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- PDB-7up6: Crystal structure of C-terminal domain of MSK1 in complex with in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7up6
タイトルCrystal structure of C-terminal domain of MSK1 in complex with in covalently bound literature RSK2 inhibitor pyrrolopyrimidine cyanoacrylamide compound 25 (co-crystal)
要素Ribosomal protein S6 kinase alpha-5
キーワードTRANSFERASE / MSK1 / C-TERMINAL DOMAIN / PROTEIN KINASE / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / positive regulation of CREB transcription factor activity / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / histone H3S10 kinase activity / regulation of postsynapse organization / interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production / ERK/MAPK targets ...histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / positive regulation of CREB transcription factor activity / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / histone H3S10 kinase activity / regulation of postsynapse organization / interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / post-translational protein modification / axon guidance / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein tyrosine kinase activity / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / inflammatory response / protein serine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
OXAMIC ACID / Chem-SUU / Ribosomal protein S6 kinase alpha-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yano, J.K. / Abendroth, J. / Hall, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Characterization of a Novel Series of Chloropyrimidines as Covalent Inhibitors of the Kinase MSK1.
著者: Hall, A. / Abendroth, J. / Bolejack, M.J. / Ceska, T. / Dell'Aiera, S. / Ellis, V. / Fox 3rd, D. / Francois, C. / Muruthi, M.M. / Prevel, C. / Poullennec, K. / Romanov, S. / Valade, A. / ...著者: Hall, A. / Abendroth, J. / Bolejack, M.J. / Ceska, T. / Dell'Aiera, S. / Ellis, V. / Fox 3rd, D. / Francois, C. / Muruthi, M.M. / Prevel, C. / Poullennec, K. / Romanov, S. / Valade, A. / Vanbellinghen, A. / Yano, J. / Geraerts, M.
履歴
登録2022年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1384
ポリマ－34,6691
非ポリマー4693
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.170, 71.170, 144.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase alpha-5 / S6K-alpha-5 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 5 / Nuclear mitogen- and stress-activated protein ...S6K-alpha-5 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 5 / Nuclear mitogen- and stress-activated protein kinase 1 / RSK-like protein kinase / RSKL


分子量: 34668.809 Da / 分子数: 1 / 断片: Msk1 CTD 414-738 Delta Pro573-Pro596 GSG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KA5, MSK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75582, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SUU / (E)-3-(3-(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)phenyl)-2-cyanoacrylamide bound form


分子量: 291.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume of the protein, Msk1-C terminal domain (PID6598-1, CID101276) at 4.91 mg/ml in 25mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 5% ...詳細: Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume of the protein, Msk1-C terminal domain (PID6598-1, CID101276) at 4.91 mg/ml in 25mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 5% Glycerol, 5mM BME and a crystallization buffer containing 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium-potassium tartrate, sodium oxamate: 100 mM MOPS / HEPES-Na pH 7.5 (tray ID 298849, well G8, Morpheus). Crystals were direly vitrified in in liquid N2. Puck ID BOW0-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→35.59 Å / Num. obs: 12830 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 51.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 17.02 / Num. measured all: 98583
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. measured obs: 1042 / Num. possible: 161 / Num. unique obs: 154 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.037 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 2.6→35.59 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1316 10.32 %0
Rwork0.166 ---
obs0.17 12754 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 158.58 Å2 / Biso mean: 61.88 Å2 / Biso min: 24.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→35.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1935 0 34 49 2018
Biso mean--51.05 55.53 -
残基数----257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042027
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5932744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7181202
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004352
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 145 -
Rwork0.2035 1272 -
all-1417 -
obs--99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.25112.59280.16566.0483-1.97016.37040.1166-0.1371-0.24910.3646-0.106-0.38890.07180.1287-0.02160.31170.0438-0.02030.24830.02490.3487-19.74246.283647.3375
22.60031.6538-0.42063.7385-1.85776.1432-0.073-0.259-0.08670.1342-0.1648-0.45730.09330.48450.18120.23540.0246-0.00020.27180.00530.2901-16.621512.342339.5092
35.14570.67031.02472.3582-0.37794.4688-0.0050.09830.2080.0826-0.08090.2336-0.0482-0.68170.04590.3320.0548-0.00060.327-0.00950.3091-30.622515.426728.3296
47.01310.50682.32984.9289-0.74387.93520.18030.0828-0.4354-0.26-0.02680.13770.7816-0.3835-0.21260.501-0.0604-0.06420.4477-0.01720.3164-37.70718.011914.9419
59.07361.6780.20367.1945-1.53259.87820.136-0.31120.41310.1396-0.1870.779-0.8596-0.50710.05230.48120.0657-0.09780.5718-0.04420.4382-39.346117.445416.7777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0
2X-RAY DIFFRACTION2A0
3X-RAY DIFFRACTION3A0
4X-RAY DIFFRACTION4A0
5X-RAY DIFFRACTION5A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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