PDB-7uoq: CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 INTEGRASE COMPLEXED WITH (2S)-2-(TERT-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uoq

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 INTEGRASE COMPLEXED WITH (2S)-2-(TERT-BUTOXY)-2-(5-{2-[(2-CHLORO-6-M ETHYLPHENYL)METHYL]-1,2,3,4-TETRAHYDROISOQUINOLIN-6-YL}-4- (4,4-DIMETHYLPIPERIDIN-1-YL)-2-METHYLPYRIDIN-3-YL)ACETIC ACID

要素

Integrase

キーワード

TRANSFERASE / INTEGRASE / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA-directed DNA polymerase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8867 Å

データ登録者

Lewis, H.A. / Muckelbauer, J.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Preclinical Profiling of GSK3839919, a Potent HIV-1 Allosteric Integrase Inhibitor.
著者: Parcella, K. / Wang, T. / Eastman, K. / Zhang, Z. / Yin, Z. / Patel, M. / Tu, Y. / Zheng, B.Z. / Walker, M.A. / Saulnier, M.G. / Frennesson, D. / Bowsher, M. / Gillis, E. / Peese, K. / ...

履歴

登録	2022年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uoq.cif.gz	99.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uoq.ent.gz	76 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uoq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uoq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uoq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Integrase

ヘテロ分子

20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Integrase

ヘテロ分子

A: Integrase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.420, 71.420, 66.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Integrase 分子量: 19685.273 Da / 分子数: 1 / 変異: C56S, F139D, F185H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76353
#2: 化合物	ChemComp-O20 / (2S)-tert-butoxy[(5M)-5-{2-[(2-chloro-6-methylphenyl)methyl]-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-6-yl}-4-(4,4-dimethylpiperidin-1-yl)-2-methylpyridin-3-yl]acetic acid 分子量: 604.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₆ClN₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.2-0.18M Ammonium Sulfate, 100mM Na acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月8日 / 詳細: ???
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8867→31.4815 Å / Num. obs: 15932 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 34.44 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.035 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.887→1.99 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2329 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8867→31.4815 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2241	792	4.98 %
R_work	0.1803	15123	-
obs	0.1825	15915	98.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 163.54 Å² / B_iso mean: 49.603 Å² / B_iso min: 19.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8867→31.4815 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1049	0	104	132	1285
B_iso mean	-	-	50.93	60.01	-
残基数	-	-	-	-	140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1138
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.207	1559
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	172
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	217
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.841	660

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8867-2.0049	0.2658	122	0.2286	2521	99
2.0049-2.1596	0.2011	139	0.1875	2513	100
2.1596-2.3769	0.1998	131	0.1722	2376	94
2.3769-2.7207	0.261	133	0.1836	2531	99
2.7207-3.4271	0.2135	127	0.1922	2559	99
3.4271-31.4815	0.2242	140	0.1695	2623	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9921	2.8794	-5.4424	6.2333	-2.3143	7.6459	-0.1645	0.4971	-0.4299	-0.6265	-0.0627	-0.2792	0.2054	-0.2409	0.2927	0.2956	-0.0047	0.0012	0.2831	-0.0715	0.2226	69.7911	52.4077	78.6751
2	4.0829	-0.5996	0.4227	4.3418	-0.1872	2.8637	0.1657	0.2704	0.0605	-0.3453	-0.2229	-0.2701	0.2829	0.0507	0.0502	0.2958	0.0278	0.019	0.2442	-0.0225	0.2349	74.1823	56.8537	79.9694
3	8.2561	-0.8833	-3.396	5.321	1.9331	6.4638	0.1459	0.1615	0.0414	0.0141	-0.1819	-0.3044	0.0403	0.1812	0.0309	0.2443	0.0042	-0.0071	0.1836	0.0294	0.198	75.786	52.7499	89.0548
4	2.9902	-0.66	-1.2056	3.0926	0.6228	3.9179	0.0547	0.1567	-0.0784	-0.1872	-0.1613	-0.5437	0.1055	-0.218	0.2541	0.2665	-0.0395	0.0174	0.2509	-0.0021	0.3301	67.1529	50.3934	85.532
5	4.2216	-4.4444	0.5334	4.7971	-0.9368	2.0472	-0.2071	0.1135	-0.4627	-0.6201	0.1206	0.1532	0.1727	0.0235	0.0929	0.5165	0.0325	0.0644	0.3751	-0.0174	0.3436	76.8736	40.8864	82.8059
6	8.3547	-2.0279	-2.9111	3.6441	0.3583	6.162	-0.0471	-0.0143	-0.4804	0.141	-0.1432	0.1485	0.853	-0.1213	0.2205	0.371	-0.0271	0.0397	0.2161	0.0141	0.2242	73.7209	44.1052	93.3097
7	1.5791	-0.2704	0.6572	3.1582	-2.8911	2.6908	-0.3399	0.4346	-0.9744	-0.2752	-0.5777	0.3031	0.7833	-0.0072	0.6905	0.4828	-0.074	0.0233	0.3768	-0.1208	0.4526	67.1328	43.1288	83.4359
8	6.1849	1.6766	-0.06	7.3478	-0.836	5.4638	-0.3025	0.7189	-0.1396	-1.438	0.2053	0.2516	-0.3473	0.0472	0.2021	0.4963	0.0985	0.0544	0.3786	0.0035	0.2561	75.186	65.693	71.8154
9	8.2859	-0.2261	-0.2751	4.3897	-0.7451	4.5723	0.1089	0.1979	-0.1261	-0.3967	-0.1842	-0.0132	-0.2452	-0.0333	0.0322	0.2721	0.0275	-0.0083	0.1718	-0.014	0.1618	71.7892	67.2217	78.6111
10	2.2844	2.8986	-2.2229	5.4649	-5.091	5.0376	-0.2054	0.8767	-0.062	-1.0887	0.0073	1.2015	-0.1625	-1.3717	-0.2215	0.3511	0.1256	-0.1628	0.6015	-0.0423	0.5922	55.8701	67.1811	75.3512
11	9.0162	-0.7557	-0.9073	2.0864	-1.5185	9.9047	-0.3428	0.0802	-0.4361	0.0463	0.4647	0.8136	0.1114	-0.899	-0.0702	0.2676	0.0222	-0.031	0.4289	-0.025	0.4992	54.4156	59.2708	84.9893

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 57 THROUGH 68 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 69 THROUGH 93 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 94 THROUGH 105 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 106 THROUGH 117 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 118 THROUGH 123 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 124 THROUGH 133 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 134 THROUGH 149 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 150 THROUGH 171 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 172 THROUGH 185 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'A' AND (RESID 186 THROUGH 195 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'A' AND (RESID 196 THROUGH 208 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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