PDB-7up7: Crystal structure of C-terminal Domain of MSK1 in complex with co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7up7

タイトル

Crystal structure of C-terminal Domain of MSK1 in complex with covalently bound with literature RSK2 inhibitor indazole cyanoacrylamide compound 26 (soak)

要素

Ribosomal protein S6 kinase alpha-5

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PROTEIN KINASE / TRANSFERASE / PHOSPHORYLATION / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / positive regulation of CREB transcription factor activity / CREB phosphorylation / histone H3S10 kinase activity / interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production / regulation of postsynapse organization / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Yano, J.K. / Abendroth, J. / Hall, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Characterization of a Novel Series of Chloropyrimidines as Covalent Inhibitors of the Kinase MSK1.
著者: Hall, A. / Abendroth, J. / Bolejack, M.J. / Ceska, T. / Dell'Aiera, S. / Ellis, V. / Fox 3rd, D. / Francois, C. / Muruthi, M.M. / Prevel, C. / Poullennec, K. / Romanov, S. / Valade, A. / ...

履歴

登録	2022年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7up7.ent.gz	186.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7up7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	7up7_full_validation.pdf.gz	892.6 KB	表示
XML形式データ	7up7_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	7up7_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/7up7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/7up7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7up4C 7up5C 7up6C 7up8C C: 同じ文献を引用 (文献)
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類似性 (2)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5

B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5

ヘテロ分子

70.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.930, 90.520, 135.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 416 through 484 or resid 486...	A	A	416 - 484	4 - 72
1	2	GLU	GLU	SER	SER	(chain 'A' and (resid 416 through 484 or resid 486...	A	A	486 - 522	74 - 110
1	3	ILE	ILE	MET	MET	(chain 'A' and (resid 416 through 484 or resid 486...	A	A	524 - 525	112 - 113
1	4	LYS	LYS	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 416 through 484 or resid 486...	A	A	527 - 554	115 - 142
1	5	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 416 through 484 or resid 486...	A	A	559 - 573	147 - 161
1	6	ASP	ASP	GLN	GLN	(chain 'A' and (resid 416 through 484 or resid 486...	A	A	599 - 622	168 - 191
1	7	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 416 through 484 or resid 486...	A	A	628 - 723	197 - 292
1	8	1LE	1LE	1LE	1LE	(chain 'A' and (resid 416 through 484 or resid 486...	A	C	900
2	9	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 416 through 441 or (resid 442...	B	B	416 - 484	4 - 72
2	10	GLU	GLU	SER	SER	(chain 'B' and (resid 416 through 441 or (resid 442...	B	B	486 - 522	74 - 110
2	11	ILE	ILE	MET	MET	(chain 'B' and (resid 416 through 441 or (resid 442...	B	B	524 - 525	112 - 113
2	12	LYS	LYS	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 416 through 441 or (resid 442...	B	B	527 - 554	115 - 142
2	13	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 416 through 441 or (resid 442...	B	B	559 - 573	147 - 161
2	14	ASP	ASP	GLN	GLN	(chain 'B' and (resid 416 through 441 or (resid 442...	B	B	599 - 622	168 - 191
2	15	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 416 through 441 or (resid 442...	B	B	628 - 723	197 - 292
2	16	1LE	1LE	1LE	1LE	(chain 'B' and (resid 416 through 441 or (resid 442...	B	D	900

#1: タンパク質	Ribosomal protein S6 kinase alpha-5 / S6K-alpha-5 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 5 / Nuclear mitogen- and stress-activated protein ...S6K-alpha-5 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 5 / Nuclear mitogen- and stress-activated protein kinase 1 / RSK-like protein kinase / RSKL 分子量: 34668.809 Da / 分子数: 2 / 断片: Msk1 C-terminal domain, residues 414-738 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KA5, MSK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75582, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-1LE / (2S)-2-cyano-N-(1-hydroxy-2-methylpropan-2-yl)-3-[3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-1H-indazol-5-yl]propanamide 分子量: 452.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₈N₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume of the protein, Msk1-C terminal domain (PID7059-1, CID101276) at 5 mg/ml with 1.5mM UCB1590591/BSI106893 in 25mM ...詳細: Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume of the protein, Msk1-C terminal domain (PID7059-1, CID101276) at 5 mg/ml with 1.5mM UCB1590591/BSI106893 in 25mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 5% Glycerol, 5mM BME and a crystallization buffer containing 100mM sodium malonate pH 8.0, 100mM Tris pH 8.0, 30% w/v PEG 1000 (tray ID 305760, well F2, CID101276_fine1 screen). Crystals were soaked for 4 days in 2.5ul of reservoir with 1mM UCB1590956/BSI100006.Crystals were cryo protected with 20% EG + compound and vitrified in in liquid N2. Puck ID WJP9-1

結晶

マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume of the protein, Msk1-C terminal domain (PID7059-1, CID101276) at 5 mg/ml with 1.5mM UCB1590591/BSI106893 in 25mM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月13日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 16052 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.267 % / B_iso Wilson estimate: 51.99 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 1.027 / Net I/σ(I): 16.94

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.8-2.87	5.377	0.576	3	1170	0.853	0.637	100
2.87-2.95	5.374	0.451	3.8	1134	0.894	0.499	99.9
2.95-3.04	5.392	0.429	4.01	1102	0.914	0.474	100
3.04-3.13	5.348	0.339	4.98	1070	0.941	0.375	100
3.13-3.23	5.339	0.266	6.54	1057	0.956	0.295	100
3.23-3.35	5.359	0.202	8.53	1005	0.975	0.223	99.8
3.35-3.47	5.322	0.158	10.53	982	0.989	0.175	100
3.47-3.61	5.327	0.121	13.15	941	0.992	0.133	99.7
3.61-3.78	5.313	0.089	17.24	899	0.995	0.099	100
3.78-3.96	5.31	0.071	20.44	868	0.997	0.078	99.9
3.96-4.17	5.25	0.056	25.3	828	0.998	0.062	100
4.17-4.43	5.271	0.047	29.36	775	0.998	0.052	100
4.43-4.73	5.272	0.043	31.41	756	0.999	0.047	99.9
4.73-5.11	5.231	0.045	30.02	693	0.999	0.05	99.7
5.11-5.6	5.198	0.049	27.34	637	0.998	0.054	99.7
5.6-6.26	5.102	0.048	27.91	589	0.998	0.053	99.8
6.26-7.23	5.051	0.041	31.76	532	0.999	0.046	99.8
7.23-8.85	4.959	0.027	40.5	440	1	0.03	99.5
8.85-12.52	4.796	0.021	46.97	367	1	0.023	99.5
12.52-50	4.111	0.022	42.94	207	0.999	0.026	94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 2.8→47.68 Å / SU ML: 0.369 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.1893
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2444	1603	9.99 %	0
R_work	0.1813	14444	-	-
obs	0.1877	16047	99.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4282	0	0	23	4305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	4395
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5914	5966
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0431	675
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	760
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.0373	1528

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.89	0.3417	127	0.227	1302	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.89-2.99	0.2944	156	0.2245	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.11	0.3318	153	0.229	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.26	0.2939	153	0.2163	1297	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.26-3.43	0.2808	137	0.1952	1305	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.43-3.64	0.2947	153	0.1918	1299	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.64-3.92	0.2392	150	0.1773	1297	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.92-4.32	0.1959	143	0.1443	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.94	0.2125	135	0.1367	1337	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.94-6.22	0.2332	136	0.191	1351	X-RAY DIFFRACTION	99.66
6.22-47.68	0.2053	160	0.1868	1409	X-RAY DIFFRACTION	98.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.00804986526	-0.790842328609	-1.05370351904	3.42680500789	1.58583989699	3.80132410325	-0.0133005131361	0.145246511938	0.695071635711	-0.107173434983	0.283613830834	0.376929422055	0.0828216780579	-0.599514382669	-0.169681696723	0.332676614445	0.0759344700457	-0.132247083267	0.548418564185	-0.0139593807972	0.448549344774	10.7474504053	42.9497673692	85.6024055206
2	5.81933771079	-0.519529936787	-1.52841294638	2.71221933819	-0.920611984282	3.73597621912	0.0101592192091	0.249819190656	-0.197144186629	-0.25005055161	-0.0626579740398	0.002208427251	0.178173796801	-0.189718952729	0.120945616002	0.20587613462	0.00920223008867	-0.0029611494741	0.346445877619	0.00733340870078	0.289884374305	19.1925010661	35.8826433777	86.6779342719
3	8.82306116044	0.878997676663	-3.30195147581	1.8862591553	0.0188802481961	3.152044521	0.103890182202	-0.342705861943	0.104132957799	-0.0234834607022	-0.143185727678	0.227925692447	0.136579146626	-0.104647637027	0.0447507219572	0.24227701975	0.0129995783477	-0.0444952921712	0.318200384158	-0.0360780566077	0.249834856501	21.9167333784	37.4438251866	90.9085081044
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 415 through 432 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 433 through 474 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 475 through 498 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 499 through 517 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 518 through 563 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 564 through 616 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 617 through 667 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 668 through 698 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 699 through 724)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 416 through 474 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 475 through 616 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 617 through 686 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 687 through 727 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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