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- PDB-7unz: Crystal structure of H2 nanobody in complex with PfCSS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7unz
タイトルCrystal structure of H2 nanobody in complex with PfCSS
要素
  • Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative
  • H2 Nanobody
キーワードCELL INVASION / Plasmodium falciparum / 6-Cys protein / nanobody (ナノボディ)
機能・相同性マロン酸 / Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Scally, S.W. / Cowman, A.F.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)637406 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1173049 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Microbiol / : 2022
タイトル: PCRCR complex is essential for invasion of human erythrocytes by Plasmodium falciparum.
著者: Scally, S.W. / Triglia, T. / Evelyn, C. / Seager, B.A. / Pasternak, M. / Lim, P.S. / Healer, J. / Geoghegan, N.D. / Adair, A. / Tham, W.H. / Dagley, L.F. / Rogers, K.L. / Cowman, A.F.
履歴
登録2022年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative
D: Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative
C: H2 Nanobody
A: H2 Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,55025
ポリマ-91,3984
非ポリマー4,15321
9,206511
1
B: Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative
C: H2 Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,82713
ポリマ-45,6992
非ポリマー2,12811
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint34 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
2
D: Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative
A: H2 Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,72412
ポリマ-45,6992
非ポリマー2,02510
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint35 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.967, 190.428, 56.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 1 through 112)
d_2ens_1(chain "C" and resid 1 through 112)
d_1ens_2(chain "B" and (resid 27 through 142 or resid 144...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 27 through 142 or resid 144...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNSERC1 - 119
d_21ens_1GLNSERD1 - 119
d_11ens_2LYSLEUA1 - 116
d_12ens_2GLYVALA118 - 120
d_13ens_2VALGLUA122 - 138
d_14ens_2ASPVALA140 - 141
d_15ens_2VALTYRA143 - 171
d_16ens_2VALLYSA173 - 212
d_17ens_2VALLYSA214 - 232
d_18ens_2PHEPHEA234
d_19ens_2LEUSERA236 - 243
d_110ens_2PHEALAA245 - 256
d_111ens_2ILELYSA258 - 264
d_112ens_2NAGNAGE
d_113ens_2NAGNAGF
d_114ens_2NAGNAGH
d_115ens_2NAGNAGI
d_116ens_2EDOEDOO
d_21ens_2LYSLEUP1 - 116
d_22ens_2GLYVALP118 - 120
d_23ens_2VALGLUP122 - 138
d_24ens_2ASPVALP140 - 141
d_25ens_2VALTYRP143 - 171
d_26ens_2VALLYSP173 - 212
d_27ens_2VALLYSP214 - 232
d_28ens_2PHEPHEP234
d_29ens_2LEUSERP236 - 243
d_210ens_2PHEALAP245 - 256
d_211ens_2ILELYSP258 - 264
d_212ens_2NAGNAGQ
d_213ens_2NAGNAGR
d_214ens_2NAGNAGT
d_215ens_2NAGNAGU
d_216ens_2EDOEDOD

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 BDCA

#1: タンパク質 Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative


分子量: 32224.025 Da / 分子数: 2 / 変異: T263A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1404700
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IM47
#2: 抗体 H2 Nanobody


分子量: 13474.745 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
, 3種, 10分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 522分子

#6: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H2O4
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M bis-tris-propane pH 6.0, 17.5% (v/v) PEG3350, 0.2 M sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95366 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95366 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→48.99 Å / Num. obs: 83296 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 34.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4251 / CC1/2: 0.722 / Rpim(I) all: 0.444 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HGV
解像度: 2.03→44.75 Å / SU ML: 0.235 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.9679
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 1914 2.43 %
Rwork0.1853 76912 -
obs0.186 78826 94.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→44.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6071 0 271 511 6853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00256561
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57638861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04861028
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.61082456
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.475585514271
ens_2d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS7.57038415417
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.080.31171160.28934469X-RAY DIFFRACTION77.59
2.08-2.130.35081150.26344888X-RAY DIFFRACTION85.45
2.13-2.20.27131280.23835071X-RAY DIFFRACTION88.61
2.2-2.270.22311370.22385250X-RAY DIFFRACTION90.71
2.27-2.350.28441350.21935368X-RAY DIFFRACTION93.22
2.35-2.440.22561390.21145485X-RAY DIFFRACTION95.06
2.44-2.550.2541390.20285541X-RAY DIFFRACTION96.27
2.55-2.690.24881390.21585630X-RAY DIFFRACTION97.24
2.69-2.860.23721390.21675676X-RAY DIFFRACTION98.04
2.86-3.080.23591420.2015758X-RAY DIFFRACTION98.98
3.08-3.390.23231430.19795828X-RAY DIFFRACTION99.58
3.39-3.880.20221430.16675855X-RAY DIFFRACTION99.83
3.88-4.880.16381470.13865926X-RAY DIFFRACTION99.93
4.88-44.750.19811520.1696167X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.777351561580.448603020169-3.30163239862.962182730461.446169652742.87704974139-0.2721319404711.112735852980.00162310543373-2.71767006925-0.1147394482930.7155080672271.62784285619-0.1272666814630.2949741007890.740707363322-0.06868405848690.03422669509330.54358270404-0.01591895305610.3913963070219.2930.36744.409
22.05676576973-0.204018476321.859618592390.987172431773-0.2705618840641.70235649359-0.004604023064050.00415748482569-0.319895297480.05914348117560.1192170162530.3270636458810.7798425863140.241698148736-0.1256560756420.638041520326-0.02029191038440.1433509762280.2707351521420.01732416888270.49275610127818.82824.4956.311
34.961721610190.8215929694573.561894883611.965626494132.204258173623.98591705554-0.2670178516060.1474550225240.653756348564-0.1239085526270.2728130433141.118248941580.186969871543-0.8574935174550.01827328414320.245636262027-0.03797565984690.02749484249980.4160699065480.1339135960660.5267475656978.97631.86357.446
44.621827290161.055969456320.5187911050258.04680470635-1.521105647334.65200790882-0.113121387408-0.44255299189-0.3025586391060.269142205377-0.031797629044-0.2270857188640.434228703530.3537315227180.1435638972620.3158390735620.01981019235030.03761436241990.2873228034480.08792913697740.27391143543720.85529.68762.604
53.146504324471.59694321874-0.8999834011046.39055330763-1.718295852744.59260768884-0.1785114312-0.0213916481595-0.229917793533-0.2195634270.2542922722730.5177163479430.591081160877-0.39714347307-0.01000419018150.242157911716-0.05214695211650.02788139540380.3401160859170.05264909351480.36507853302312.47229.64356.406
62.4471377132-1.18468020911.311829580573.93794252875-1.189426734041.96898163929-0.0259887834335-0.520277038036-0.3717382999720.3308754397520.5503718751421.030334419510.0911863782585-0.437319269956-0.38532341080.3341030231310.04586062603380.02801195386230.5030743543380.2132359732520.60473357258614.568126.58812.36
72.96545220623-0.4161936823541.187889097513.75575054793-0.3215919236022.215726194560.0323908758794-0.00478489126540.159503523947-0.1119248746690.09220857229120.204781478653-0.0818395093355-0.0845255487308-0.103331607170.2322713805860.00101300783830.04722331545760.2111244677230.02231368111280.19111619222138.638103.85127.736
82.812993971241.45413832223-0.9367096981195.12860461517-1.164443059252.18287962647-0.07624478266010.5058989609790.331212109554-0.3652306683910.3833401538760.706715649948-0.104497951732-0.314209933088-0.2377618673880.280178473395-0.0482560011922-0.01193106980450.4258496102660.1002416456290.41275217019612.79254.31243.999
93.069732736820.757842588753-1.369004118083.56284919358-0.3607522703152.322414074350.06051023470550.0858552575461-0.134421534268-0.009426674991690.04772161139620.1361599800590.0978591274552-0.112315625522-0.09229172776230.24729495612-0.0326104370759-0.04681979089150.2087535272570.005086665874810.20618358299437.34476.21929.297
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:5 )A1 - 5
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 6:33 )A6 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 34:45 )A34 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 46:82 )A46 - 82
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 83:112 )A83 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 27:150 )B27 - 150
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 151:292 )B151 - 292
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 27:150 )D27 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND RESID 151:290 )D151 - 290
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 1:17 )C1 - 17
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 18:33 )C18 - 33
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 34:45 )C34 - 45
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 46:59 )C46 - 59
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 60:82 )C60 - 82
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 83:114 )C83 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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