[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7uno: Thiol-disulfide oxidoreductase TsdA, C129S mutant, from Corynebac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7uno | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Thiol-disulfide oxidoreductase TsdA, C129S mutant, from Corynebacterium diphtheriae | ||||||||||||
Components | Thioredoxin domain-containing protein | ||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / TsdA / thiol disulfide / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||||||||
Function / homology | Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily / TRIETHYLENE GLYCOL / Thioredoxin domain-containing protein Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Corynebacterium diphtheriae (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.1 Å | ||||||||||||
Authors | Osipiuk, J. / Reardon-Robinson, M. / Nguyen, M.T. / Sanchez, B. / Ton-That, H. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Thiol-disulfide oxidoreductase in Corynebacterium diphtheriae Authors: Osipiuk, J. / Reardon-Robinson, M. / Nguyen, M.T. / Sanchez, B. / Ton-That, H. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7uno.cif.gz | 137.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7uno.ent.gz | 104.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7uno.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7uno_validation.pdf.gz | 424.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7uno_full_validation.pdf.gz | 424.5 KB | Display | |
Data in XML | 7uno_validation.xml.gz | 15.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7uno_validation.cif.gz | 24.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/7uno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/7uno | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7unnS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 27819.666 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C129S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium diphtheriae (bacteria) / Gene: CIP107518_01391 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A6J4WJ52 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-PGE / |
#3: Chemical | ChemComp-EDO / |
#4: Chemical | ChemComp-CL / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.66 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.2 Details: 6.4 % PEG 200, 21.4 % PEG 2000, 50 mM acetate buffer |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 9, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.1→47.49 Å / Num. obs: 95848 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 7.6 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.588 / Net I/av σ(I): 40.1 / Net I/σ(I): 12.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7UNN Resolution: 1.1→47.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 0.7 / SU ML: 0.015 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 56.54 Å2 / Biso mean: 14.865 Å2 / Biso min: 7.04 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.1→47.49 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.1→1.129 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|