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- PDB-7unp: Crystal structure of the CelR catalytic domain and CBM3c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7unp
タイトルCrystal structure of the CelR catalytic domain and CBM3c
要素Glucanase
キーワードHYDROLASE / biomass deconstruction / glycoside hydrolase family 9 / GH9 / cellulose binding domain 3c / CBM3c
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Glycoside hydrolase family 9 ...Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Kuch, N. / Kutsche, M.E. / Parker, A. / Smith, R.W. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0018409 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008349 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Contribution of calcium ligands in substrate binding and product release in the Acetovibrio thermocellus glycoside hydrolase family 9 cellulase CelR.
著者: Kuch, N.J. / Kutschke, M.E. / Parker, A. / Bingman, C.A. / Fox, B.G.
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8913
ポリマ－70,8111
非ポリマー802
水9,710539
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.751, 91.076, 66.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glucanase


分子量: 70810.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
遺伝子: Cthe_0578 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A3DCY5, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set by a SPT Labtech Mosquito crystallization robot. 200 nL of protein at 29.5 mg/mL was mixed with 200 nL of reservoir solution, consisting of 0.1 M ...詳細: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set by a SPT Labtech Mosquito crystallization robot. 200 nL of protein at 29.5 mg/mL was mixed with 200 nL of reservoir solution, consisting of 0.1 M sodium citrate buffer, pH 5, 20% w/v PEG 6000. Vapor diffusion against 50 microliters of reservoir.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→36.8 Å / Num. obs: 77040 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.976 % / Biso Wilson estimate: 19.98 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rrim(I) all: 0.164 / Χ2: 0.932 / Net I/σ(I): 6.02 / Num. measured all: 152259 / Scaling rejects: 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.051.9870.6441.3411262590956680.5620.89195.9
2.05-2.111.990.5471.5911017579555370.6210.75795.5
2.11-2.171.9850.4731.8310829567954560.6910.65596.1
2.17-2.241.9840.3992.1410417546052510.7340.55296.2
2.24-2.311.9810.3582.59782530449390.7970.49693.1
2.31-2.391.9850.32.89738506449070.8390.41596.9
2.39-2.481.980.2573.239462495747790.8680.35796.4
2.48-2.581.9740.2193.878746475544300.8970.30493.2
2.58-2.71.9790.1884.388788457544400.9220.26197
2.7-2.831.9750.1585.118231433441680.9450.21996.2
2.83-2.981.9730.1246.387941416140240.9650.17296.7
2.98-3.161.9720.1017.77511393738090.9770.14196.7
3.16-3.381.9640.089.466876368235010.9850.11195.1
3.38-3.651.9660.05811.86551342333320.9910.08197.3
3.65-41.9640.04913.75924310830160.9920.06897
4-4.471.9620.04115.925475287927900.9940.05896.9
4.47-5.161.9640.0416.094821251724550.9940.05697.5
5.16-6.321.9720.04514.364103212820810.9940.06397.8
6.32-8.941.9590.03716.213127165015960.9960.05196.7
8.94-36.81.9260.02720.8616589118610.9960.03894.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å45.54 Å
Translation2 Å45.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XDS20200417データ削減
XSCALE20200417データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1k72

1k72


解像度: 2→36.8 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 2007 4.95 %
Rwork0.1596 38564 -
obs0.1619 40571 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.94 Å2 / Biso mean: 25.6062 Å2 / Biso min: 10.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→36.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4841 0 2 544 5387
Biso mean--26.71 30.27 -
残基数----608
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.28881370.24032679281697
2.05-2.10.31281430.216227442887100
2.1-2.160.27511450.202827822927100
2.17-2.230.23931400.191327692909100
2.23-2.310.24991480.19462712286099
2.31-2.410.25091340.185327522886100
2.41-2.520.22431410.16692722286399
2.52-2.650.18241440.152727652909100
2.65-2.820.18791470.15627592906100
2.82-3.030.20791420.158927702912100
3.03-3.340.23451390.15212749288899
3.34-3.820.17451530.137927702923100
3.82-4.810.14941410.117927732914100
4.81-36.80.1881530.151228182971100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0674-1.2742-0.48871.87320.66960.3408-0.0216-0.0179-0.0790.0990.03520.05810.07340.038-0.01040.1591-0.0066-0.00220.1518-0.00130.1255-8.6526-12.4828-18.0073
21.6376-1.22940.43874.6001-0.46531.78-0.0911-0.0485-0.01770.08880.12950.1031-0.0144-0.0637-0.02470.14210.010.01070.1629-0.02110.10084.0451-28.5264-20.4731
30.5365-0.02390.07831.2824-0.2510.73310.02480.03090.03760.0172-0.0471-0.1286-0.03390.09170.0280.13330.001-0.00540.16740.00490.1458-8.351716.0965-17.0003
40.80780.3252-0.00552.525-0.23660.9454-0.0175-0.03080.12880.13850.02010.1454-0.215-0.1143-0.01080.15180.0320.00970.1461-0.01190.137-28.564523.9109-13.6251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 393 through 548 )A393 - 548
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 549 through 626 )A549 - 626
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 19 through 244 )A19 - 244
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 245 through 392 )A245 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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