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- PDB-7uof: Dihydroorotase from M. jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uof
タイトルDihydroorotase from M. jannaschii
要素Dihydroorotase
キーワードHYDROLASE / DE NOVO PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS / AMIDOHYDROLASE SUPERFAMILY / METALLOENZYME / ZINC BINDING / HISTIDINATE ANION
機能・相同性
機能・相同性情報


allantoinase activity / dihydroorotase / purine nucleobase catabolic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotase / : / Dihydroorotase signature 1. / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vitali, J. / Nix, J.C. / Newman, H.E. / Colaneri, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071512 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of Methanococcus jannaschii dihydroorotase.
著者: Vitali, J. / Nix, J.C. / Newman, H.E. / Colaneri, M.J.
履歴
登録2022年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,94612
ポリマ－48,2261
非ポリマー71911
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, HPLC Size Exclusion Chromatography/Laser Light Scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.267, 111.267, 101.233
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Dihydroorotase / DHOase


分子量: 48226.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami2 (DE3) / 参照: UniProt: Q58885, dihydroorotase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.7 % / 解説: triangular prism
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 35% PEG400, 0.1 M Na Hepes pH 7.5, 0.1 M Zn acetate.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.18 Å / Num. obs: 57394 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.239 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.94103.18836830.311100
9.11-48.1890.0545930.996199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MPG

3mpg


解像度: 1.9→48.18 Å / SU ML: 0.2294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8194
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2146 2703 4.72 %Random selection
Rwork0.1783 54531 --
obs0.1799 57234 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3389 0 11 219 3619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00773449
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93554641
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0595527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.139445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.930.36061450.33362776X-RAY DIFFRACTION97.79
1.93-1.970.31181290.30572849X-RAY DIFFRACTION98.97
1.97-2.010.33341490.29252796X-RAY DIFFRACTION99.49
2.01-2.060.26461490.27312859X-RAY DIFFRACTION99.8
2.06-2.10.321320.25872847X-RAY DIFFRACTION99.9
2.1-2.160.26271650.24152823X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.210.28721320.22242857X-RAY DIFFRACTION99.97
2.21-2.280.24721530.20122830X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.350.22931340.18592883X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.440.20321360.17442839X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.530.20181410.17712876X-RAY DIFFRACTION99.97
2.53-2.650.22041290.17462883X-RAY DIFFRACTION99.97
2.65-2.790.1921540.18042856X-RAY DIFFRACTION99.97
2.79-2.960.18951540.16812854X-RAY DIFFRACTION99.97
2.96-3.190.20241160.1652915X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.510.19031620.15922873X-RAY DIFFRACTION100
3.51-4.020.18291440.1442912X-RAY DIFFRACTION100
4.02-5.070.16351190.13722972X-RAY DIFFRACTION100
5.07-48.180.21781600.16173031X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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