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- PDB-7uor: Crystal structure of cytochrome P450 enzyme CYP119 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uor
タイトルCrystal structure of cytochrome P450 enzyme CYP119 in complex with methyliridium(III) mesoporphyrin.
要素Cytochrome
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 Iridium
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
methyliridium(III) mesoporphyrin / NICKEL (II) ION / Cytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Bloomer, B.J. / Hartwig, J.F. / Adams, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: Mechanistic and structural characterization of an iridium-containing cytochrome reveals kinetically relevant cofactor dynamics
著者: Bloomer, B.J. / Natoli, S.N. / Garcia-Borras, M. / Pereira, J.H. / Hu, D.B. / Adams, P.D. / Houk, K.N. / Clark, D.S. / Hartwig, J.F.
履歴
登録2022年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome
B: Cytochrome
C: Cytochrome
D: Cytochrome
E: Cytochrome
F: Cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,35320
ポリマ－270,2956
非ポリマー6,05814
水00
1
A: Cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0984
ポリマ－45,0491
非ポリマー1,0493
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0393
ポリマ－45,0491
非ポリマー9902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0393
ポリマ－45,0491
非ポリマー9902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0984
ポリマ－45,0491
非ポリマー1,0493
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0393
ポリマ－45,0491
非ポリマー9902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0393
ポリマ－45,0491
非ポリマー9902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)190.213, 190.213, 266.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1HISASNA1 - 379
d_12ens_1HIRHIRB
d_13ens_1BTBBTBC
d_21ens_1HISASND1 - 379
d_22ens_1HIRHIRE
d_23ens_1BTBBTBF
d_31ens_1HISASNG1 - 379
d_32ens_1HIRHIRH
d_33ens_1BTBBTBI
d_41ens_1HISASNJ1 - 379
d_42ens_1HIRHIRK
d_43ens_1BTBBTBL
d_51ens_1HISASNM1 - 379
d_52ens_1HIRHIRN
d_53ens_1BTBBTBO
d_61ens_1HISASNP1 - 379
d_62ens_1HIRHIRQ
d_63ens_1BTBBTBR

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.514049514978, -0.57558760388, 0.635965412905), (0.382472069799, 0.509828729497, 0.770577564171), (-0.76776833223, 0.639354030909, -0.0419310289132)-27.0297376666, -32.6997663471, 44.6899301911
2given(-0.487282678765, 0.40326990578, -0.774550820842), (-0.584486343032, 0.508378926632, 0.63239748716), (0.648792189984, 0.760870718354, -0.0120184927128)34.0308011882, -27.1897510973, 44.0474619193
3given(0.487698656087, 0.602876808931, 0.63141869952), (-0.409925296778, -0.480432500062, 0.775335968433), (0.770786138895, -0.636964807613, 0.0128281702013)67.4433534123, -129.019423939, -88.811669536
4given(-0.186973904217, 0.982118432919, -0.0220032466445), (0.982202304753, 0.187303539091, 0.014000599377), (0.0178715326881, -0.0189938928394, -0.99965986233)95.1616191024, -95.485046792, -45.5619489099
5given(-0.490659644342, 0.41998322611, 0.763457401038), (-0.578603865975, 0.498083013743, -0.645856700592), (-0.651514143893, -0.758635222756, -0.001385316104)61.6729737843, -67.062313653, -87.8846624437

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome


分子量: 45049.219 Da / 分子数: 6 / 変異: L155W, T213G, V254L, C317G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: ATY89_07675, ATZ20_10695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3HD14
#2: 化合物
ChemComp-HIR / methyliridium(III) mesoporphyrin


分子量: 780.869 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H32IrN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5 25 % Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.159→60.15 Å / Num. obs: 80832 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 83.69 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.2178 / Net I/σ(I): 7.86
反射 シェル解像度: 3.159→3.272 Å / Num. unique obs: 8034 / CC1/2: 0.406

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4444精密化
PHENIX1.20_4444精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BV5

5bv5


解像度: 3.16→60.15 Å / SU ML: 0.4495 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.8624
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 4000 4.95 %
Rwork0.181 76764 -
obs0.1834 80764 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 88.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→60.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18798 0 356 0 19154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011619626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.752226622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0912820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01263390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.08547416
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.680420182644
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.620378791099
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.664435126684
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.595334763546
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.646288782579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.16-3.20.39151950.34832548X-RAY DIFFRACTION99.13
3.2-3.240.34781090.33042625X-RAY DIFFRACTION99.93
3.24-3.280.29711420.29732664X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.320.36281510.28192643X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.360.32531380.26282612X-RAY DIFFRACTION99.89
3.36-3.410.31051220.25482655X-RAY DIFFRACTION99.93
3.41-3.460.2768900.2462724X-RAY DIFFRACTION99.96
3.46-3.520.29881280.23832660X-RAY DIFFRACTION99.89
3.52-3.580.30911470.2452634X-RAY DIFFRACTION99.93
3.58-3.640.30951650.25092594X-RAY DIFFRACTION99.93
3.64-3.70.31941530.25762636X-RAY DIFFRACTION99.93
3.7-3.770.2711310.23672655X-RAY DIFFRACTION100
3.77-3.850.24921190.18642650X-RAY DIFFRACTION99.96
3.85-3.940.22291350.17872656X-RAY DIFFRACTION99.96
3.94-4.030.23251160.17772657X-RAY DIFFRACTION99.93
4.03-4.130.22041360.15782653X-RAY DIFFRACTION99.96
4.13-4.240.2088990.16752662X-RAY DIFFRACTION100
4.24-4.360.2031610.14922635X-RAY DIFFRACTION99.96
4.36-4.50.20631530.14352646X-RAY DIFFRACTION100
4.5-4.670.18561740.14032606X-RAY DIFFRACTION100
4.67-4.850.18511240.13592689X-RAY DIFFRACTION100
4.85-5.070.18961310.13552638X-RAY DIFFRACTION100
5.07-5.340.18371640.14362621X-RAY DIFFRACTION100
5.34-5.670.1851440.16652663X-RAY DIFFRACTION100
5.67-6.110.22541710.16522645X-RAY DIFFRACTION100
6.11-6.730.22441340.17782643X-RAY DIFFRACTION100
6.73-7.70.2287990.16722701X-RAY DIFFRACTION100
7.7-9.690.1952980.13372717X-RAY DIFFRACTION99.96
9.71-60.150.18431710.16042632X-RAY DIFFRACTION98.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12612082093-0.795836685833-0.3917380719941.093132290590.6488249384970.814154808291-0.131537920143-0.102825669557-0.08848773379550.0633741094140.08934423359720.00172415735872-0.00455360563060.14694039998-0.005981917717350.2228332222110.0008781896575390.05159447572710.312436598187-0.05343148245560.31104088586529.3143886253-51.69844379825.05860440474
21.01968621543-0.1598219460140.3637178168690.3480676679490.506469001481.186971462120.1048920625690.139693874771-0.0818781244339-0.05300013296380.03367049369370.0601836870242-0.1711015597430.08136950512520.009989481691550.2889499382520.0471679608966-0.08995053898630.380203092993-0.08714120450560.302055288711-9.12868293211-43.9477535105-11.0850949898
30.71796523360.3614554386490.1404377806451.44896538402-0.4081820232830.637304731279-0.189321732596-0.120630848713-0.1328110011540.09934306055150.263411914380.46829498715-0.03583793747340.1194290999230.02973854978660.2442834287-0.0616756308229-0.02882547211290.07213682438460.02734507635570.45559754585-5.0211053715-67.410674771623.6691888262
40.854768417513-0.164607172246-0.3675054399330.714233813444-0.4104634098561.311825952420.0335706716926-0.140489670855-0.1441444847670.0485778165970.0574170322432-0.15335273877-0.231246352873-0.01801221585410.006423581448310.445672177239-0.02717854109360.0879710229220.3498945008270.07542212475220.26715283682653.7656607354-112.278398012-33.2176737905
50.622994889062-0.376287238115-0.7661101532070.9391530635761.253023638670.7006895109740.07160925052270.140126379634-0.07502360269890.369773894147-1.0186225156-0.530273593854-0.588165061030.678393429246-0.2587676931650.1586732490170.3578766913740.238562857748-0.0504270404635-0.6992735460980.0094009089570838.795274353-76.3025249139-49.1117034872
61.70400889717-0.3693030253010.6035106114471.247285359970.02934618332650.8880190583720.192432917461-0.1371954387480.0157092889801-0.0477115022751-0.0795652453952-0.1076527861280.40657339241-0.3560497616270.06374084351330.513088328372-0.2097296125950.02036307220180.526388437193-0.03076059612980.23126554383729.4350384778-113.040264755-67.7707334741
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: -11 - 367 / Label seq-ID: 1 - 379

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
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22(chain 'B' and ( resid -11:390 ) )BD
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66(chain 'F' and ( resid -11:390 ) )FP

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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