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万見
- PDB-7up3: NDM1-inhibitor co-structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7up3
タイトルNDM1-inhibitor co-structure
要素Metallo beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Metallo-beta-lactamase inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-NZ0 / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Scapin, G. / Fischmann, T.O.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Rapid Evolution of a Fragment-like Molecule to Pan-Metallo-Beta-Lactamase Inhibitors: Initial Leads toward Clinical Candidates.
著者: Mandal, M. / Xiao, L. / Pan, W. / Scapin, G. / Li, G. / Tang, H. / Yang, S.W. / Pan, J. / Root, Y. / de Jesus, R.K. / Yang, C. / Prosise, W. / Dayananth, P. / Mirza, A. / Therien, A.G. / ...著者: Mandal, M. / Xiao, L. / Pan, W. / Scapin, G. / Li, G. / Tang, H. / Yang, S.W. / Pan, J. / Root, Y. / de Jesus, R.K. / Yang, C. / Prosise, W. / Dayananth, P. / Mirza, A. / Therien, A.G. / Young, K. / Flattery, A. / Garlisi, C. / Zhang, R. / Chu, D. / Sheth, P. / Chu, I. / Wu, J. / Markgraf, C. / Kim, H.Y. / Painter, R. / Mayhood, T.W. / DiNunzio, E. / Wyss, D.F. / Buevich, A.V. / Fischmann, T. / Pasternak, A. / Dong, S. / Hicks, J.D. / Villafania, A. / Liang, L. / Murgolo, N. / Black, T. / Hagmann, W.K. / Tata, J. / Parmee, E.R. / Weber, A.E. / Su, J. / Tang, H.
履歴
登録2022年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo beta-lactamase
B: Metallo beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,29713
ポリマ－52,5892
非ポリマー1,70811
水5,603311
1
A: Metallo beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0306
ポリマ－26,2951
非ポリマー7355
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2687
ポリマ－26,2951
非ポリマー9736
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.564, 73.913, 77.325
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 / Metallobetalactamase NDM-1 / NDM1 ...Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 / Metallobetalactamase NDM-1 / NDM1 metallo-beta-lactamase / New Delhi Metallo carbapenemase-1 / New Delhi metallo beta lactamase 1 / New Delhi metallo-beta-lactamase NDM-1 / Subclass B1 metallo-beta-lactamase NDM-1


分子量: 26294.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, blaNDM1, NDM-1, D647_p47098, DDJ63_29735, EC13450_007, NCTC13443_00040, p2146_00143, pCRE380_21, pN11x00042NDM_090, pNDM-SX04_5, pNDM10469_138, SAMEA3499901_05193, TR3_031, TR4_031
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9NWK5

-
非ポリマー , 5種, 322分子

#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NZ0 / (3P)-4-[4-(hydroxymethyl)phenyl]-3-(2H-tetrazol-5-yl)pyridine-2-sulfonamide


分子量: 332.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M ammonium acetate 1.0 mM TCEP 3.0 mM cadmium sulfate 0.1 M HEPES pH 7.0 25.0 w/v polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.113→134.175 Å / Num. all: 163291 / Num. obs: 163291 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.094 / Net I/av σ(I): 5.9 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 2088252
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value
1.113-1.1712.60.5621.4235380.1710.6120.562
1.17-1.2412.20.4471.7223770.1390.4890.447
1.24-1.33130.3392.2210230.1020.3690.339
1.33-1.4412.70.243.1196160.0730.2630.24
1.44-1.5713.10.1634.6181130.050.180.163
1.57-1.7613.40.1146.5164180.0350.1270.114
1.76-2.0312.70.0779.1145350.0250.0880.077
2.03-2.4913.20.05911.4123700.0190.0680.059
2.49-3.5212.50.04812.597180.0160.0560.048
3.52-134.17512.50.04413.455830.0140.050.044

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3ZR9

3zr9


解像度: 1.4→31.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9434 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9418 / SU R Cruickshank DPI: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.065 / SU Rfree Blow DPI: 0.061 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.06
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1899 3839 5.02 %RANDOM
Rwork0.1803 ---
obs0.1808 76421 96.65 %-
原子変位パラメータBiso max: 106.58 Å2 / Biso mean: 23.06 Å2 / Biso min: 10.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8733 Å20 Å20 Å2
2--3.8472 Å20 Å2
3---1.0261 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.171 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→31.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3381 0 68 311 3760
Biso mean--30.13 28.95 -
残基数----458
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1138SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes91HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes540HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3536HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion465SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4312SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3536HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4825HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.09
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1977 255 5.02 %
Rwork0.1932 4827 -
all0.1934 5082 -
obs--96.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66390.0749-0.02683.3249-0.3570.40840.0219-0.012-0.09150.4622-0.0708-0.10950.00480.02440.0489-0.0101-0.0097-0.0221-0.06990.004-0.0869-16.18323.3328-5.7768
20.3459-0.08860.10291.5731-0.00570.6734-0.00840.01580.04390.0388-0.0191-0.0282-0.04050.00520.0275-0.03010.0021-0.0029-0.01180.0076-0.0468-18.821535.6515-18.0533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A42 - 269
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B42 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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