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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uoa | ||||||
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タイトル | MAGEA4-MTP1 linear peptide complex | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / Mage homology domain MHD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Melanoma-associated antigen 4/5P / Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Williams, R.S. / Tumbale, P.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Discovery and Structural Basis of the Selectivity of Potent Cyclic Peptide Inhibitors of MAGE-A4. 著者: Fleming, M.C. / Chiou, L.F. / Tumbale, P.P. / Droby, G.N. / Lim, J. / Norris-Drouin, J.L. / Williams, J.G. / Pearce, K.H. / Williams, R.S. / Vaziri, C. / Bowers, A.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uoa.cif.gz | 102.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uoa.ent.gz | 77.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uoa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uoa_validation.pdf.gz | 458.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uoa_full_validation.pdf.gz | 460 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7uoa_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uoa_validation.cif.gz | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uoa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uoa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2wa0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24997.490 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 101-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAGEA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1RN33 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1361.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 化合物 | ChemComp-TRS / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, magnesium chloride, ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 5488 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8.65 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.626 Å / Num. unique obs: 5248 / CC1/2: 0.967 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2WA0 解像度: 3.5→49.61 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 32.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 180.22 Å2 / Biso mean: 116.098 Å2 / Biso min: 70.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.5→49.61 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -28.3398 Å / Origin y: 14.4404 Å / Origin z: -8.0221 Å
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精密化 TLSグループ |
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