[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7unn: Thiol-disulfide oxidoreductase TsdA from Corynebacterium diphtheriae -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7unn | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Thiol-disulfide oxidoreductase TsdA from Corynebacterium diphtheriae | ||||||||||||
Components | Thioredoxin domain-containing protein | ||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / TsdA / thiol disulfide / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||||||||
Function / homology | Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily / Thioredoxin domain-containing protein Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Corynebacterium diphtheriae (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.45 Å | ||||||||||||
Authors | Osipiuk, J. / Reardon-Robinson, M. / Nguyen, M.T. / Sanchez, B. / Ton-That, H. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2023 Title: A cryptic oxidoreductase safeguards oxidative protein folding in Corynebacterium diphtheriae. Authors: Reardon-Robinson, M.E. / Nguyen, M.T. / Sanchez, B.C. / Osipiuk, J. / Ruckert, C. / Chang, C. / Chen, B. / Nagvekar, R. / Joachimiak, A. / Tauch, A. / Das, A. / Ton-That, H. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7unn.cif.gz | 124.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7unn.ent.gz | 97.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7unn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7unn_validation.pdf.gz | 426.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7unn_full_validation.pdf.gz | 426.9 KB | Display | |
Data in XML | 7unn_validation.xml.gz | 14.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7unn_validation.cif.gz | 21.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/7unn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/7unn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
---|---|
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 27929.521 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium diphtheriae (bacteria) / Gene: CIP107518_01391 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A6J4WJ52 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.67 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.2 Details: 6.4 % PEG 200, 21.4 % PEG 2000, 50 mM acetate buffer |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 28, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→30.48 Å / Num. obs: 42523 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.3 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.586 / Net I/av σ(I): 25.3 / Net I/σ(I): 10.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.45→30.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 2.39 / SU ML: 0.039 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.054 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 59.39 Å2 / Biso mean: 19.163 Å2 / Biso min: 10.05 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.45→30.48 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.45→1.483 Å / Rfactor Rfree error: 0
|