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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uof | ||||||
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タイトル | Dihydroorotase from M. jannaschii | ||||||
要素 | Dihydroorotase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / DE NOVO PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS / AMIDOHYDROLASE SUPERFAMILY / METALLOENZYME / ZINC BINDING / HISTIDINATE ANION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydroorotase / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Vitali, J. / Nix, J.C. / Newman, H.E. / Colaneri, M.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2023 タイトル: Crystal structure of Methanococcus jannaschii dihydroorotase. 著者: Vitali, J. / Nix, J.C. / Newman, H.E. / Colaneri, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uof.cif.gz | 128.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uof.ent.gz | 79.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uof.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uof | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3mpgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48226.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami2 (DE3) / 参照: UniProt: Q58885, dihydroorotase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.7 % / 解説: triangular prism |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 35% PEG400, 0.1 M Na Hepes pH 7.5, 0.1 M Zn acetate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年12月18日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→48.18 Å / Num. obs: 57394 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.239 / Net I/σ(I): 9.7 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3MPG 解像度: 1.9→48.18 Å / SU ML: 0.2294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8194 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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