.35	875	0.985	0.143	99.8
3.74-3.91	4.018	0.101	12.11	836	0.991	0.117	99.9
3.91-4.1	4.018	0.084	14.02	787	0.991	0.097	99.7
4.1-4.32	3.996	0.069	16.24	779	0.995	0.08	99.9
4.32-4.59	3.969	0.061	17.81	715	0.996	0.071	99.7
4.59-4.9	3.954	0.062	17.49	677	0.995	0.072	99.9
4.9-5.29	3.969	0.063	17.48	653	0.996	0.072	99.7
5.29-5.8	3.943	0.071	15.83	595	0.995	0.082	99.7
5.8-6.48	3.892	0.067	16.71	545	0.994	0.078	99.8
6.48-7.49	3.839	0.057	18.59	483	0.997	0.066	99.4
7.49-9.17	3.727	0.043	23.42	403	0.996	0.05	98.8
9.17-12.97	3.623	0.038	25.92	334	0.995	0.045	98.5
12.97-50	3.142	0.031	24.29	183	0.998	0.037	91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	phenix 1.21	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 2.9→48.2 Å / SU ML: 0.388 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.3196
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2625	1544	10.45 %	0
R_work	0.1863	13228	-	-
obs	0.1942	14772	99.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4398	0	32	3	4433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	4538
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.78	6094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0464	668
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	767
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9618	1698

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.897134924144 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.99	0.281	137	0.2288	1187	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.99-3.1	0.3548	132	0.2615	1168	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.1-3.22	0.3307	144	0.2632	1196	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.22-3.37	0.3109	150	0.2091	1162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.55	0.2984	136	0.2072	1168	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.55-3.77	0.3047	135	0.2036	1202	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.77-4.06	0.2496	143	0.1795	1201	X-RAY DIFFRACTION	99.78
4.06-4.47	0.2279	127	0.1497	1203	X-RAY DIFFRACTION	99.77
4.47-5.12	0.2261	145	0.1409	1233	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.12-6.44	0.2497	140	0.1819	1237	X-RAY DIFFRACTION	99.71
6.45-48.2	0.2284	155	0.1791	1271	X-RAY DIFFRACTION	97.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.61090520189	-1.69327749765	-4.70481077775	3.81164157127	1.4423211612	7.61260084125	-0.0420928991099	-0.314596643771	0.124970818477	0.0301513542139	0.128275753074	-0.577708883765	0.145594044688	0.387143155666	0.000755201023345	0.311743522635	0.026213153612	-0.108136723127	0.378772318935	-0.0966629492929	0.408643810626	34.9828106665	60.6520490903	49.5956930974
2	8.85206530256	-3.27188917782	-1.28427988561	4.98752408539	2.63724002686	1.96002516739	-0.562348299718	0.430456392511	0.253966055613	0.389733539506	-0.026011377784	0.894149680339	-0.414527847575	-1.01528352441	0.686793823884	0.613645909997	0.0931978767675	-0.0190375402486	0.684770977652	-0.0997581414516	1.01402898105	19.0399758661	73.0262146702	52.9149217411
3	4.65534055758	-0.49189940528	0.0113651735926	4.82581172325	1.94366170924	2.70233182626	0.130942854576	0.0459064234978	0.54812717659	-0.406531497237	-0.116632409737	0.95882367865	-0.821338272588	-0.323224234499	0.0713734048821	0.463468991733	0.0976809957997	-0.0574912906686	0.631815210289	0.0624542018425	0.390168487944	10.4250057081	43.0007492207	85.5523248749
4	8.67544376065	1.4205629466	-1.89716014971	1.62436055749	-0.979443712686	4.28513330615	-0.0500429819544	0.00614338857149	0.0260809461363	-0.00723396120768	0.0500222702364	0.058441886633	0.0435551948543	-0.312310223702	-0.00098645299056	0.372846736015	0.025762578783	-0.0114932372853	0.341274687042	-0.0370919971346	0.244181023732	20.4222673526	36.639906616	88.7504365838
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12	6.33514526915	0.725163798735	0.23986431295	2.01366701005	1.24341749275	7.80306873884	-0.182783056662	-0.565307549376	-0.131878314901	0.625863374538	-0.127829071222	0.19657579826	0.203661017367	0.386473578451	0.30704279646	0.329872539747	-0.00390140725981	0.0251619999681	0.54270330516	-0.00655088402326	0.3780502892	0.12196689554	53.2610693548	45.068389065
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17	6.4430465097	-3.2792155385	-1.34815463447	8.72765632032	-0.938913033533	6.30176351174	-0.54242315887	-0.736871770285	0.317060767481	1.02160743687	0.247814276839	-0.286487106969	-0.17863029054	0.500733105954	0.393560469139	0.451839862549	0.0246719602228	-0.0767873799094	0.438908073788	-0.105253751625	0.482386937963	37.0848004129	66.5030255746	56.3217043691

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 668 through 706 )	B	C	668 - 706	222 - 260
2	2	chain 'B' and (resid 707 through 726 )	B	C	707 - 726	261 - 280
3	3	chain 'A' and (resid 415 through 432 )	A	A	415 - 432	1 - 18
4	4	chain 'A' and (resid 433 through 492 )	A	A	433 - 492	19 - 78
5	5	chain 'A' and (resid 493 through 563 )	A	A	493 - 563	79 - 145
6	6	chain 'A' and (resid 564 through 616 )	A	A	564 - 616	146 - 174
7	7	chain 'A' and (resid 617 through 656 )	A	A	617 - 656	175 - 207
8	8	chain 'A' and (resid 657 through 682 )	A	A	657 - 682	208 - 233
9	9	chain 'A' and (resid 683 through 706 )	A	A	683 - 706	234 - 257
10	10	chain 'A' and (resid 707 through 722 )	A	A	707 - 722	258 - 273
11	11	chain 'B' and (resid 415 through 432 )	B	C	415 - 432	1 - 18
12	12	chain 'B' and (resid 433 through 450 )	B	C	433 - 450	19 - 36
13	13	chain 'B' and (resid 451 through 517 )	B	C	451 - 517	37 - 103
14	14	chain 'B' and (resid 518 through 563 )	B	C	518 - 563	104 - 146
15	15	chain 'B' and (resid 564 through 616 )	B	C	564 - 616	147 - 175
16	16	chain 'B' and (resid 617 through 642 )	B	C	617 - 642	176 - 196
17	17	chain 'B' and (resid 643 through 667 )	B	C	643 - 667	197 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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