PDB-7unz: Crystal structure of H2 nanobody in complex with PfCSS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7unz

タイトル

Crystal structure of H2 nanobody in complex with PfCSS

要素

Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative
H2 Nanobody

キーワード

CELL INVASION / Plasmodium falciparum / 6-Cys protein / nanobody

機能・相同性

MALONATE ION / Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Scally, S.W. / Cowman, A.F.

資金援助

オーストラリア, 2件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	637406	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1173049	オーストラリア

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: PCRCR complex is essential for invasion of human erythrocytes by Plasmodium falciparum.
著者: Scally, S.W. / Triglia, T. / Evelyn, C. / Seager, B.A. / Pasternak, M. / Lim, P.S. / Healer, J. / Geoghegan, N.D. / Adair, A. / Tham, W.H. / Dagley, L.F. / Rogers, K.L. / Cowman, A.F.

履歴

登録	2022年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年12月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7unz.cif.gz	412.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7unz.ent.gz	281.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7unz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7unz_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7unz_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7unz_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	7unz_validation.cif.gz	50.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/7unz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/7unz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7unyC 5hgvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative

D: Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative

C: H2 Nanobody

A: H2 Nanobody

ヘテロ分子

95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative

C: H2 Nanobody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative

A: H2 Nanobody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.967, 190.428, 56.036
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and resid 1 through 112)
d_2	ens_1	(chain "C" and resid 1 through 112)
d_1	ens_2	(chain "B" and (resid 27 through 142 or resid 144...
d_2	ens_2	(chain "D" and (resid 27 through 142 or resid 144...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLN	SER	C	1 - 119
d_2	1	ens_1	GLN	SER	D	1 - 119
d_1	1	ens_2	LYS	LEU	A	1 - 116
d_1	2	ens_2	GLY	VAL	A	118 - 120
d_1	3	ens_2	VAL	GLU	A	122 - 138
d_1	4	ens_2	ASP	VAL	A	140 - 141
d_1	5	ens_2	VAL	TYR	A	143 - 171
d_1	6	ens_2	VAL	LYS	A	173 - 212
d_1	7	ens_2	VAL	LYS	A	214 - 232
d_1	8	ens_2	PHE	PHE	A	234
d_1	9	ens_2	LEU	SER	A	236 - 243
d_1	10	ens_2	PHE	ALA	A	245 - 256
d_1	11	ens_2	ILE	LYS	A	258 - 264
d_1	12	ens_2	NAG	NAG	E
d_1	13	ens_2	NAG	NAG	F
d_1	14	ens_2	NAG	NAG	H
d_1	15	ens_2	NAG	NAG	I
d_1	16	ens_2	EDO	EDO	O
d_2	1	ens_2	LYS	LEU	P	1 - 116
d_2	2	ens_2	GLY	VAL	P	118 - 120
d_2	3	ens_2	VAL	GLU	P	122 - 138
d_2	4	ens_2	ASP	VAL	P	140 - 141
d_2	5	ens_2	VAL	TYR	P	143 - 171
d_2	6	ens_2	VAL	LYS	P	173 - 212
d_2	7	ens_2	VAL	LYS	P	214 - 232
d_2	8	ens_2	PHE	PHE	P	234
d_2	9	ens_2	LEU	SER	P	236 - 243
d_2	10	ens_2	PHE	ALA	P	245 - 256
d_2	11	ens_2	ILE	LYS	P	258 - 264
d_2	12	ens_2	NAG	NAG	Q
d_2	13	ens_2	NAG	NAG	R
d_2	14	ens_2	NAG	NAG	T
d_2	15	ens_2	NAG	NAG	U
d_2	16	ens_2	EDO	EDO	D

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 BDCA

#1: タンパク質	Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative 分子量: 32224.025 Da / 分子数: 2 / 変異: T263A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1404700 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IM47
#2: 抗体	H2 Nanobody 分子量: 13474.745 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 3種, 10分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 522分子

#6: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M bis-tris-propane pH 6.0, 17.5% (v/v) PEG3350, 0.2 M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95366 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95366 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→48.99 Å / Num. obs: 83296 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.98 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.03→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4251 / CC_1/2: 0.722 / R_pim(I) all: 0.444 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HGV

5hgv

解像度: 2.03→44.75 Å / SU ML: 0.235 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.9679
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	1914	2.43 %
R_work	0.1853	76912	-
obs	0.186	78826	94.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→44.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6071	0	271	511	6853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	6561
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5763	8861
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0486	1028
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	1126
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6108	2456

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.475585514271
ens_2	d_2	D	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	7.57038415417

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.08	0.3117	116	0.2893	4469	X-RAY DIFFRACTION	77.59
2.08-2.13	0.3508	115	0.2634	4888	X-RAY DIFFRACTION	85.45
2.13-2.2	0.2713	128	0.2383	5071	X-RAY DIFFRACTION	88.61
2.2-2.27	0.2231	137	0.2238	5250	X-RAY DIFFRACTION	90.71
2.27-2.35	0.2844	135	0.2193	5368	X-RAY DIFFRACTION	93.22
2.35-2.44	0.2256	139	0.2114	5485	X-RAY DIFFRACTION	95.06
2.44-2.55	0.254	139	0.2028	5541	X-RAY DIFFRACTION	96.27
2.55-2.69	0.2488	139	0.2158	5630	X-RAY DIFFRACTION	97.24
2.69-2.86	0.2372	139	0.2167	5676	X-RAY DIFFRACTION	98.04
2.86-3.08	0.2359	142	0.201	5758	X-RAY DIFFRACTION	98.98
3.08-3.39	0.2323	143	0.1979	5828	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.39-3.88	0.2022	143	0.1667	5855	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.88-4.88	0.1638	147	0.1386	5926	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.88-44.75	0.1981	152	0.169	6167	X-RAY DIFFRACTION	99.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.77735156158	0.448603020169	-3.3016323986	2.96218273046	1.44616965274	2.87704974139	-0.272131940471	1.11273585298	0.00162310543373	-2.71767006925	-0.114739448293	0.715508067227	1.62784285619	-0.127266681463	0.294974100789	0.740707363322	-0.0686840584869	0.0342266950933	0.54358270404	-0.0159189530561	0.39139630702	19.29	30.367	44.409
2	2.05676576973	-0.20401847632	1.85961859239	0.987172431773	-0.270561884064	1.70235649359	-0.00460402306405	0.00415748482569	-0.31989529748	0.0591434811756	0.119217016253	0.327063645881	0.779842586314	0.241698148736	-0.125656075642	0.638041520326	-0.0202919103844	0.143350976228	0.270735152142	0.0173241688827	0.492756101278	18.828	24.49	56.311
3	4.96172161019	0.821592969457	3.56189488361	1.96562649413	2.20425817362	3.98591705554	-0.267017851606	0.147455022524	0.653756348564	-0.123908552627	0.272813043314	1.11824894158	0.186969871543	-0.857493517455	0.0182732841432	0.245636262027	-0.0379756598469	0.0274948424998	0.416069906548	0.133913596066	0.526747565697	8.976	31.863	57.446
4	4.62182729016	1.05596945632	0.518791105025	8.04680470635	-1.52110564733	4.65200790882	-0.113121387408	-0.44255299189	-0.302558639106	0.269142205377	-0.031797629044	-0.227085718864	0.43422870353	0.353731522718	0.143563897262	0.315839073562	0.0198101923503	0.0376143624199	0.287322803448	0.0879291369774	0.273911435437	20.855	29.687	62.604
5	3.14650432447	1.59694321874	-0.899983401104	6.39055330763	-1.71829585274	4.59260768884	-0.1785114312	-0.0213916481595	-0.229917793533	-0.219563427	0.254292272273	0.517716347943	0.591081160877	-0.39714347307	-0.0100041901815	0.242157911716	-0.0521469521165	0.0278813954038	0.340116085917	0.0526490935148	0.365078533023	12.472	29.643	56.406
6	2.4471377132	-1.1846802091	1.31182958057	3.93794252875	-1.18942673404	1.96898163929	-0.0259887834335	-0.520277038036	-0.371738299972	0.330875439752	0.550371875142	1.03033441951	0.0911863782585	-0.437319269956	-0.3853234108	0.334103023131	0.0458606260338	0.0280119538623	0.503074354338	0.213235973252	0.604733572586	14.568	126.588	12.36
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15	3.18651208264	-2.21905071849	1.28832110841	5.58191660694	-1.43819420736	4.5585963424	-0.146696133568	0.130078994113	0.0386227157508	0.181858786983	0.265333108527	0.635138158211	-0.492449240375	-0.282340257646	-0.0693955042528	0.190198233826	-0.00382657134836	-0.0291914811431	0.366999908339	0.129074062562	0.414517021209	13.972	151.758	-0.987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:5 )	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 6:33 )	A	6 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 34:45 )	A	34 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 46:82 )	A	46 - 82
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 83:112 )	A	83 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 27:150 )	B	27 - 150
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 151:292 )	B	151 - 292
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 27:150 )	D	27 - 150
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN D AND RESID 151:290 )	D	151 - 290
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 1:17 )	C	1 - 17
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 18:33 )	C	18 - 33
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 34:45 )	C	34 - 45
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 46:59 )	C	46 - 59
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 60:82 )	C	60 - 82
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 83:114 )	C	83 - 114

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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