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- PDB-7uno: Thiol-disulfide oxidoreductase TsdA, C129S mutant, from Corynebac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uno
タイトルThiol-disulfide oxidoreductase TsdA, C129S mutant, from Corynebacterium diphtheriae
要素Thioredoxin domain-containing protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / TsdA / thiol disulfide / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily / TRIETHYLENE GLYCOL / Thioredoxin domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Reardon-Robinson, M. / Nguyen, M.T. / Sanchez, B. / Ton-That, H. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)5R01DE025015-08 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thiol-disulfide oxidoreductase in Corynebacterium diphtheriae
著者: Osipiuk, J. / Reardon-Robinson, M. / Nguyen, M.T. / Sanchez, B. / Ton-That, H. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0674
ポリマ－27,8201
非ポリマー2483
水7,476415
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.809, 65.114, 69.422
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin domain-containing protein


分子量: 27819.666 Da / 分子数: 1 / 変異: C129S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
遺伝子: CIP107518_01391 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A6J4WJ52
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 6.4 % PEG 200, 21.4 % PEG 2000, 50 mM acetate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→47.49 Å / Num. obs: 95848 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.588 / Net I/av σ(I): 40.1 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.1-1.122.20.7991.2539080.4580.7930.6111.0130.96680.6
1.12-1.142.80.71142240.5360.4880.8691.06788.7
1.14-1.163.50.64346050.6660.390.7571.15594.9
1.16-1.184.40.58647490.7730.3110.6661.20298.7
1.18-1.215.70.55248300.880.2490.6071.234100
1.21-1.246.70.46848390.9250.1930.5061.296100
1.24-1.276.90.41248360.9420.1680.4451.319100
1.27-1.36.90.33248530.960.1350.3591.382100
1.3-1.346.90.28748340.9690.1160.311.448100
1.34-1.3970.2448510.9790.0970.2591.506100
1.39-1.4470.20148430.9840.0810.2171.535100
1.44-1.4970.15748570.990.0630.171.664100
1.49-1.5670.12548890.9920.050.1351.702100
1.56-1.647.10.10248620.9940.0410.111.703100
1.64-1.757.10.08648940.9950.0340.0921.63100
1.75-1.887.10.07549040.9960.030.0811.671100
1.88-2.0713.20.09949060.9970.0280.1031.73100
2.07-2.3714.20.08349470.9980.0230.0861.817100
2.37-2.9913.80.05649960.9990.0160.0581.781100
2.991-47.4912.40.03952210.9990.0120.0411.70599.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7UNN

7unn


解像度: 1.1→47.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 0.7 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1339 4730 4.9 %RANDOM
Rwork0.1162 ---
obs0.1171 91039 98.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.54 Å2 / Biso mean: 14.865 Å2 / Biso min: 7.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0 Å20 Å2
2--0.2 Å2-0 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.1→47.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1861 0 15 416 2292
Biso mean--28.18 30.6 -
残基数----246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5921.6592975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.541.5874789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1125316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.95922.627118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.06115379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1381515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02495
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.42434202
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 304 -
Rwork0.317 5559 -
all-5863 -
obs--82.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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