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- PDB-7uoc: Crystal structure of Orobanche minor KAI2d4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uoc
タイトルCrystal structure of Orobanche minor KAI2d4
要素KAI2d4
キーワードHYDROLASE / Strigolactone receptor
機能・相同性response to karrikin / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / KAI2d4
機能・相同性情報
生物種Orobanche minor (ヤセウツボ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Burger, M. / Chory, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2023
タイトル: A Divergent Clade KAI2 Protein in the Root Parasitic Plant Orobanche minor Is a Highly Sensitive Strigolactone Receptor and Is Involved in the Perception of Sesquiterpene Lactones.
著者: Takei, S. / Uchiyama, Y. / Burger, M. / Suzuki, T. / Okabe, S. / Chory, J. / Seto, Y.
履歴
登録2022年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KAI2d4
B: KAI2d4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7174
ポリマ－60,6462
非ポリマー712
水7,332407
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.448, 97.448, 147.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 KAI2d4


分子量: 30322.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Orobanche minor (ヤセウツボ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U8XQU6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 0.8 M di-ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.72 Å / Num. obs: 32317 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 21.6 % / Biso Wilson estimate: 20.69 Å2 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Net I/σ(I): 8.03
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 20.7 % / Num. unique obs: 65669 / CC1/2: 0.744 / CC star: 0.924 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JYP

4jyp


解像度: 2.3→48.72 Å / SU ML: 0.2628 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.1746
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1688 5.22 %
Rwork0.1761 30623 -
obs0.179 32311 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4168 0 2 407 4577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00354358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64535936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.37661600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.370.28771340.21672510X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.440.261430.20642497X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.530.30441310.21722502X-RAY DIFFRACTION99.96
2.53-2.630.32191450.20482516X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.750.27691390.20312506X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.90.28671370.19562528X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.080.2081440.19722527X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.320.23641390.18172535X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.650.19871460.15252544X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.180.18291430.14322580X-RAY DIFFRACTION100
4.18-5.260.18341310.13442617X-RAY DIFFRACTION100
5.26-48.720.23221560.182761X-RAY DIFFRACTION99.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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